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Effective Comparison of Protein Structures Based on Extended PSAML
김진홍
김진홍 (울산대학교)
제2차 한국생물정보학회 연례학술대회  |  2003.10.31
단백질 구조를 비교하는 방법은 단백질 구조를 표현하는 기술에 따라 다양하게 존재한 다 일반적인 단백질 구조 정렬방법은 단백질 구조를 원자 또는 를 기준으로 표현 . Residue 하고 표현된 두 구조사이의 일치된 부분을 찾는 방법과 단백질 구조를 단백질 이차구조요소로 표현하고 표현된 두 단백질 구조를 정렬하는 방법으로 크게 구분된다 이러한 단백질 구조 비교 방법은 단백질 구조의 유사성을 측정하는 과정에서 많은 시간을 요구할뿐만 아니라 에 저장된 데이터가 증가함에 따라 보다 많은 단백질과 비교가 요구된 PDB 다 따라서 대용량의 단백질 구조 데이터베이스를 대상으로 효율적으로 단백질의 유사 부분구조를 찾을 수 있는 방법이 필요하다.
본 논문에서는 단백질 구조 비교를 보다 빠르고 효과적으로 수행하기 위하여 기존의 단백질 이차구조 기반의 구조 표현 방법인 을 확장하여 단백질 이차구조가 가지 PSAML는 공간상의 정보를 내포한 을 생성하고 이를 이용하여 대용량의 단백질 Topology String 구조 데이터베이스에서 유사성이 높은 단백질 구조를 필터링하는 방법에 대하여 기술한다 은 단백질 이차구조를 하나의 문자로 기술하여 아미노산 순서와 위상 . Topology String학적인 공간적인 정보를 바탕으로 단백질 구조를 표현하여 단백질 이차구조를 이용하여 () ,구조 비교를 수행하기 이전에 유사성이 높은 단백질 구조를 신속하게 찾아내는데 효과적 으로 적용될 수 있다.
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Biomolecular Structure Analysis
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