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과학으로 본 코로나19 (COVID-19)
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새로운 염기서열 분석방법(BTSeq)을 이용한 hCoV-19 전장유전체 염기서열의 동정
정유신
정유신 (CELEMICS)
2020 BRIC 세미나 상반기  |  2020.04.10
코로나 바이러스는 포유류와 조류에 질병을 일으키는 바이러스로, 기원전 8000년전에 발생하여 흔한 감기를 일으키는 형태부터(OC43, 229E, NL63), 치명적인 SARS, MERS 그리고 지금의 hCoV-19 형태까지 진화하며 시간이 지날수록 수많은 생명과 삶의 질에 더 밀접한 영향을 주고 있습니다. 진화하는 코로나바이러스의 영향에 대비하기 위해서는 가능한 모든 환자들이 감염된 바이러스의 기원, 바이러스의 진화 정도, 병인의 원리 등을 빠르게 알아낼 수 있어야 하는데 이는 whole genome sequencing을 통해서만 가능합니다.Sequencing에 흔히 사용하는 Sanger sequencing은 1) 높은 재반응률 2) 간헐적으로 발생하는 오류 3) 1 kbp 내외의 가독길이 제한 4) 시퀀싱 프라이머의 필요 등으로 whole genome sequencing에 부적합하여, 대부분의 연구자들은 NGS후 de-novo assembly 방식을 이용합니다. 일반적인 NGS 방법으로 whole genome sequencing을 수행할 경우 부위별로 증폭 bias가 발생할 수 있는데, 이는 de-novo assembly를 수행할 때 gap을 발생시킬 수 있어 추가적인 비용 혹은 실험을 필요로 하게 됩니다.이번 세미나에서는 질병관리본부와 함께 코로나바이러스의 ~30 kbp 길이에 달하는 전장 유전체를 셀레믹스에서 새로 개발한 BTSeq™: 을 이용해 21시간 내로 전장 유전체를 효율적으로 gap 없이 분석한 사례를 소개하고 노하우를 공유합니다.
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