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CRISPR-BetaBinomial(CB2) 기법을 이용한 CRISPR pooled screen data 분석
정현환
정현환 (Baylor College of Medicine, Texas Children’s Hospital)
2019 BRIC 세미나 상반기  |  2019.06.26
CRISPR/Cas9 유전자 편집 기술은 현재 다양한 분야에 활용되고 있는데, disease pathogenesis나 cellular biology에 대해 연관성 있는 유전자 후보군을 찾기 위한 pooled genetic screen (CRISPR pooled screen)을 위해서도 널리 사용되고 있습니다. 이를 통해 high-throughput의 genetic screen이 가능하게 되었으며, screen의 결과로 next generation sequencing (NGS) data가 생성됩니다. CRISPRBetaBinomial(CB2) 기법은 beta-binomial 분포 기반의 modeling을 통한 유전자 후보군을 선별하는 방법과 sliding window 알고리즘을 이용한 정량화 알고리즘으로 구성된 방법으로, 5개의 essential gene screen data 분석 결과를 이전에 발표된 방법들과 비교했을 때, CB2가 가장 높은 정확도를 보이고, 정량화 부분에서도 기존에 개발된 알고리즘보다 높은 정확도를 보임을 확인할 수 있었습니다. CB2 는 현재 R 프로그래밍 언어의 package로 제공하고 있으며 (https://cran.r-project.org/package=CB2), 프로그래밍이나 데이터 분석에 어려움이 있는 연구자들을 위해서 본 연구팀이 2017년에 개발하고 발표한 CRISPR pooled screen 데이터 분석 cloud-computing framework인 CRISPRcloud (http://crispr.nrihub.org)에서도 사용 가능합니다.
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