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새로운 염기서열 분석방법(BTSeq)을 이용한 hCoV-19 전장유전체 염기서열의 동정 [CELEMICS]
정유신
 일시 
   2020년 4월 10일 (금) 오후 2시 (한국시간)
 연사 
   정유신 (CELEMICS)
세미나 개요
코로나 바이러스는 포유류와 조류에 질병을 일으키는 바이러스로, 기원전 8000년전에 발생하여 흔한 감기를 일으키는 형태부터(OC43, 229E, NL63), 치명적인 SARS, MERS 그리고 지금의 hCoV-19 형태까지 진화하며 시간이 지날수록 수많은 생명과 삶의 질에 더 밀접한 영향을 주고 있습니다. 진화하는 코로나바이러스의 영향에 대비하기 위해서는 가능한 모든 환자들이 감염된 바이러스의 기원, 바이러스의 진화 정도, 병인의 원리 등을 빠르게 알아낼 수 있어야 하는데 이는 whole genome sequencing을 통해서만 가능합니다.
Sequencing에 흔히 사용하는 Sanger sequencing은 1) 높은 재반응률 2) 간헐적으로 발생하는 오류 3) 1 kbp 내외의 가독길이 제한 4) 시퀀싱 프라이머의 필요 등으로 whole genome sequencing에 부적합하여, 대부분의 연구자들은 NGS 후 de-novo assembly 방식을 이용합니다. 일반적인 NGS 방법으로 whole genome sequencing을 수행할 경우 부위별로 증폭 bias가 발생할 수 있는데, 이는 de-novo assembly를 수행할 때 gap을 발생시킬 수 있어 추가적인 비용 혹은 실험을 필요로 하게 됩니다.
이번 세미나에서는 질병관리본부와 함께 코로나바이러스의 ~30 kbp 길이에 달하는 전장 유전체를 셀레믹스에서 새로 개발한 BTSeq™: 을 이용해 21시간 내로 전장 유전체를 효율적으로 gap 없이 분석한 사례를 소개하고 노하우를 공유합니다.


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