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실험Q&A    122건 정확도순 날짜순
Q. phylogenetic tree에 관해 질문있습니다.  |  첨부파일 첨부파일
? 두번째로 bootstrap을 1000번 이상 돌린 것과 안돌린 것의 tree 모양의 차이가 있던데.. 뭐가 더 정확하다고 할 수 있는지 (당연히 bootstrap을 돌린 경우가 더 정확하다고 생각합니다만... 원리를 잘 ...
A.  outgroup이 있으면 더 좋을 듯 한데, bar도 0.5로 높네요. 아마도 alignment가 잘못된 듯 합니다. 방향성도 체크해보시고요. bootstrap과 상관없이 tree는 같게 나왔습니다. (topology)
답변 3  |  2017.02.15
Q. phylogenetic tree 그릴때 균주선별법에 대해서...
균주들을 어떻게 선별해서 원하는 균주와 같이 phylogenetic tree 를 그리는지.. 너무나 궁굼합니다.(__) 좋은 답변 기다리고 있겠습니다 ...
A.  NCBI 검색하면 나오는 것들 중에서... 종간에 유연성이 비슷한 것을 고르치면 됩니다. 참고로 서울대 천종식 교수님 랩에서 만든 EzTaxon이 있는데... 그거 사용하시면 해결방법이 보이실 것 같습니다...
답변 2  |  2008.07.27
Q. 여러개의 gene을 사용하여 Phylogenetic tree를 그리고 싶을때요..
다르기에 결국 3개의 그룹안에, 20개 시퀀스가 각각 모이는 tree가 될텐데요. 그럼 align할시에 사실, A, B, C 각 gene set이 homology가 많이 낮기에 정확히 3개의 큰 틀에서 align은 의미가 없어 보이는데요. ...
A.  를 그리는 방법이 있겠죠. 이 경우 각기 다른 gene 을 같은 tree 에 묶는 것은 별로 의미가 없어 보이네요. align 할 때 문제가 생기기도 하구요. 목적하는 바에 따라 다르게 선택하여 사용할 수 있을 것 ...
답변 1  |  2016.05.18
Q. Phylogenetic tree 질문이 있습니다.
10%가 되는 것인가요? 3. 저는 솔직하게 Bar하고 Phylogenetic tree간의 어떤상관관계가 있는지 잘모르겠습니다 ...
A.  만약에 Bar 0.01이 제가 실제로 보는 것은 1cm로 가정을한다면 한 종의 tree의 직선 길이가 총 10cm라면 Bar 0.01x10개이므로 10%가 되는 것인가요? 그렇지요!
답변 1  |  2013.11.15
Q. 여러 유전자를 이용하여 한개의 phylogenetic tree 그리기
그려봐서 이렇게 여러 유전자를 한꺼번에 이용하여 한개의 tree를 그리는 법은 몰라서요. 여러 고수님들의 조언 부탁드립니다 ...
답변 0  |  2014.04.24
Q. DNA barcoding 에서 phylogenetic tree 를 어떻게 해석해야하는지 모르겠는데 도와주세요 선배님들!
Maximum parsimony analysis 를 해서 tree를 그렸는데 여기서도 tree에 bootstrap value가 나옵니다. 마찬가지로 어떤것은 100이고 어떤것은 80, 85 를 나타냅니다. 어떻게 해석해야하나요? 4. 그리고 실험과정에서 GTR+I ...
A.  00번 그리게 되는데 여기서 branch node에 나온 값이 100일 경우 Tree를 1000그릴 때 해당 branch가 100% 같이 묶인다는 것 입니다. 98, 91은 즉 1000번 중 98%, 91%가 같은 결과로 나왔다는 것 입니다. 2. 확률도 위와 ...
답변 1  |  2017.03.31
Q. 타즈님 봐 주세요.(다른분들도 아시면 답변해주세요) phylogenetic tree질문
방법으로 만든 다른 B, C, D....등의 곤충의 total sequence와 tree를 그려 비교하는 방법이 있더군요. 유합트리(?)라고 들은것 같은데 맞는지 모르겠네요.. 주변에 물어볼데도 없고 찾아 볼 곳도 마땅치 않아요 ...
A.  메일 보냈습니다^^
답변 1  |  2010.10.28
Q. maximum likelihood method (phylogenic tree) 질문이요
ㅠㅠ 혹시, 잘아시는분 계시면 조언 좀 주세요.. tree만 그려놓고 분석법을 몰라서 헤매고 있습니다 제이멜도 가르쳐 드릴께요 cyberi@naver ...
A.  mega 5에서 phylogeny ->construct/test maximum likelihood ->Test of phylogeny:bootstrap method ->num of replications: 1000 ->compute
답변 3  |  2013.03.27
Q. Phylogeny tree 관련
그런데 tree를 그리고자 하는데 어려움이 많습니다. Phylogeny tree를 그리고자 할 때 절차라든지.. 그리는 방법에 대해서 자료나 동영상을 가지고 계신분은 메일로 보내주시면 정말 감사하겠습니다. kns3610 ...
A.  혹시프로그램은 가지고 계신가요? 가지고 있으시다면 어떤 프로그램가지고 있으신지?
답변 1  |  2010.08.14
Q. phylogenetic tree와 distance 값이 매치가 안되는데...
해석을 해야 옳을까요..?? 거리값을 우선으로 해석해야할지 tree를 우선으로 해석해야할지... 그리고, 왜 이런 결과가 생기는지요..? ...
A.  관심을 두신다면 pairwise distance를 사용하시면 됩니다. tree 는 이것을 가공해서 만든 것이니까요. 더 궁금한게 있으시면 메일주세요. darwin21 ...
답변 1  |  2009.10.01
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식물뿌리관찰기구(Tree Radar Unit)
TRU-900 | 국립수목원 | 2014.11.14
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ARBOTOM | 국립산림과학원 산림기술경영연구소 | 2010.06.15
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