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실험Q&A    665건 정확도순 날짜순
Q. 발그런님 NCBI
5kb나 10kb길이의 DNA가 만들어져야 합니다. 그런데 제가 NCBI사용법을 배운적이 없어서 template를 설정하는것부터 어렵네요. D1S80을 검색하니 1번 염색체에 포함된 것이라는건 알겠는데 이것이 포함된 ...
A.  됩니다. 저도 NCBI에서 사용하는 기능들이 제한적이라 NCBI에서는 찾기가 힘들어서 다른 site를 참조했습니다. 그리고 만드신 primer가 다른 부분에 반응하지 않는지 알기 위해서는 blast를 돌리시면 됩니다. ...
답변 2  |  2008.11.17
Q. NCBI에 등록된 데이터는 NCBI SRA에도 있는건가요??
받으려고 하는데 어떻게 검색을 해야할까요?? 지금까지는 NCBI에 받은 파일의 어세션넘버 ex) KX602366 를 넣어서 검색했는데 아나오더라구요.여기에는 SRA전용 어세션넘버만 인식하나봐요 ㅠㅠ 어떻게 ...
A.  'KX602366'는 LOCUS name으로 보이는데, NCBI 검색 창에서 검색 대상 option을 'Nucleotide' 또는 'All Databases'로 하고 'Search'하면 됩니다.
답변 1  |  2017.10.24
Q. DNA gyrase B sequence를 sequin으로 NCBI에 등록하려고 합니다.
that the data are unverified and your sequence(s) will not be included in NCBI BLAST databases. Please either: [1] resubmit with correct sequence(s) and/or annotation or [2] confirm that your sequence(s) should be unverified If you need help using either Sequin ...
답변 0  |  2018.04.06
Q. NCBI blast 사용 - siRNA, primer
수 있을 것도 같지만... siRNA도 확인가능한 건지 모르겠고... NCBI의 데이터베이스에 어떤 유전자 형태까지 저장되어 있는 것인지... 잘 몰라서 질문드립니다.. http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn ...
A.  siRNA는 mRNA를 target으로 하는 sequence이기때문에 당연히 blast에서 확인하실 수 있습니다. 또한 원하는 gene에서만 specific하게 bind해야겠지요. 그렇지 않다면 non-specific effect가 될테니...
답변 1  |  2013.10.21
Q. NCBI 정보와 Uniprot 정보의 차이
적으면 너무 길어지니까 링크를 첨부하겠습니다. NCBI에서 찾은 complete genome https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP004360.1?report=gbwithparts&log$=seqview Uniprot에서 찾은 bcsC 와 bcsD 정보 https://www.uniprot.org/uniprot/P19450 ...
A.  두가지 서열 외에 bcsC 서열이 여러개 등록되어 있습니다. NCBI를 포함해서 등록되어있는 유전자 또는 단백질 서열 정보는 연구자 들이 밝힌 연구 결과를 등록한것이기 때문에 조금씩 서열이 다른 ...
답변 2  |  2018.10.29
Q. NCBI, Bold system에 관련해서 질문드립니다! (시퀀스 관련해서..)
않는데 Bold system에서는 검색되는 경우가 있는데(NCBI에서는 안나오고 Bold system 에는 나오는 경우) 왜 그런지 알 수 있을까요? 답변부탁드리겠습니다, 감사합니다 ...
답변 0  |  2017.06.14
Q. NCBI에 metagenome data 등록하기
정말 짧은 영어로 이것저것 할려니 돌아버리겠네요...@_@;;; NCBI에 SRA나 tace achive로 시퀀싱 등록 해보신 고수님들.. 저좀 도와주세요...밤을 샛더니...정신도 오락가락해욤. ...
답변 0  |  2012.12.13
Q. NCBI에서 DNA의 서열을 가지고 오고 싶은데요!
근원인 DNA 서열을 가져오려면 어떻게 해야하나요? NCBI의 API DOCUMENT를 읽어보면 ESEARCH로 ID를 검색해서 해당 ID로 DNA의 서열을 가져올 수 있다고 되어있는데, ID가 여러개가 떠서 당황스럽습니다. 제가 ...
A.  category를 nucleotide로 해놓고 검색해보세요
답변 1  |  2019.07.27
Q. NCBI 에서의 유전자 검색 질문
진행 중이여서 plasmid 디자인을 하고 있고, 이를 위해 NCBI에서 'Komagataeibacter xylinus' 라는 균의 bcs A 유전자 서열을 검색하고 있습니다. 그런데 같은 조원 중 한명이 bcs A 유전자 서열이라고 알려준 것과, ...
A.  2400케이 이후 (정강이) 를 보고 있는 중이네요. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP004360.1?report=graph&from=2168861&to=2173483&strand ...
답변 1  |  2018.10.26
Q. NCBI 에서의 유전자 검색 질문
진행 중이여서 plasmid 디자인을 하고 있고, 이를 위해 NCBI에서 'Komagataeibacter xylinus' 라는 균의 bcs A 유전자 서열을 검색하고 있습니다. 그런데 같은 조원 중 한명이 bcs A 유전자 서열이라고 알려준 것과, ...
A.  NCBI GenBank를 검색해 보니, Komagataeibacter xylinus E25 chromosome, complete genome 서열에는 bcsA 유전자 3개 존재합니다. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP004360.1?report=gbwithparts&log$=seqview 즉, Komagataeibacter xylinus E25 ...
답변 1  |  2018.10.26
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