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실험Q&A    25건 정확도순 날짜순
Q. 어떤 protein의 E3 ligase가 밝혀져 있지 않았을 때 이를 찾아내기 위해 보통 어떤 step을 거치나요?
어떤 protein의 E3 ligase가 밝혀져 있지 않았을 때 이를 찾아내기 위해 어떤 step을 거쳐서 밝혀낼 수 있을까요?
A.  것은 확인 한거죠?? E3 substrate를 알려주는 논문에서 ... 것으로 알고 있어요. 근데 E3 ligase가 한 600개 정도 되는것으로 알아서 정확한 E3를 알려면 많은 시간과 노력이 필요할거 같네요 ...
답변 3  |  2022.08.08
Q. E3 ligase protein과 binding 하는 protein은 모두 ubiquitin화 되나요?
대학원생입니다. 현재 E3 ligase 단백질 A에 대해 ... 별 차이가 없었습니다. E3 ligase protein과 binding 하는 protein은 모두 ubiquitin 화 되는 것이 아닌 가요? 혹, 단백질 B가 E3 ligase에게 Ub를 전달하는 E2의 기능을 ...
A.  E3와 결합한다고 모두 ubiquitination이 되지는 않습니다. 물론 가능성은 크겠지요. 생각하신대로 E3의 기능을 억제하거나 하는등의 다른 기능을 할 가능성도 있습니다.
답변 2  |  2014.05.27
Q. 새로운 E3 ligase 스크리닝 방법 질문입니다.
방법을 알고 싶습니다. 논문을 찾아보고 몇개의 E3 ligase candidate들을 찾아서 저희 실험조건에서 확인하려고 실험은 준비중에 있는데 새로운 E3 ligase를 찾고 싶습니다. 어떻게 접근을 해야 할까요? Yeast ...
A.  잘은 모르지만 MG132치고 IP 하신다음에 Mass 찍으면 운좋으면 나오지 않을까요? YTH하기엔 E3개수가 넘 많은거 같고..
답변 4  |  2011.10.29
Q. E3 ubiquitin ligase에 의한 단백질 사이즈?
제목처럼 E3 ubiquitin ligase에 의해 단백질의 ... 봤는데, 그 중 E3 ligase에 의한 ubiquitination을 정확히 구분할 수 있나요 ...
A.  많이 찾아보셨겠지만 ubiquitin 하나당 약 8~9 kDa입니다. 그래서 한분자의 ubiquitin이 붙을수록 이론상 8~9 kDa이 추가되어 그만큼 band가 shift될꺼에요 이는 band가 ladder처럼 보일수도 있고 쭉끌려서 나오는것 ...
답변 2  |  2022.03.29
Q. 타겟단백질이 원하는 domain을 가지고 있는지 검색하는 방법을 알고 싶습니다.
B를 ubiquitination 시키는 E3 ligase라는 것을 증명하고자 하는데 일반적으로 E3 ligase 단백질들은 conserved RING finger domain (C-X2-C-X(9-39)-C-X(1-3)- H-X(2-3)-(N/C/H)-X2-C-X(4-48)C-X2-C)을 가지고 있다고 알려져 있는데 단백질 ...
A.  www.expasy.org 에 찾아보시면 domain을 찾아주거나 서열을 비교 분석해 주는 툴들이 있습니다.
답변 1  |  2014.10.31
Q. ubiquitination assay, IP할 경우
A)가 어떤 추정되어지는 E3 ligase family gene(B)에 의해 ... 맞는지요? 아니면 혹시, E3 ligase family gene (B)라는 유전자도 같이 co-trasnfection을 해야 하는건 아닌지 잘 모르겠네요. 어떻하면 저의 target 유전자의 ...
A.  친절한 답변 감사드립니다. 메일 보냈습니다.
답변 2  |  2011.07.27
Q. in vitro ubiquitination assay
E3 ligase가 substrate를 in vitro에서 ubiquitination시킬 수 있는지 확인하려고 하는데요 두 protein을 모두 같은 GST로 tagging construction하여서 purify해서 사용해도 되는지 알고 싶습니다 보통 논문을 보면 MBP나 6His를 ...
답변 0  |  2011.10.25
Q. 논문 읽다가 CHX 실험부분이 생소하여 해석좀 부탁드려요~
. A라는 단백질과 B라는 단백질은 각각 E3 ligase와 substrate의 관계인데요.. 아직 학부생이라 실험에 관한걸 잘 모르겠고 아래 첨부한 사진에 대한 글이 달랑 한줄 있기에 잘 모르겠어서요. 본문글 : ...
A.  되게 만들어 준다라고 할 수 있지요. 각각 E3 ligase와 substrate관계이므로 E3 Ub-Proteasome pathway degradation이라 할 수 있겠죠? A 단백질이 줄어드는 이유는 A 단백질도 CHX에 영향을 받아서 역시 줄어드는 것이며 ...
답변 1  |  2015.05.26
Q. endogenouse IP 한 샘플로 MASS 찍어보신 분 계시나요?
얻을 수 없었습니다. 아마 제가 IP 한 단백질이 E3 ligase 여서 그럴 수 있다고 생각이 듭니다. 사이즈도 워낙 큰 단백질이여서 골치가 좀 아픈데요 target 을 찾고 싶은 마음이 커서 고수님들께 여쭤봅니다. ...
A.  제가 한 것은 아니고 의뢰를 한것이며, 분석하신 분께서 e3 같은 경우 overexpression 되면 이와같은 경우가 간혹 있다고 하셨습니다. 그래서 endogenous 한 폼으로 IP 를 하고 싶은겁니다. 혹시 endogenous 한 IP 로 ...
답변 4  |  2014.02.05
Q. ubiquitination할때요..
하고 있는molecule은 E3 ubiquitin ligase로서 작용할것이라고 예상되는 molecule입니다. 어떤 substrate는 degradation시킨다고 논문이 나와있습니다. 저는 이스트 투하이브리드를 통해 다른 substrate를 찾았구요. 이 ...
A.  보실 때는 target : E3 ligase 의 비율을 1:0.5 부터,, ... ^ Target :ubiquitin : E3 ligase = 1-2 : 1-2 : 1-5 정도 범위안에서 큰 차이는 없을 것 같아요, target이 발현이 잘된다면,, 1:1 or 2 :1-5,, 잘안되신다면,, 2:1 or 2:2-10 ...
답변 2  |  2011.05.10
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