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실험Q&A    229건 정확도순 날짜순
Q. Taxon specific BLAST Database를 만드는 방법에 대해 문의드립니다.
성능좋은 컴퓨터가 없어서 리눅스 환경 데스크톱으로 RNA seq analysis를 수행중입니다. De novo assembly까지는 잘 수행하고 현재 1 ... . 현재 만드려고하는 database는 Arthropoda protein/nucleotide database입니다 ...
A.  알아서 찾았습니다. NCBI genbank 에서 등재되어있는 모든 단백질 서열이 포함된 nr (fasta form)을 ftp에서 받는다.(13.3GB) 이 파일을 가지고 곧바로 BlastX를 하기엔 CPU cost가 높으므로 target으로 하는 생물종(eg. ...
답변 2  |  2015.01.15
Q. 동물 혹은 cell line의 microarray 또는 NGS database 사이트를 알고싶습니다.
제가 지금 microarray database를 통해서 원하는 gene의 coexpression을 보려고 합니다. 그런데 plant의 경우 ... 혹은 NGS database 사이트가 더 많을 꺼 같은데 몰라서요 ㅠㅠ database를 이용할 수 있는 웹사이트를 ...
답변 0  |  2014.11.11
Q. GSE database 이용하여 회귀분석법시 인정받을 수 있는 최소한의 n수
있을지 의문이네요..... 처음 이런 접근을 하는터라.. 혹 GSE database 분석시 인정받을 수 있는 최소한의 n수가 어느정도인지 고견 부탁드립니다. ...
답변 0  |  2018.11.06
Q. miRNA database
혹시 miRNA database 좋은걸 알고 계신 분이 있으면 공유하길 바랍니다. ^^
A.  어떤 database 를 원하시는지 구체적으로...
답변 1  |  2013.02.07
Q. microarray database자료찾기
보고 싶은데요. 직접 맡기는것 말고 돈을 조금 내더라도 database 정보를 볼수있는 사이트가 없을까요?? 보통 다른 사람이 수행하여 논문에 올린 microarray data는 supplement data가 없다면 논문에 올려진 table만 ...
A.  GEO site에서 무료로 다운받아 보실 수 있으십니다.
답변 1  |  2013.05.11
Q. NCBI database에 unigene은 어떤경우 업로드 가능하나요?
contig는 이러이러한 gene의 unigene이다. 라고 주장하며 Unigene database에 낱개로 시퀀스 등록이 가능할까요? 감사드립니다. ...
A.  not primarily a database for genes. The time needed to update UniGene with new sequences varies. Generally, this takes more than 1 week but less than 1 month. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/help.cgi?item=FAQ
답변 1  |  2016.10.29
Q. kabat database...
항체의 sequence(CDR 부분)를 비교하려고 합니다.. kabat database를 사용해보신 분 계신가요? 너무 복잡하고 뭐가 뭔지 감을 못잡겠네요...아시는분 가르쳐주세요~~
답변 0  |  2007.11.27
Q. 2D database 검색
안녕하세요. 2D분석을 의뢰하기전에, 노화와 관련된 2D 결과들을 검색할 수 있는 database가 구축된 홈페이지가 있는지 궁금합니다.
답변 0  |  2008.11.10
Q. protein size가 database와 달라요...
때문에 full length size가 발현이 되었다고 생각은 하는데요... Database상에서는 약 40 kDa size라고 되어있으나 제가 western 한 결과는 약 36-38 kDa 정도에서 band가 detection 된답니다. 논문을 찾아보아도 이 ...
A.  일단 database상의 사이즈는 이론적으로 계산한 크기 이기때문에 실제 사이즈는 당연히 차이가 날 수 있습니다. 또한 western된 논문도 없고 님께서 처음 하시는거기 때문에 확실하지는 않지만 그 사이즈가 ...
답변 1  |  2006.02.14
Q. human protein database
protein database 잘 나와있는 사이트 좀 추천해주세요~~ 업데이트 자주 되고 어떤데 보면 interaction, 질병 .... 아주 잘 나와있는곳이 있던데 업데이트가 잘 안되는것 같던데... 최신 정보 업데이트 잘되고 ...
A.  www.expasy.org 질병관계는 아직도 풀어야 할 문제가 더 많기 때문에 데이타베이스가 빈약할 수 있지만 단백질의 특성이라던가 구조적인 내용에 대해서는 너무 복잡하리만큼 잘 되어 있습니다.
답변 2  |  2007.04.18
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통합시험운영시스템(ITOS)을 위한 데이터베이스 서버(Database...
DL 580 G8 | 한국항공우주연구원 | 2015.05.08
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