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실험Q&A    347건 정확도순 날짜순
Q. blast 검색이 몇번 하고나면 안되는데 이유가?
내에 있는 blast search를 이용해 sequencing 결과를 분석하려는데 10번 정도 새로운 서열 넣어 분석하면 결과가 나오지 않고 접속도 되지 않고 다시 부팅하면 접속도 되고 다시 10번 하고 다시 부팅하는 말도 ...
A.  저는 아예 blast가 되지 않은경우가 많았는데 브라우져를 인터넷 익스플로어에서, 파이어폭스나 크롬으로 바꾸어서 해결한적이 있습니다.
답변 1  |  2013.07.05
Q. BLAST 결과에 대해 궁금한게 있어요  |  첨부파일 첨부파일
BLAST 해보니까 Lactobacillus fermentum strain Kg3 putative efflux protein gene로 나오네요 NCBI에 있는 염기와 염기분석 결과와 맞지 않는것의 일부분을 chromas로 비교해봤는데요 곡선이 겹치면 부정확하다는데 ...
A.  피크를 보면 sequencing은 굉장히 깨끗하게 잘됬습니다. 결론은 님이 가지고 계신 DNA와 NCBI에서 찾은 DNA 염기서열이 다른겁니다. 같은 종의 Lactobacillus라도 균주에 따라서 유전자 염기서열이 조금 다를 수 ...
답변 1  |  2011.12.07
Q. blast 결과 해석
(앞,뒤 두방향 다 읽었습니다.) 그 후에 온 결과를 ncbi blast를 이용해 원래 예상한 sequence와 비교했는데요, 한쪽 방향에서는 100% identity를 보이는데 다른 쪽 방향에서 읽었을때는 gap이 한두개씩 나옵니다 ...
A.  TA 클로닝 한 것도 앞으로 읽은 것은 100% 일치하는지요? 보통 길이가 짧은 것은 앞으로만 읽어도 되지만 확인을 위해서 뒤로도 읽습니다. 벡터에 옮긴 것은 앞으로 읽었을 때 100% 인것으로 봐서는 TA도 ...
답변 1  |  2010.08.09
Q. BLAST로 염기서열 봤는데 궁금한게 있어요  |  첨부파일 첨부파일
조교님이 저렇게 하라고 하셔서 하긴했는데 이걸 가지고 뭘 해야할지 모르겠네요... 그래서 gap과 오류에 대해 알아보려는데 잘모르겠네요... gap은 왜 생기는것이고 오류난 것은 염기분석 오류인지 pcr ...
A.  피크를 보면 sequencing은 잘 됬습니다. 염기서열 분석 오류는 최소한 아니라는 거지요. PCR 오류도 아닙니다. 왜냐하면 gap이 있는곳이 300 nt 근처인데 PCR 할때 그런위치에서 여러개의 염기가 한꺼번에 건 ...
답변 1  |  2011.12.06
Q. NCBI BLAST error
NCBI BLAST error가 일어나는데요, 저만 이러한 현상이 일어나는 걸까요? 혹시 아래 내용에 대해 아시는 분 계실까요? Exception error: No alias or index file found for nucleotide database [refseq_rna] in search path [/export/home ...
A.  혹시 스마트폰 같은 것으로 연동하여 검색하시나요? install을 해야하는 것들에서는 저런 에러가 날 수 있습니다.
답변 1  |  2013.12.23
Q. Blast 사용에 관하여
이라고 나왔습니다.. [The request ID is 1118645258-13993-69674576410.BLASTQ4] 이 말이 무슨 뜻인가요? 이렇게 찾는 것이 맞은것인지 잘 모르겠습니다.. PARP라는 것이 기존에 알려진 sequence가 없다는 뜻인가요? ...
A.  펩타이드 네개 짜린가요? 너무 작은 것이기 때문에 blast가 않될 겁니다.
답변 1  |  2004.03.03
Q. primer blast관련 질문이요. 고수님들 헬프요.
배열을 확인해보니 확인은 가능하네요. 이런경우는 ncbi blast system의 문제인건가요?? 그리고 또 한가지는 논문에서 발췌한 primer sequence로 product확인을 database상에서 했더니 논문의 product size와 database 상에 ...
답변 0  |  2010.02.09
Q. ncbi blast 메뉴에 대해서!
미생물 동정하려고 하는데 NCBI blast 메뉴 중 Basic blast의 nucleotide blastBLAST Assembled RefSeq Genomes의 microbes의 차이점이 뭔지 알 수 있을까요?
답변 0  |  2014.06.09
Q. 부탁입니다. 생물정보학 PSI- BLAST 해보신분 .....
되는줄 아시는데.. 단백질을 알수록 힘드네요..^^ 그리고 BLASTP에 보면 DATABASE 부분에 보면 nr , refseq , swissprot , pat , pdb, env_nr 중 선택하는게 있는게 DATABASE 소스를 가지고 오는 것같은데 자세하게 설명 좀 ...
A.  DNA 염기서열을 가지고 있는데 그 염기서열이 암호화하고 있는 단백질의 상동성 유전자/단백질을 알고 싶으신건가요 ... 데이타베이스를 뒤지는 tblastx 등이 있습니다. 그 중 blastx를 하시면 됩니다 ...
답변 3  |  2009.03.02
Q. NCBI blast 사용 - siRNA, primer
siRNA 시퀀스가 있는데, 이 siRNA와 동일한 것이 있는지를 NCBI blast를 통해서 확인할 수 있나요? 그리고 덧붙여 동일한 primer가 있 ... blastn&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blast ...
A.  siRNA는 mRNA를 target으로 하는 sequence이기때문에 당연히 blast에서 확인하실 수 있습니다. 또한 원하는 gene에서만 specific하게 bind해야겠지요. 그렇지 않다면 non-specific effect가 될테니...
답변 1  |  2013.10.21
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숏 블라스트(SHOT BLAST)
모델명 없음 | 대신메탈라이징(주) | 2010.12.29
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Index type | 광주테크노파크 | 2005.12.27
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