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실험Q&A    24건 정확도순 날짜순
Q. alternative splicing 확인
그냥 RT-PCR 로는 그 alternative splicing form 이 있는지 없는지 ... 수 있을런지요?) 혹시 alternative splicing 확인하기 위해서 PCR primer 짜는 것에 대해 아시면 조언도 부탁드립니다 ...
A.  각 splice isoform의 relative abundance를 재는데요.. real-time보다는 alternative exon 양쪽의 exon에 primer를 짜서 regular RT-PCR로 확인을 합니다.. 정량을 위해서는 agarose gel에 내려서 밴드 density를 재기도 하지만 보다 ...
답변 2  |  2012.11.21
Q. alternative splicing겪는 gene primer 짜는법에 대해
gene 하나를 detection할 일이 생겼는데 이 gene 이 alternative splicing을 통해 2가지 isotype로 발현돼서 primer짜기가 곤란합니다.. primer를 처음짜봐서 겹치는 부분이 너무 많기도 하고 variant 중에 어떤게 어떤 ...
A.  이미 알려진 gene이라면 빠져나간 exon 부위가 어디인지 알수 있을테니 그것을 참조해서 primer 만들면 됩니다.
답변 1  |  2017.09.29
Q. alternative splicing form이 여러개인 gene은 cloning시 어떻게 mRNA를 선정하시나요?
도움을 요청합니다. NCBI기준 alternative splicing form이 여러개인 유전자의 경우, genernal하게 사용되는 form이 있을 텐데, mRNA에 부여되는 NM_XXXX.X 형태를 google scolar에도 입력해보고, minigene 검색 등.. 다양한 ...
A.  alternative splicing이 다양하게 되는 것은 조직마다 다른 형태의 isoform 단백질이 필요하거나 조직의 환경조건변화에 따라서 다른 isoform이 필요하기 때문입니다. 어느 특정 isoform이 일반적이다 라고 말하기 ...
답변 2  |  2020.01.12
Q. northern blot으로 alternative splicing 확인방법좀요...ㅠㅠ
한 유전자에서 나온 두 단백질을 northern blot으로 이용하여 alternative splicing에 의하여 두 단백질이 생성된다는 이론적이거나 실험적이거나...아무거나 좀 가르쳐주세요..ㅠㅠ
A.  크기의 차이를 보아 splicing의 변화를 검사할 수 있습니다. ... RNase protection assay나 S1 assay 또는 alternative splicing이 이루어지는 부위를 전후로 primer를 디자인하여 PCR product의 size변화 및 PCR의 all or none으로 ...
답변 2  |  2008.03.18
Q. EST 분석을 통한 splicing에 대한 질문입니다~
exon 5와 exon 7에서 끝나있는데요. 이게 여기서 alternative splicing이 일어나 EST 분석시 probe들이 exon5와 exon7을 읽지 못해서 그런가요? 아니면 그냥 sequencing할때 여러?(800bp>)base를 읽지 못하므로 그런건가요? ...
답변 0  |  2012.05.15
Q. alternative splcing질문이요
밑에 splicing 질문 올린 사람인데요 좀 찾아보니까 alternative splicing이 맞는거같습니다 제꺼 sequence를 분석해보니 중간중간 stop codon이 막 잇는데 그렇다면 제가 얻어냇던 mRNA는 제거될 mRNA엿다고 결론 ...
A.  보통 premature stop codon이 만들어지는 mRNA의 경우 NMD pathway에 의해 제거됩니다. 실험적으로 확인하려면 cycloheximide 등 NMD inhibitor를 처리했을 때 해당 mRNA가 accumulation되는 것을 보여주면 됩니다.
답변 1  |  2014.02.02
Q. Alternative splicing varients들 qPCR로 measure할때
experssion level을 보고자 하는 gene이 8개의 Alternative splicing varients를 가지고 있네요;;; 각각의 Transcripts leve을 보고 싶은데요. qPCR을 하기 위해서 Primer를 제작했는데, 원하는 Size을 Band도 나오지만 그렇지 ...
A.  일반적으로 프라이머 제작할 경우 Primer3 프로그램을 쓰고 있습니다. http://frodo.wi.mit.edu/primer3/ 혹은 NCBI 에서 보고자 하는 유전자 (Gene)의 각각의 isoform mRNA NM__****시퀀스로 들어간 후, 오른쪽에 보면 pick ...
답변 1  |  2010.04.14
Q. poly a tail, alternative splicing의 차이점과 비슷한점.
Poly a tail을 읽어보던 중 alternative splicing과 비슷하다고 나와있는데 차이점과 공통점을 잘 모르겠습니다..혹시 아시는분 계신가요ㅠㅠ 부탁드립니다!
A.  시작한 것이거든요. 그래서 alternative polyadenylation이라고 합니다. 즉, ... 그래서 아마도 질문하신 것처럼 splicingalternative하게 생긴다고 해서 공통점을 가진다고 할 수 있나 봅니다. 하지만 기전은 ...
답변 2  |  2017.12.21
Q. band가 두 개로 나오는 이유
band 길이가 너무 짧다고 생각하는데.. mRNA 과정 중 alternative splicing 이 일어났다고 생각해봤지만 다른 sample을 사용해도 그렇거든요. 매번 mRNA로 되는 과정마다 그런 일이 일어나지 않을 꺼 같은데.. 제가 ...
A.  real-time PCR을 하신다면, probe를 사용하실 꺼 아닌가요?..그냥..sybr 만 사용하시기엔..정확한 데이타를 얻기 힘들것 같아보입니다.. 유전자들에 따라서는 1copy인 것도 있지만..2~이상의 copy를 가진 유전자 ...
답변 2  |  2008.02.07
Q. sequence(intron 부위) 분석방법 알려주세요
RT-PCR 후 exon sequence 를 확인하던 차에 이유전자가 alternative splicing을 하는게 아닌가 하는 생각을 하게되었습니다. 아니면 pre-mRNA 가 잡혔던지요... 지금 궁금한건 이유전자의 intron 부위 sequence가 다른 ...
답변 0  |  2009.10.14
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