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실험Q&A    159건 정확도순 날짜순
Q. RNA-seq 결과와 Real-time PCR 결과가 다릅니다.  |  첨부파일 첨부파일
각각 3개의 샘플을 RNA later에 넣은 후 RNA-seq 분석을 의뢰하였습니다. ... PCR을 진행하였습니다. RNA-seq을 했던 sample이 아닌 다시 Cell을 키워 얻은 RNA sample을 cDNA로 합성한 후 Real-time PCR을 진행하였는데, RNA ...
A.  모든게 영향을 줄 수 있습니다. 먼저, RNAseq 실험이 잘 되었는지 RNA quality (purity, quantity, RIN value), sequencing quality (q-score 및 mapping rate) 등을 검토해보시면 좋을 것 같습니다. qPCR에서 타겟하신 유전자가 ...
답변 8  |  2021.06.16
Q. RNA seq에서 한 mRNA내의 다른 빈도수
RNA seq한 결과 같은 mRNA에서 특정 exon부위에서만 reads가 낮게나오는건 왜 그런건가요?
A.   흔한 일입니다. 그래서 RNA-seq 분석에서 read count를 exon 단위가 아니라, gene단위나 transcript 단위로 총합을 구하게 되는 것이죠. 이건 실제(real)적인 문제일 수도 있고, 분석기술의 한계일 수도 있습니다. ...
답변 1  |  2020.06.07
Q. RNA seq data 분석 방법
안녕하세요 RNA seq data 분석을 처음 ... 진행해봤지만 실제로 RNA seq data 분석을 진행해보는 것은 이번이 처음입니다. 책과는 다르게 이제 제가 reference genome을 직접 다운로드 받아서 제가 가지고 있는 RNA ...
A.  저도 곧 RNA-seq 의뢰맡기고 분석받으려고 하는데 http://www.kgol.org/main/index.jsp 이 사이트에서 약 100분짜리 RNA-seq 분석 인강이랑 블로그 자료들 찾아서 공부좀 해보니 틀이 좀 잡히더라구요ㅎㅎ
답변 2  |  2020.07.06
Q. 이런경우 RNA-seq 재분석을 업체에 요청해도 되는 걸까요?
RNA-seq 분석을 업체에 요청하여 ... 것을 확인했습니다. 즉 RNA-seq 결과에서는 대조군 대비 2배 이상 감소하거나 증가하였는데 (P<0.05) 제가 진행한 real-time PCR 결과에서는 유의한 차이가 나오지 않았고, ...
A.  찾아서 확인해 보세요. RNA-seq과 qRT-PCR 정량 간의 ... 때문에, 일방적으로 RNA-seq의 문제로 판단할 수 없겠죠. 현재에서 속내용을 더 들여다본다면, RNA read가 매핑된 원시파일(bam)을 달라고 해서 해당 ...
답변 4  |  2020.06.10
Q. RNA-seq sample preparations 방법
조직에서 RNA를 추출하여 RNA-seq를 하고 싶습니다. 제가 아는 방법이 맞는건지 궁금하여 글을 남깁니다. sacrifice할때 관류를 하여 장기내의 혈액을 제거하여 주고, 그 후에 RNA LATER에 조직을 적당량을 ...
A.  바로 얼렸는데 추출한 RNA가 분해되었다는 것은 보관이나 샘플링이 아니라 추출의 ... 완전히 제거한 후에 넘어가는 것이 안전합니다. RNAlater는 액체질소나 -80도 보관이 불가능한 상황에서 사용하는 ...
답변 1  |  2019.02.05
Q. RNA-seq 결과와 Realtime PCR 결과가 다릅니다.
처리군 각각 5개씩 RNA 샘플을 만들었고, RNA-seq 분석을 의뢰할 때에는 5개의 샘플을 pooling해서 Control과 처리군 각각 1개의 샘플로 분석의뢰를 진행했습니다. 이후 5개의 샘플 각각을 cDNA 합성을 ...
A.  수 있습니다. 그리고 RNAseq결과가 유의하더라도 ... 있고요. 다음으로 RNAseq에서 측정되는 변수유형이 gene인 경우 다양한 isoform이 존재하는데 PCR에서 반영이 안된 경우가 있습니다. 이런건 RNA read가 ...
답변 3  |  2020.05.01
Q. 특정 gene knockout된 primary cell의 RNA-seq결과..
마우스(+/-)에서 뽑은 세포에서 RNA를 뽑아 RNA-seq을 해보았습니다. 시퀀싱 결과, 당연히 정상군에 비해 +/-에서 특정 gene A가 낮게 발현될 줄 알았는데, 정상군과 큰 차이가 없는 것을 확인하였습니다. ...
A.  같을겁니다. 일단 만들어진 RNA가 casette가 같이 있는 상태로 transcription되었을 것이고요. RNA-seq에서 쓰였던 probe가 knockout되는 지점의 것을 쓰지 않은 것 같고, QPCR에서 쓰인 프라이머는 knockout된 지점 ...
답변 2  |  2019.02.08
Q. RNA_seq 연습중 질문있습니다.
제가 Brain 내에서 특정 시약을 처리 한 후의 RNA_Seq 데이터가 있는지 확인 후, 딱 원하는 약물들이 다 있진않지만 하나가 있어서 ENA Browser를 통해서 Fastq 파일을 받았는데요. 수업때 교수님(?)이 ...
A.  있으면 single end 일 확률이 높고, RNA-seq 같은 경우, 가장 편한게 STAR 입니다. 보통 코어당 8기가정도 메모리 잡습니다. 일반적으로는 fastq 파일용량에 따라 메모리를 할당합니다. 아닐경우 TMP 폴더를 ...
답변 2  |  2021.12.17
Q. Quantitative Gene detect RNA-seq 돌리고 나서 qRT-pcr 돌리는 이유가?
Quantitative Gene detect RNA-seq 돌리고 나서 회귀 돌린다음에 유의한 gene들을 알아내고 그 검증과정으로 마지막에 qRT-pcr을 꼭 돌려서 확인하더라구요. 혹시 마지막 검증과정으로 왜 rt-pcr 돌리는지 알려주세요.
A.  RNA-seq 을 수행한 뒤, 결과를 분석하는 과정에서는 in-silico 기반의 여러가지 분석기법들이 활용 됩니다. 이 과정은 인간이 눈으로 직접 할 수 없고 Assembly, Align 등을 수행 해 주는 프로그램이 해 주는 ...
답변 1  |  2017.03.10
Q. RNA seq 데이터 그리기 (gene therapy 후 transcriptome profile 변화 목적)
대조군과 실험군 모두 RNA seq 보내어 데이터를 ... 모르겠네요.. 3) 혹시, RNA seq data 분석을 처음 하는 저같은 사람이 도움을 받을 수 있는 website나 정보란이 있을까요 ...
답변 0  |  2019.09.25
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단일세포 RNA 분석 기기(Signle Cell RNA...
모델명 없음 | 연세대학교 의료원 산학협력단 | 2017.08.02
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Ion Proton | 부산대학교 산학협력단 | 2014.01.15
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