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실험Q&A    18건 정확도순 날짜순
Q. RNA-seq DEG 하는데, 실험군에서 소량의 다른 생물의 RNA가 존재한다면?
. de novo RNA-seq으로 eukaryote 1종에 대한 DEG실험을 진행하려고 합니다. 그런데 실험 설계상, 실험군에서는 대조군과 같이 타겟으로하는 본 eukaryote 1종 이외에, 아주 소량의 또다른 eukaryote 1종의 RNA (세포는 ...
A.  영향을 줄 수도 있고 안 줄수도 있습니다. 그런데 그 영향을 확실하게 알긴 어려울 것 같고, alignment를 할 때 mismatch의 개수나, read 대비 mismatch의 비율 등을 조금 엄격하게 설정해서 false positive의 개수를 ...
답변 1  |  2017.02.14
Q. DDRT_PCR과 DEG PCR의 차이점?
PCR(differential display reverse transcriptase PCR)과 DEG(differentially expressed gene) PCR_ Gene Fishing 의 차이점을 가르쳐 주세요... 두개가 같은 건가요?? 같다면 왜 용어가 틀린지?? 틀리다면 왜? 어떻게 틀린지.. ...
A.  생각 하시면 될 것 같습니다. 다만 DEG는 회사에서 Random primer 및 spacer를 특별히 제작했다고 해야 할까요??? 왜냐하면 기존은 8-9mer 정도의 random primer를 사용한 DD-PCR의 경우에는 false result가 많이 나오는 ...
답변 1  |  2009.05.20
Q. transformation 할때 37deg 배양기에 습도는 어느정도로 맞춰야 하나요?
transformation 할때 37deg 배양기에 습도는 어느정도로 맞춰야 하나요? 혹시 몰라서 배양기 바닥에 있는 plate에 물을 좀 놔 뒀는데 상관없나요?
A.  대장균 실험이라면 습도는 생ㄱㄱ하지 않아도 됩니다. 그저 배지가 마르지 않을정도면 되는데 하루정도 우무배지를 둬도 마르거나 하지는 않으니까요. 보통은 비이커에 물을 넣어 두기는 합니다만......
답변 2  |  2011.12.21
Q. Transcriptome DEG 실험에서, expression level 확인시.. qPCR vs dPCR
타겟 종에 대한 de novo RNA-seq 분석 후, 조건에 따른 DEG (differentialy expressed gene) 분석을 진행하려고 합니다. 이때, unigene에 대한 발현량 컨펌을 PCR로 진행하려고 하는데요. 흔히 사용하는 qPCR 이용말고, ...
A.  가장 좋은 것은 두 방법으로 모두 확인 해 보았을때, 예상한 결과가 두 방법에서 모두 나오는 것 이라고 생각합니다. 하지만 여건이 되지 않는다면, 개인적으로는 internal control 이 필요없는 ddPCR 로 확 ...
답변 1  |  2017.02.05
Q. RNA-Seq DEG 그래프 해석 문제
안녕하세요. RNA-Seq을 분석하려 하는 학부 연구생입니다. upload_image 한 홈페이지 프로그램으로 DEG를 실행시킨 결과인데 gene-est, fitted, final 과 x축 y축이 의미하는 바를 몰라 질문드립니다.
답변 0  |  2019.05.09
Q. Differential gene expression 서비스 하는 곳 아시나요?
씨젠이라는 회사에서 ACP-PCR 을 통한 DEG 분석서비스를 했는데, 요즘에는 그 서비스를 하지 않네요. 국내에 differential gene expression (DEG) 를 하는 업체 좀 알려주세요 한 줄 댓글이라도 감사히 받겠습니다. ...
답변 0  |  2011.10.18
Q. cell에서RNA를 뽑았는데.. mitochondrion DNA 가 있을수 있나요?
밴드 보고 DEG 분석하는데..(genefishing을 업체에 맡겨서 DEG후보 12개를 받았습니다) RNA로 genefishing 하는데 mitochondrion DNA가 나올수 있나요? 뭘 잘 모르는 학생입니다. 너무 나무라지 마사고 ...
답변 0  |  2007.02.13
Q. Ag, Ab 보관조건
평소에 당연하게 Ag 과 Ab들을 sheet에 적힌 조건대로 4deg. 또는 deep freezer에 보관하며 사용하고있는데요. 왜 4deg.여야 하냐? 왜 얼려야 하나? 라는 질문을 들었습니다. 이질문에 대해 논문이든 뭐든 자료를 ...
A.  antibody storage 에 대해서 질문하셨습니다. Using antibodies/Ed Harlow David Lane /CSHL PRESS chapter 4. Handling antibodies P64 쪽에 보면 Storing antibodies 에 대해 나와 있습니다. 요점만 요약하면 보통 오래 보관하려면 -20도 ...
답변 2  |  2017.03.17
Q. 효소농도 계산좀 도와주세요
of FALGPA (Furylacryloyl-LEU-GLY-PRO-ALA, F5135) per minute at pH 7.5 at 25 deg C in the presence of calcium ions. units/mg solid (Caseinase) < 150 _ Units/mg solid (Clostripain) < 2.0 _ Recommended Retest Period ------------------------- 6 years 라는 제품을 ...
답변 0  |  2017.06.19
Q. 식물 유전자 발현차이 분석법
싶은 초보 연구자입니다. 씨젠에서 나오는 GeneFishingTM DEG kits (Seegene)로 결정하였는데 이제 회사에서 생산을 중단했다는 이야기를 들었습니다. 제가 관심있는 부분은 식물에서 일반작물과 스트레스 ...
A.  현재 DEG 발굴에 가장 효율적인 방법은 RNAseq 입니다. RNA 라면 뭐든지 다 읽어서 카운트하게되니 놓치는 것이 없습니다. 통계적으로 처리를 잘 하기만하면. 그에 비해 씨젠의 DEK kit은 random 프라이머 ...
답변 1  |  2014.06.02
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