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실험Q&A    46건 정확도순 날짜순
Q. DDRT_PCR과 DEG PCR의 차이점?
PCR(differential display reverse transcriptase PCR)과 DEG(differentially expressed gene) PCR_ Gene Fishing 의 차이점을 가르쳐 주세요... 두개가 같은 건가요?? 같다면 왜 용어가 틀린지?? 틀리다면 왜? 어떻게 틀린지.. ...
A.  생각 하시면 될 것 같습니다. 다만 DEG는 회사에서 Random primer 및 spacer를 특별히 제작했다고 해야 할까요??? 왜냐하면 기존은 8-9mer 정도의 random primer를 사용한 DD-PCR의 경우에는 false result가 많이 나오는 ...
답변 1  |  2009.05.20
Q. up & down-regulated DEG랑 Gene ontology pathway랑 연관지을 때
유전자가 가지능 분자기능이라 이것들이 up & down-regulated DEG와 관련이 있는 pathway 같아서 각각의 유전자와 pathway와의 연관성을 찾아보려는데 힘드네요.. pathway별 관련된 유전자가 정리되어있는 사이트 ...
A.  GO:XXXX는 pathway가 아닙니다. 현재까지 밝혀진 정보도 많지만 앞으로도 연구를 통해 새로운 자료가 많이 나오기 때문에 한눈에 볼수 있도록 정리된 자료는 없고 database 형태로 자료를 볼수가 있습니다. ...
답변 2  |  2021.01.21
Q. FPKM으로 DEG를 하려고 하는데 질문이 있습니다.
DEG의 fold change값이 좀 다릅니다. 예를 들면 저는 DEG에서 UP-regulation된 gene이 1254, down이 387개면 그 선생님은 UP이 773개, down이 659개네요...ㅋㅋ;; 제가 더 많이 발현한다고 보이는것도 있고 저한테는 안 뜬 ...
A.  안녕하세요? 우선 RNA-seq 을 수행하려는 reference 는 어떤 것을 쓰시나요? 유전체 또는 전사체에서 나온 gene model (feature) 들일 텐데, 이들 중에서 isoform 들은 가능한 한 제거해주시는 편이 좋습니다. Primary ...
답변 2  |  2022.06.24
Q. DEG 선별후에 validation에 관해서 궁금한게 있습니다.
RNA-Seq 후에 DEG들을 선별하였고 그중에서 특정 gene들의 발현 양상을 조직과 뇨에서 검증을 해야되어 western blot을 수행하였습니다. 결과는 예상했던것처럼 잘 나왔는데... 후보군은 mRNA 레벨에서 정해놓고 ...
A.  샘플이 아직 남아 있으면 RNA 뽑아서 validation의미로 qPCR 도 함께 넣으세요. 많은 리뷰어들이 실제적인 function을 담당하는 단백질 양의 변화도 함께 보기를 원합니다. 사실 gene (mRNA)와 protein의 expression ...
답변 1  |  2020.11.04
Q. RNA-seq DEG 하는데, 실험군에서 소량의 다른 생물의 RNA가 존재한다면?
. de novo RNA-seq으로 eukaryote 1종에 대한 DEG실험을 진행하려고 합니다. 그런데 실험 설계상, 실험군에서는 대조군과 같이 타겟으로하는 본 eukaryote 1종 이외에, 아주 소량의 또다른 eukaryote 1종의 RNA (세포는 ...
A.  영향을 줄 수도 있고 안 줄수도 있습니다. 그런데 그 영향을 확실하게 알긴 어려울 것 같고, alignment를 할 때 mismatch의 개수나, read 대비 mismatch의 비율 등을 조금 엄격하게 설정해서 false positive의 개수를 ...
답변 1  |  2017.02.14
Q. Differentially Expressed Genes(DEG)
RNA analysis시에 Differentially Expressed Genes(DEG)을 구하는 이유가 뭔가요? (튜토리얼 보면서 독학 중인데 왜 이걸 구해야 하는지 이유를 모르겠습니다.)
A.  결국 실험군간에 어떤 유전자가 차이가 나는지 확인하여서(DEG 분석), 다음 실험을 어떤 식으로 진행할지 design을 하지요 ...
답변 1  |  2020.08.05
Q. transformation 할때 37deg 배양기에 습도는 어느정도로 맞춰야 하나요?
transformation 할때 37deg 배양기에 습도는 어느정도로 맞춰야 하나요? 혹시 몰라서 배양기 바닥에 있는 plate에 물을 좀 놔 뒀는데 상관없나요?
A.  대장균 실험이라면 습도는 생ㄱㄱ하지 않아도 됩니다. 그저 배지가 마르지 않을정도면 되는데 하루정도 우무배지를 둬도 마르거나 하지는 않으니까요. 보통은 비이커에 물을 넣어 두기는 합니다만......
답변 2  |  2011.12.21
Q. DEG 선별 p-value, q-value
비교해야 하는지 아니면 A는 p-value, B는 q-value 기준에 의한 DEGs를 선별하여 비교 분석하는 것이 맞는지 알고 싶습니다. cell은 구하기 힘들어서 추가 실험하기는 어렵습니다 ...
답변 0  |  2020.08.20
Q. RNA-seq에 대한 질문입니다.
gene인지 확인이 불가능한건가요?? functional annotation은 추후 DEG 분석 결과를 바탕으로 GO나 KEGG 분석을 진행해서 기능적으로 파악하는건가요?? 답변부탁드립니다 ...
A.  분석 library 를 사용해서 mapping data 를 normalization 한 뒤 DEG 를 얻는 과정을 일반적으로 사용합니다. annotation 은 일반적으로 말씀하시는 대로 functional annotation 을 말하는게 맞을겁니다. 다양한 방법이 ...
답변 1  |  2022.03.23
Q. Transcriptome DEG 실험에서, expression level 확인시.. qPCR vs dPCR
타겟 종에 대한 de novo RNA-seq 분석 후, 조건에 따른 DEG (differentialy expressed gene) 분석을 진행하려고 합니다. 이때, unigene에 대한 발현량 컨펌을 PCR로 진행하려고 하는데요. 흔히 사용하는 qPCR 이용말고, ...
A.  가장 좋은 것은 두 방법으로 모두 확인 해 보았을때, 예상한 결과가 두 방법에서 모두 나오는 것 이라고 생각합니다. 하지만 여건이 되지 않는다면, 개인적으로는 internal control 이 필요없는 ddPCR 로 확 ...
답변 1  |  2017.02.05
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