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실험Q&A    21건 정확도순 날짜순
Q. RNA-seq DEG 하는데, 실험군에서 소량의 다른 생물의 RNA가 존재한다면?
. de novo RNA-seq으로 eukaryote 1종에 대한 DEG실험을 진행하려고 합니다. 그런데 실험 설계상, 실험군에서는 대조군과 같이 타겟으로하는 본 eukaryote 1종 이외에, 아주 소량의 또다른 eukaryote 1종의 RNA (세포는 ...
A.  영향을 줄 수도 있고 안 줄수도 있습니다. 그런데 그 영향을 확실하게 알긴 어려울 것 같고, alignment를 할 때 mismatch의 개수나, read 대비 mismatch의 비율 등을 조금 엄격하게 설정해서 false positive의 개수를 ...
답변 1  |  2017.02.14
Q. DDRT_PCR과 DEG PCR의 차이점?
PCR(differential display reverse transcriptase PCR)과 DEG(differentially expressed gene) PCR_ Gene Fishing 의 차이점을 가르쳐 주세요... 두개가 같은 건가요?? 같다면 왜 용어가 틀린지?? 틀리다면 왜? 어떻게 틀린지.. ...
A.  생각 하시면 될 것 같습니다. 다만 DEG는 회사에서 Random primer 및 spacer를 특별히 제작했다고 해야 할까요??? 왜냐하면 기존은 8-9mer 정도의 random primer를 사용한 DD-PCR의 경우에는 false result가 많이 나오는 ...
답변 1  |  2009.05.20
Q. transformation 할때 37deg 배양기에 습도는 어느정도로 맞춰야 하나요?
transformation 할때 37deg 배양기에 습도는 어느정도로 맞춰야 하나요? 혹시 몰라서 배양기 바닥에 있는 plate에 물을 좀 놔 뒀는데 상관없나요?
A.  대장균 실험이라면 습도는 생ㄱㄱ하지 않아도 됩니다. 그저 배지가 마르지 않을정도면 되는데 하루정도 우무배지를 둬도 마르거나 하지는 않으니까요. 보통은 비이커에 물을 넣어 두기는 합니다만......
답변 2  |  2011.12.21
Q. DEG 선별 p-value, q-value
비교해야 하는지 아니면 A는 p-value, B는 q-value 기준에 의한 DEGs를 선별하여 비교 분석하는 것이 맞는지 알고 싶습니다. cell은 구하기 힘들어서 추가 실험하기는 어렵습니다 ...
답변 0  |  2020.08.20
Q. Transcriptome DEG 실험에서, expression level 확인시.. qPCR vs dPCR
타겟 종에 대한 de novo RNA-seq 분석 후, 조건에 따른 DEG (differentialy expressed gene) 분석을 진행하려고 합니다. 이때, unigene에 대한 발현량 컨펌을 PCR로 진행하려고 하는데요. 흔히 사용하는 qPCR 이용말고, ...
A.  가장 좋은 것은 두 방법으로 모두 확인 해 보았을때, 예상한 결과가 두 방법에서 모두 나오는 것 이라고 생각합니다. 하지만 여건이 되지 않는다면, 개인적으로는 internal control 이 필요없는 ddPCR 로 확 ...
답변 1  |  2017.02.05
Q. RNA-Seq DEG 그래프 해석 문제
안녕하세요. RNA-Seq을 분석하려 하는 학부 연구생입니다. upload_image 한 홈페이지 프로그램으로 DEG를 실행시킨 결과인데 gene-est, fitted, final 과 x축 y축이 의미하는 바를 몰라 질문드립니다.
답변 0  |  2019.05.09
Q. Differentially Expressed Genes(DEG)
RNA analysis시에 Differentially Expressed Genes(DEG)을 구하는 이유가 뭔가요? (튜토리얼 보면서 독학 중인데 왜 이걸 구해야 하는지 이유를 모르겠습니다.)
A.  결국 실험군간에 어떤 유전자가 차이가 나는지 확인하여서(DEG 분석), 다음 실험을 어떤 식으로 진행할지 design을 하지요 ...
답변 1  |  2020.08.05
Q. Differential gene expression 서비스 하는 곳 아시나요?
씨젠이라는 회사에서 ACP-PCR 을 통한 DEG 분석서비스를 했는데, 요즘에는 그 서비스를 하지 않네요. 국내에 differential gene expression (DEG) 를 하는 업체 좀 알려주세요 한 줄 댓글이라도 감사히 받겠습니다. ...
답변 0  |  2011.10.18
Q. cell에서RNA를 뽑았는데.. mitochondrion DNA 가 있을수 있나요?
밴드 보고 DEG 분석하는데..(genefishing을 업체에 맡겨서 DEG후보 12개를 받았습니다) RNA로 genefishing 하는데 mitochondrion DNA가 나올수 있나요? 뭘 잘 모르는 학생입니다. 너무 나무라지 마사고 ...
답변 0  |  2007.02.13
Q. Ag, Ab 보관조건
평소에 당연하게 Ag 과 Ab들을 sheet에 적힌 조건대로 4deg. 또는 deep freezer에 보관하며 사용하고있는데요. 왜 4deg.여야 하냐? 왜 얼려야 하나? 라는 질문을 들었습니다. 이질문에 대해 논문이든 뭐든 자료를 ...
A.  antibody storage 에 대해서 질문하셨습니다. Using antibodies/Ed Harlow David Lane /CSHL PRESS chapter 4. Handling antibodies P64 쪽에 보면 Storing antibodies 에 대해 나와 있습니다. 요점만 요약하면 보통 오래 보관하려면 -20도 ...
답변 2  |  2017.03.17
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