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실험Q&A    329건 정확도순 날짜순
Q. ChIP에 관한 급질문~
histone ChiP을 하려고 setting 중입니다. 우선 sonication condition 을 잡기위해 1% formaldehyde로 fixation한 후 시간대별 로 sonication을 하고 decrosslinking을 한후 DNA 를 확인하면 이상하게 DNA가 잘리 지 않고 그냥 ...
A.  잘은 모르지만 histone 자체의 modification을 보신다면 궂이 crosslinking이 필요하지 않을 것 같은데요. ^^
답변 4  |  2007.04.01
Q. ChIP을 위해 sonication condition을 잡으려하는데 DNA가 안 잘립니다. ㅡ.,ㅡ  |  첨부파일 첨부파일
문제 해결을 하지 못해 같은 질문을 다시합니다. histone ChiP을 하려고 setting 중입니다. 우선 sonication condition 을 잡기위해 1% formaldehyde로 fixation한 후 시간대별 로 sonication을 하고 decrosslinking을 한후 DNA ...
A.  crosslinking condition은 cell마다 다른거니깐 좀 더 조정해보셔야 할듯합니다. lysis buffer는 deoxycholate가 들어간게 RIPA비슷한거군요..? 0.1% SDS에 Tris는 Upstate의 kit에서도 그정도입니다~ 제가 있는 실험실 주변 ...
답변 1  |  2007.05.15
Q. ChIP할 때 몇가지 궁금한 사항입니다..
제가 실험하는 건 ES cell로 하는데 제가 찾은 논문의 protocol을 보면 2*10^6의 cell로 하더라고요.. ... ..제대로 되었는지 확인은 어느 스텝에서 가능할까요? ChIP을 해보신분들께서 조언을 부탁드립니다, ...
A.  Spin down 하실 때 Serum을 최종농도 10%정도 되게 넣어 주시고 하면 pellet이 잘 보입니다. 2million cell이면 엄청 많은 양인데요. 얼마나 빨리 돌리시는지 모르겠네요.
답변 4  |  2007.10.05
Q. ChIP을 하려고 하는데요...어떻게 해야할지...ㅠ
불구하고... 실험실 들어온지 얼마 되지도 않았는데 ChIP을 하라네요..ㅡㅡ 제가 아는게 별로 없어서 그런데... 대충 찾아본 정보로 이해한건... A라는 protein이 chromatin에 있는 B gene의 promoter에 binding하고 ...
A.  당연히 다른 논문 참고 하셔도 되구요.. 단 PRIMER는 당근 B GENE을 보셔야겠죠.. 일단 chip의 개념을 잡으시구요.. 그다음엔 pcr이니까.. 혹시 잘모르시면 pcr primer잡는 일반적인 개념을 생각하시구요..
답변 3  |  2007.09.20
Q. ChIP에 사용하는 lysis buffer....
gDNA를 sonication 하고 있는지...어째든 좀 필요한데요... 지금 ChIP에 사용하는 lysis buffer에는 SDS,EDTA,Tris-HCl,P.I 이렇게 들어갑니다. lysis하고..sonication 안하고 reverse cross-link 한다음에 DNA 뽑아서 걸어보니까 ...
A.  genomic DNA를 뽑는것과 동일하게 하셔도 될것 같습니다. 흔히 ChIP을 할때는 sonicated 된 total input DNA를 PCR의 control로 쓰지, genomic DNA를 쓰진 않죠 사실..; ...
답변 1  |  2007.10.26
Q. ChIP 여러 조건들....ㅠㅠ
때문에 양이 달라질것 같은데....다른 실험은 모르겠지만, ChIP은 sonication 조건때문에 양이 좀 정확해야할 것 같아서요^^; 뭐..counting하는게...정확하진 않겠지만... 이래저래 실험이 안돼서 답답한것도 ...
답변 0  |  2008.01.09
Q. protein chip 실험 대행해주는 곳?
invitrogen에서 나오는 protein chip 실험 대행해 주는 곳이 있나요? genechip은 많은 것 같은데 protein chip 회사 정보는 못찾겠네요. 아시는분 알려주세요~
A.  어떤 실험을 하시는지 자세히는 모르지만 프로테오젠에 한번 문의해보세요.. 저도 거기서 도움을 많이 받았답니다..
답변 1  |  2007.12.20
Q. 지냐님? ChIP 질문좀 드릴게요^^;
문제여서요.. 제가 하는 순서를 말씀드리면.. sample 180㎕ + chip dilution buffer 820㎕ (대부분 10배라고 나오던데...2ml 튜브도 없고..그걸 돌릴만한게 없어서..ㅡㅡ;; 그냥 total 1ml 맞췄습니다..dilution buffer의 ...
A.   그리고 아시겠지만 IP가 된다고 ChIP이 꼭 되지는 않습니다. ChIP은 crosslink가 된 상황에서 epitope을 잡아내는거라서, 아무래도 쓰이는 antibody도 polyclonal이면 좋구.. anti FLAG을 쓰시고 계셨죠? 혹시 모 회사의 ...
답변 2  |  2007.12.21
Q. ChIP에 사용할 antibody
chip을 하는데요.. 일단 chip하기 전에 확인하기 위해서 cross link 시켜놓은 상태에서 sonication하고 antibody로 IP한걸 가지고 IP가 잘 이루어 졌는지 western을 해봤는데요 band가 자꾸 보이지 않아서..ㅠ 좀 ...
A.  질문하신 경우는 물론 있을수 있습니다. 사용하시는 antibody가 monoclonal anti-flag이라면 더더욱.. 하지만 flag-tag을 c-terminus와 n-terminus에 각각 해주셨다면 큰 문제는 아닐것 같은데.. 음.. band가 잘보이지 않 ...
답변 1  |  2007.12.12
Q. CHIP 조건 Phenol extraciton well에 걸려요  |  첨부파일 첨부파일
지금 CHIP 실험을 하고 있는 석사 1년차입니다. CHIP 조건을 새로 잡기 위해 CROSSLINGKING 후 SONICATION을 횟수로 나누어 GEL을 내려 SIZE를 확인하려고 했습니다. DNA를 EXTRACTION한 실험방법은' 1. Sonication 한 lysate ...
A.  음.. Reverse-crosslinking 과정에 문제가 있어 fixation 된것들이 aggregation 되어서 내려오지 않는 것이라 생각되는데. Trizol 로 DNA 를 추출하신 이유가 있나요?? Trizol 의 상층액은 대부분이 RNA 일 것이며, 상층 ...
답변 1  |  2016.12.11
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