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실험Q&A    747건 정확도순 날짜순
Q. 염기서열 자동으로 세어주는 프로그램이 있나요?
이런 서열을 넣으면 엑손부분부터(아니여도 상관없음) 염기를 카운트해서 몇개인지 세어주고 코돈을 세어주는 프로그램이요 꼭 답변해 주세요~ ^ ...
A.  합니다. 파일은 비어 있어도 됩니다. 파일 이름이 인풋 염기 서열이 된니까 extension 없이... 그리고는 snakefile을 아래와 같이 만듭니다. SAMPLE=["CAAATTAAACCACCA","CTACAGTGAAATCTC","CTACAGAGAAATCTC"] rule all: input: expand ...
답변 5  |  2006.07.01
Q. 염기서열 비교분석  |  첨부파일 첨부파일
표현해야할지 모르겠어요. phydit에서 보면 해단균주의 염기서열중 몇번째 bp라고 알려주긴하는데... 글로 풀어서 가져오라고 하시는데 난감하네요. 한가지더 질문 드리자면 N값이나 블랭크된 부분도 ...
A.  어려움을 충분히 이해합니다. 저도 전공자도 아닌 사람이 누구 가르쳐 주는 사람도 없이 거의 독학으로 했거든요. 가까이 계시다면 직접 가르쳐드리고 싶기까지 하네요. 아마 기초적인 부분만 시퀀싱 ...
답변 4  |  2011.06.27
Q. 염기서열 분석 및 계통수 작성
어떻게 해석해야하는지요? 질문2) 계통수 작성할때 중복 염기는 어떻게 해야는지요?? 오랜만에 실험하면서 안쓰는 근육 썼더니 적응이 안돼네요 .. 선배님들의 지도 편달 부탁드립니다. ...
답변 0  |  2013.06.19
Q. 코돈의 세번째 염기가 바뀌는 이유
plasmid가 E.coil 에 transformation된 이후, 세포 내에서 3번째 염기의 mutation 이 일어난다고 볼수 있겠는데...이게 핵 내에서 plasmid의 replication 과정중 일어나는 걸까요? 아니면 plasmid가 세포 내에서 머무는 ...
A.  저희 실험실에서도 여러가지 origin의 gene들을 몇 년째 취급하고있는데 plasmid T/F한 후에 E.coli 내에서 codon이 변하는 경우는 아직 확인하지 못하였습니다. 따라서 제 생각엔 단순히 PCR시에 우연의 일치로 ...
답변 8  |  2019.06.15
Q. protein sequence와 염기서열에 관해 질문드립니다~
기입해도 되는지.. 아니면 NCBI에서 해당 protein의 염기서열을 찾아야 하는지 잘 몰라서 질문드립니다 ㅜㅜ 간단한 것도 잘 몰라서 부끄럽네용 ㅜㅜ 답변 부탁드립니다 ...
A.  벡터를 삽입한 세포를 배양하고 recombinant protein을 추출정제 하셨을테니 삽입된 벡터의 염기서열을 알고계신분한테 정보를 요청하시는게 좋겠네요
답변 1  |  2016.08.25
Q. 특정 균주만 !! 가진 염기서열을 찾고자 하려고 합니다...
어떤식으로 찾아내나요?ㅠㅠ 유전자를 찾는것이 아니라 염기 서열을 찾는것 입니다 ㅠㅠ 이쪽 연구는 제가 처음이라 선배들도 없고 막막하네요 ㅠㅠ도와주세요 ...
답변 0  |  2015.01.30
Q. 전체 염기서열을 비교해볼수있는 프로그램은 뭐가 있나요???처음 실험하는 학생입니다ㅠㅠ도와주세요ㅠㅠㅠ
사이즈 이상 부분만을 찾아내면 됩니다. 그냥 생각해보면 염기서열 쭉 병렬로 띄워두고 공통된부분과 다른부분이 표시되는 그런 프러그램도 있을것같은데.. 가능한 프로그램이있을까요??? 도와주시면 ...
A.  저도 전공은 아닙니다. 지극히 사견을 적어 봅니다. NGS와 같은 full 시퀀싱을 대행하셔서 진행하셨거나 랩에 장비가 있어 진행하셨다면... 대행업체와 시퀀스 기계 업체에 연락해 학술 지원을 받아 보 ...
답변 2  |  2015.01.31
Q. 염기서열분석회사 추천
수가 없어서 답답하네요. 이런 경우 해결방법이나 유전자 염기서열분석을 잘 하는 회사를 알고 계시다면 추천부탁드립니다 ...
A.  염기서열 분석을 전문으로 하는 회사는 국내에 많이 있습니다. 저는 주로 마크로젠(www.macrogen.com)을 이용하고 있는데, 만족도가 높습니다. 물론 분석 시료의 차이, 만족도에 있어 개개인의 차이 등이 ...
답변 2  |  2012.07.30
Q. 염기서열분석에 관해 질문드립니다
보니 그냥 왼쪽에 몇번쨰인지 나타내는 숫자랑 오른쪽에는 염기만 일렬로 쭉 써있고 5'이나3'같은 정보는 알수 없는 건가요 이것만 알면 상보적인 다른 dna가닥도 5'3' 순서에 맞게 그릴수 있을텐데 ...
A.  reverse complement로 바꾼 서열과 같을 겁니다. 그리고 참고로 염기서열 위에 보면 등록정보라고 해야 하나.. FEATURES 부분에 CDS라고 되어 있는 게 있을텐데 coding sequence를 말하며 실제로 코딩되는, ...
답변 4  |  2009.05.28
Q. 클로닝으로 염기서열 어떻게 확인할 수 있는건가요?
아는 경우에만 사용 가능한 방법이잖아요 그런데 그 염기서열을 알아내기 위한 방법이 유일하게 클로닝 뿐이라고 하던데 클로닝으로 어떻게 알 수 있는건가요? 원하는 유전자가 어디 있는지 어떻게 ...
A.  염기서열을 알아내는 방법은 시퀀싱입니다. 원하는 유전자를 아는 방법은 제한효소 부분을 검색해보심이 좋겠네요.
답변 4  |  2016.04.29
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