ChIP qPCR을 이제 막 공부하는 중입니다.

제 질문은 ChIP PCR을 하는 이유가 무엇인지 궁금합니다.

제가 보는 논문에서 ChIP qPCR은 DNA에 Binding 하는 Protein(Histone이나 Transcription Factor 등)을 Immunoprecipitation으로 제거하고 DNA만을 회수하여 qPCR을 합니다.

여기서 궁금한 점은

이미 Protein이 Binding 하는 서열을 알고 있다면 굳이 qPCR로 정량을 할 필요가 있는가? 입니다.

PCR로도 어느 정도 대강 정량이 가능할테고, 그 외에 다른 방법으로도 얼마든지 정량을 할 수 있을텐데 굳이 왜 ChIP을 하는지요?

만약 Protein이 Binding 하는 서열을 모른다면 Primer는 어떻게 짤 것인지, Specific 하게 PCR 되는지 어떻게 알 것인지요?