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질문 RNA-seq DEG 하는데, 실험군에서 소량의 다른 생물의 RNA가 존재한다면?
shjang  |  2017.02.14

안녕하세요.. de novo RNA-seq으로 eukaryote 1종에 대한 DEG실험을 진행하려고 합니다.

그런데 실험 설계상, 실험군에서는 대조군과 같이 타겟으로하는 본 eukaryote 1종 이외에, 아주 소량의 또다른 eukaryote 1종의 RNA (세포는 100% 분해되고나서 1-2일이 지나 물속에 염기서열이 존재할 것으로 예상)가 존재할 것으로 예상되는데요.

이 경우에, RNA-sequncing 후, assembly를 할때.. 소량이라도 영향을 줄 수 있을까요? 예를 들면, Illumina  assembly할때 잘못될 가능성이라던지.. 궁금합니다.

감사합니다!

#RNA-seq
#일루미나
#DEG
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