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이충원
이충원 (Amos Chungwon Lee) 저자 이메일 보기
서울대학교
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  CV updated 2022-06-21 10:13
 
조회 155  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
Spatial epitranscriptomics reveals A-to-I editome specific to cancer stem cell microniches
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Abstract

Epitranscriptomic features, such as single-base RNA editing, are sources of transcript diversity in cancer, but little is understood in terms of their spatial context in the tumour microenvironment. Here, we introduce spatial-histopathological examination-linked epitranscriptomics converged to transcriptomics with sequencing (Select-seq), which isolates regions of interest from immunofluorescence-stained tissue and obtains transcriptomic and epitranscriptomic data. With Select-seq, we analyse the cancer stem cell-like microniches in relation to the tumour microenvironment of triple-negative breast cancer patients. We identify alternative splice variants, perform complementarity-determining region analysis of infiltrating T cells and B cells, and assess adenosine-to-inosine base editing in tumour tissue sections. Especially, in triple-negative breast cancer microniches, adenosine-to-inosine editome specific to different microniche groups is identified.

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2022년 05월 (BRIC 등록일 2022-06-19)
- 연구진: 국내연구진태극기
- 분야: Cancer Biology/Oncology, Genomics, Cell_Biology
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