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웹진 Vol.23, No.12 (2021년 12월) 발간
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이인석
이인석 (Insuk Lee) 저자 이메일 보기
연세대학교
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  CV updated 2021-09-03 14:48
 
조회 156  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
HumanNet v3: an improved database of human gene networks for disease research
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Abstract

Network medicine has proven useful for dissecting genetic organization of complex human diseases. We have previously published HumanNet, an integrated network of human genes for disease studies. Since the release of the last version of HumanNet, many large-scale protein–protein interaction datasets have accumulated in public depositories. Additionally, the numbers of research papers and functional annotations for gene–phenotype associations have increased significantly. Therefore, updating HumanNet is a timely task for further improvement of network-based research into diseases. Here, we present HumanNet v3 (https://www.inetbio.org/humannet/, covering 99.8% of human protein coding genes) constructed by means of the expanded data with improved network inference algorithms. HumanNet v3 supports a three-tier model: HumanNet-PI (a protein–protein physical interaction network), HumanNet-FN (a functional gene network), and HumanNet-XC (a functional network extended by co-citation). Users can select a suitable tier of HumanNet for their study purpose. We showed that on disease gene predictions, HumanNet v3 outperforms both the previous HumanNet version and other integrated human gene networks. Furthermore, we demonstrated that HumanNet provides a feasible approach for selecting host genes likely to be associated with COVID-19.

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2021년 11월 (BRIC 등록일 2021-11-10)
- 연구진: 국내(교신)+국외 연구진태극기
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