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이창준
이창준(Chang Joon Lee)
연세대학교
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A robust method for searching the smallest set of smallest rings with a path-included distance matrix
1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드

링을 찾는 방법은 과학과 공학 분야의 다양한 곳에서 사용되고 있다. 화학 분야에서는 최소 링을 찾는 방법을 Smallest Set of Smallest Rings(SSSR)이라고 불리면서 화학구조 분석에 사용하고 있습니다. 또한 컴퓨터 사이언스 분야에서는 Minimum Cycle Basis(MCB) 라고 불리면서 다양한 연구가 수행되고 있습니다. 그러나 distance matrix 만을 사용함으로써 어느 정도 한계를 나타내고 있습니다. 그래서 새로운 알고리즘인 RP-Path를 개발하였습니다. RP-Path는 지금까지 나온 알고리즘보다 간단하면서도 더욱 강력한 성능을 나타내고 있습니다. RP-Path 는 링에서 가장 멀리 떨어져 있는 꼭지점들이 링에 속하지 않은 두 꼭지점과 다른 성질을 나타내는 성질을 이용하여 링을 구하는 방법입니다. 이를 위해 경로 정보를 포함하고 있는 새로운 형태의 Path Included Distance(PID) matrix를 개발하였습니다. 이 방법을 이용하면 그래프를 이용하는 다양한 공학이나 과학 분야에서 더욱 빠르게 연구를 진행할 수 있습니다.

== 에피소드 ==

이 논문에 실은 알고리즘은 저의 원래 주요 업무가 아니였습니다. 우연히 시작한 계기가 사이드 잡이 되었고, 그 결과로 이 논문을 쓰게 되었습니다. 화학 분자가 있을 때 그 분자의 원자들의 번호를 정하는 알고리즘인 Morgan 알고리즘을 알고 있었는데, 실험실 룸미팅 시간에 후배들이 발표하는 연구 내용을 듣다 보니 Morgan 알고리즘을 적용해 보면 후배의 연구에 도움이 될 수 있겠다는 생각에 Morgan 알고리즘을 여러 방향으로 접근하다가 생각해낸 알고리즘입니다. 주 연구 대상이 아니여서 중간에 결과는 나왔지만, 정리가 제대로 되지 않아서 어떤 형태로 마무리 지을지 방향을 잡지 못해서 중간에 멈춰 버릴 수도 있었지만, 여러 방향으로 시도를 해보면서 이러한 결과를 얻을 수 있게 되었습니다.

2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁 드립니다.

분자시스템생물학 연구실(Computational Systems Biology, CSB)은 현재 연세대학교 생명시스템대학 내에서 전산, 물리, 화학, 분자생물학 등과 같은 다양한 학문들을 기초로 하여 생명과학 기술 발달에 힘쓰고 있습니다. 실험실에서의 주된 관심사는 매우 복잡한 생물학적인 시스템을 빠르게 발전하고 있는 컴퓨터를 이용하여 지금보다 훨씬 정확하고 빠른 분석을 유도해 내는 것에 있습니다. 지금 추구하고 있는 방향은 e-Human 을 추구하고 있습니다. 그 중 현재 연구하고 있는 분야는 e-organ 을 연구하고 있습니다. 특히 간에 대해서 e-Liver 시스템 개발을 하고 있으며, 약이 간을 통해서 어떤 형태로 되는지에 대한 예측 시스템입니다. 또한, 응용으로 신약 개발인 drug modeling 분야도 하고 있습니다.

3. 연구활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람

저의 전공이 물리 화학이고 하던 일은 생물학적 시스템에서 시뮬레이션 하는 건데, 갑자기 알고리즘을 개발하게 되어서 그쪽 분야의 연구 동향이나 연구한 내용을 살펴보려고 논문을 찾다 보니 전부 수학 관련 논문이여서 처음 접해보니 정말 어렵더군요. 나오는 내용이 가설을 내고 증명하는 형태의 반복인데, 계속 봐도 모르겠더군요. 그걸 파악하는데 정말 어려움을 많이 느꼈습니다.

4. 이 분야로 진학하려는 후배들 또는 유학준비생들에게 도움이 되는 말씀을 해 주신다면?

저는 항상 후배들이 들어오면 해주는 말이 있습니다.

"네가 지금까지 겪고 배운 게 다른 사람들과 다르게 배워왔기 때문에, 그 베이스를 바탕으로 지금 배우는 것을 쌓아가고 있다는 것을 명심해라. 예를 들어 컴퓨터 전공한 사람과 화학을 전공한 사람이 생물학적 지식을 배우게 되면 컴퓨터 전공한 사람은 컴퓨터를 배운 바탕으로 생물학적 지식을 쌓아가게 되고, 화학을 전공한 사람은 화학을 배운 바탕으로 생물학적 지식을 쌓아가게 됩니다. 그러므로, 지금까지 이 분야에서 연구한 사람들과 너(후배)는 엄밀하게 깊이 들어가 보면 다른 배경으로 이러한 지식을 습득하는 것이다. 그러므로, 이전에 연구한 사람들이 생각하지 못한 사실을 네가 발견할 수도 있다. 그렇기 때문에, 이 연구에 대해 열심히 하다 보면 너만의 아이디어가 떠오를 수 있으니 열심히 해라" 라고 이야기 해 줍니다. 이러한 이야기가 도움이 될지는 모르겠지만, 이러한 이야기를 해 주고 싶네요.

5. 연구활동과 관련된 앞으로의 계획이 있으시다면?

계속 저의 관심 분야에 대한 연구를 계속 수행하면서, 이 논문과 관련된 부분에 대해서는 링 찾는 방법 외에 논문에 있는 path 정보에 관련된 성질을 이용하여 분자의 여러 성질들을 연결정보를 이용하여 다양하게 이용할 수 있습니다. 그 부분을 이용하여 다른 연구도 더 진행하려고 하고 있습니다. 또한 지금 수행한 연구는 undirect graph에서 링을 찾는 방법인데, direct graph 에서 링을 찾는 방법에 대해서도 연구를 수행 중 입니다.

6. 다른 하시고 싶은 이야기들....

이 연구를 하게 도와주신 많은 분들께 감사의 말을 전하고 싶습니다.

이 연구가 원래 연구하던 주제가 아닌데 옆에서 체크해주시고, 격려해 주신 노경태 교수님, 관심을 가지고 많은 부분을 같이 생각하시면서 논문 쓰는데 많은 도움을 주신 조광휘 교수님, 같은 곳에 있으면서 링을 찾는 프로그램을 한번 해봤다는 경험 때문에 여러 가지로 많이 괴롭혀서 고생을 많이 하게 된 동기 재성이, 그리고, 실험실과 연구소에 있으면서 많은 충고와 도움을 주셨던 수연이 누나, 같이 연구를 수행한 영묵이, 논문 쓸때 옆에서 많이 도와준 졸업동기 선영, 그리고 실험실에서 같이 생활했던 모든 선후배들, 연구소에 계시는 많은 분들께 감사 드립니다.

박사과정 중에 결혼하여 공부만 하는 남편의 뒷바라지를 하느라 직장 다니면서 지금 3살 된 아들 종원이를 돌보느라 몸이 두개여도 힘든 일을 하느라 고생한 아내에게 미안한 마음과 고마운 마음을 동시에 느끼게 되네요. 또한 든든하게 힘이 되어주시고, 저를 믿어주시는 아버지, 어머니, 장인어른, 장모님께도 고마움을 느낍니다.

 등록일 2009-10-06
Category: Biophysics
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