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 전체 > Molecular Biology-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
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질문 일반 PCR buffer와 taqman probe Multiplex qPCR buffr는 조성이 완전다른가요?
개구리캐틀(과기인)  |  02.18 18:03

PCR을 하다 급 드는 의문이 있어 여기에 질문해 봅니다.

multiplex PCR을 할때 일반 PCR용 PCR buffer와 Real-time PCR용 buffer는 다른 결과를 가져올 수도 있나요???

현제 multiplex Real-time PCR용 premix를 사용하여 임상검체에서 PCR 결과를 보고 있습니다.

그런데...일반 PCR용 taq과 buffer를 유연차 않게 사용하게 되었습니다.(실수로..사용하였음)

두 buffer간의 결과는 좀 다르게 나오는것 같습니다.

일반 PCR용 buffer를 사용하면, 36 ct 이후의 signal이 NC(D.W를 사용) 다수 나오네요....
(저희는 임상 검체에서 병원성 세균을 검출하는거라....40 cycle까지 PCR을 합니다.^^)

얼핏 찾아 보기로는 buffer의 조성 자체가 다르다는거 같던데.....

taq polymerase야 어차피 target을 증폭 하는거라...결과가 다른 부분에 크게 영향은 없는것 같고.... 영향을 준다면 buffer의 조성에 따라 달라질 것 같은데..

제가 예상하는 부분이 맞는지요???

아무 의심없이 그냥 qPCR용 buffer를 쓰다 우연한 실수 아닌 실수로 다른 일반 PCR용 buffer를 사용하다 보니...드는 의문이네요...

Buffer의 조성 차이에 따라 결과의 패턴이 바뀔수도 있는걸 보니....

qPCR용과 일반 PCR용의 buffer의 조성의 차이가나는 이유가 뭔지 궁금해서 질문 드립니다.


#PCR buffer
 
#qPCR buffer
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.

실험이 끝난 뒤, Real-time PCR 장비 내의 형광값 (Ct) 을 가지고 분석을 하실것이라면

일반 PCR buffer 조성에는 SYBR dye 가 들어있지 않아 Real-time PCR 기기로 정확한 정량 (형광측정) 이 아예 불가능 합니다.
일반 PCR taq 을 사용했을때, Ct 값을 확인 하셨다고 했는데, 어떻게 된 건지는 모르겠네요.. 아마 형광값이 매우 낮게 잡혀 있을 것 같은데.. 확인 해 보시길 바랍니다.

반드시, SYBR dye 가 포함 된, Real-time PCR mix 를 쓰셔야 합니다.

개구리Marine  |  02.21 14:29  

melting curve법이 아닌 taqman probe법으로 real-time PCR 합니다. 그래서 syber green같은 이중결합사이에 까어들어가는 dye는 사용하지 않습니다.

dual labeling 된 probe를 이용하여 multiplex PCR을 하는데...

conventional PCR용 PCR buffer와 Real-time용 PCR buffer간의 salt농도 및 기타 이온의 농도가 다르다고 들었습니다.

그래서 conventional PCR buffer를 가지고 taqman probe multiplex PCR을 하였을때 salt 농도 및 기타 이온의 농도 차이에 따라 결과가 잘 나오고 이상하게 나오고 하는 경향이 있는지 궁금해서요...

제가 시험을 해보기로는 Real-time PCR에서 그닥 차이가 없을때도 있고, 검출되는 singal의 차이가 잇을때도 있고 그 대중이 없어서....

혹시 알고 계신 고수님이 있을까해서 질문을 올려 봤습니다.

개구리캐틀  |  02.27 10:18  
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