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구체적으로 2종류의 plasmid라는게 어떤 상황인가요?
다른 plasmid 또는 insert만 다른, 전체 크기 등등..
상황에 때라 쉬울수도 있고 어려울수도 있습니다.
E.coli single colony로 DNA prep.했을 때 2가지 plasmid가 같이 뽑힌 경우라면,
말씀하시는 것 처럼 mutagenesis할 때 처럼 primer에 내용을 바꾸지 말고 수행하여 만든 것만 빼고 다 없애는 법도 괜찮을 것 같긴 한데요. 정확히 어떤 것이 섞인지 모르는 상태에서 primer 짜는 부분을 선택하는 것도 곤란하긴 할 것 같네요.
(두개 plasmid 중 확실히 있고 없는 부분으로 하셔야.. 원하는 DNA 만 생성될 테니까요......)
두 plasmid의 sequence나 제한효소 맵을 알면 됩니다.
어느 한 plasmd만 자르는 제한효소를 처리하면 다른 한 plasmid만 supercoil 로 남으므로 그걸 대장균에 transformation하면 한 종류의 plasmid만 얻을 수 있지요.
두 plasmid의 항생제 마커가 다를 경우는 아주 편하게 분리할 수 있고요.
대장균에 transformation해서 한가지 항생제에서만 자라는 colony에서 plasmid를 뽑으면 됩니다.
만일 항생제 마커, 복제원점 그리고 제한효소 맵이 같거나 구분이 어렵고, 크기만 다르다면 그냥 대장균에 transformation해서 액체배지에서 하루정도 배양한 후 고체배지에서 colony를 얻은 다음 plasmid를 뽑아서 젤에서 크기를 비교하면 됩니다.
왜냐하면 같은 복제원점을 가진 두 plasmid는 한 대장균내에서 동시에 존재할 확률이 넞기 때문입니다.
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레벨5
kakaoblack99
(대학원생)
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19.02.15 17:19
답변 주신 분들 모두 감사드립니다.
이전 부터 실험실에서 cloning 된 constructs라 insert에 대한 정보만 정확하고 동일한 vector로 예상이 되나 확실하지가 않습니다.
어느 경로에서 contam되었는지도 잘 모르겠구요ㅎㅎㅎ..
강시님 말처럼 아무 처리 안하고 transformation해서 mini-prep 후, pcr을 해보았는데 이전처럼 서로 다른 2개의 gene primer에서 2개의 gene이 증폭되었습니다. (efficiency는 차이가 좀 있음)
아마 enzyme을 처리하여 한 쪽 plasmid를 자르고 transformation 하면 쉽게 거를 수 있을 꺼 같습니다.