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레벨1
륜234
(과기인)
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19.01.13 16:18
답변좀 부탁드립니다
cDNA로 RNA FULL SEQ이 가능한 부분일까요???
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레벨2
Jay ewha
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19.01.14 01:08
석사 때 DNA/RNA 연구를 했었어서 혹시 도움이 될까하고 답변 달아봅니다.
1. PCR에서 cDNA를 사용하는 이유
PCR의 프로토콜을 보시면 denaturing-annealing-extension과정이 있습니다. 각기 다른 온도로 세팅되며 이 과정동안 디자인 해준 프라이머가 상보적인 시퀀스 템플릿(cDNA 입니다)에 달라붙고 증폭이 마구마구 일어나게 됩니다. 보통 PCR은 위에 denaturing-annealing-extension을 1 사이클이라고 할 때 25-35cycyle을 진행하게 되고 즉 템플릿이 높은 온도에서 계속 노출되어 있게되어요. 그러면 주형가닥으로 왜 cDNA를 사용하냐면 바로 '안전성'때문입니다. RNA는 single strand 이며 DNA에 비해열에 의해서 쉽게 분해될 수 있고 Deoxyribonucleic acid (DNA) and Ribonucleic acid (RNA) 이름처럼 DNA는 3' H, RNA는 3'에 OH로 이루어져 있어서 hydrolysis가 되기도 쉽습니다. 결국 여러가지 이유로 DNA보다 degradation 될 수 있는 가능성이 높은거지요. 그래서 PCR 과정동안 이런 이유로 degradation 되어서 실험결과에 영향을 미치지 않도록 RNA를 뽑아서 complementary DNA로 reverse transcription (역전사) 과정을 거친 후에 RNA 시퀀스를 갖는 cDNA double strand 가닥으로 PCR을 진행하는 것이지요.
2. RNA sequencing 하는 실험이란
제가 어떤 목적으로 실험을 하시는지는 잘 모르지만 아마 RNA를 뽑아서 cDNA로 만든후에 PCR을 해서 증폭시켜 준뒤에 sequencing을 한다면 아마 염기서열이 갖는 아미노산 서열을 알아내기 위해서가 아닐까요? sequencing을 통해서 염기서열을 알아내면 뽑아낸 RNA가 어떤 아미노산 서열을 코딩하고 있고 expression하는지 알아낼 수 있을 것 같습니다.