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이주형 (Joo-Hyung Lee) 저자 이메일 보기
University of Texas Health Science Center at Houston
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Transcriptional landscape and clinical utility of enhancer RNAs for eRNA-targeted therapy in cancer
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Abstract

Enhancer RNA (eRNA) is a type of noncoding RNA transcribed from the enhancer. Although critical roles of eRNA in gene transcription control have been increasingly realized, the systemic landscape and potential function of eRNAs in cancer remains largely unexplored. Here, we report the integration of multi-omics and pharmacogenomics data across large-scale patient samples and cancer cell lines. We observe a cancer-/lineage-specificity of eRNAs, which may be largely driven by tissue-specific TFs. eRNAs are involved in multiple cancer signaling pathways through putatively regulating their target genes, including clinically actionable genes and immune checkpoints. They may also affect drug response by within-pathway or cross-pathway means. We characterize the oncogenic potential and therapeutic liability of one eRNA, NET1e, supporting the clinical feasibility of eRNA-targeted therapy. We identify a panel of clinically relevant eRNAs and developed a user-friendly data portal. Our study reveals the transcriptional landscape and clinical utility of eRNAs in cancer.

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2019년 10월 (BRIC 등록일 2019-11-04)
- 연구진: 국외연구진
- 분야: Cancer Biology/Oncology, Bioinformatics, Genomics
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