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김태현
김태현(Tae Hyun Kim) 저자 이메일 보기
University of Chicago
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111 KB
  CV updated 2020-08-12 11:45
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Demystifying “drop-outs” in single-cell UMI data

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드

저는 시카고에서 statistical genetics & genomics를 공부하고 있습니다. 최근 Genome Biology에 소개된 “Demystifying drop-outs in single-cell RNA-seq data”는 제 지도 교수님 두 분 중 한 분인 Mengjie Chen 교수님, collaborator Xiang Zhou 교수님과 함께 한 연구로, 최근 늘어나고 있는 UMI (unique molecular identifier) 데이터의 error structure를 조사하고 통계학적 방법론과 computational pipeline을 제시합니다.

scRNA-seq 데이터는 생물학적 응용분야가 무궁무진하지만 노이즈가 많아 해석이 쉽지 않습니다. 그래서 비용과 sequencing-depth를 줄이는 대신 많은 수의 세포를 sequencing하는 droplet-based 기술이 최근 많이 사용되고 있습니다. 때문에 scRNA-seq 데이터의 큰 사이즈와 복잡한 구조를 분석하기 위한 흥미로운 연구과제들을 통계학, 컴퓨터과학 등 다양한 분야의 학자들이 적극적으로 다루고 있습니다. 그리고 그 결과가 Nature Methods, Nature Biotechnology, Genome Biology 등 유수 저널에 꾸준히 소개되고 있습니다. 저희의 논문은 scRNA-seq 데이터의 error structure의 통계학적 분석에 초점을 맞추고 computational burden을 낮춘 것이 특징입니다. 데이터의 사이즈는 계속 늘어날 전망이기 때문에, scaling을 중시하였습니다.

최근 인기있는 분야는 데이터 통합입니다. 여러 환자나 세포조직에 포함된 scRNAseq data를 어떤 방식으로 통합하여 유기적으로 분석할지 활발한 연구가 이루어지고 있습니다. 저도 소개된 논문의 후속 연구과제로서 여러 데이터셋을 동시에 분석할 수 있도록 방법론을 확장하고 있습니다.

2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁 드립니다.

저와 제 지도교수님은 시카고대학교에서 연구중 입니다. 저는 통계학과에 재학중이고, Mengjie Chen교수님은 의과대학의 Genetic Medicine Section 소속이십니다. 연구를 완성하는 데 큰 도움을 주신 Xiang Zhou 교수님은 미시건대학교의 Biostatistics 소속이십니다. 세 명의 저자가 모두 다른 학과 소속이라는 것이 흥미롭기도 하고, 다른 배경을 가진 학자분들과 의미있는 협업을 한 것이 자랑스럽기도 합니다. 특히 시카고대학교의 Genetic Medicine Section은 Chen 교수님 이외에도 많은 통계학 석학분들을 교수진으로 모시고 있고, 유전학 데이터에 응용할 수 있는 정량적 방법론을 활발하게 연구하고 있습니다. University of Chicago 캠퍼스 전체적으로 학문간 교류와 협업이 활발한 것에 자부심을 느끼고 있습니다.

3. 연구활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람

bioRxiv에 논문을 올리고 데이터 분석 도구로 개발한 HIPPO 패키지를 BioConductor에 공유하였을 때, 전 세계에서 다양한 생물학자분들이 방법론에 대해 문의를 주셨습니다. 통계학 연구는 이론에 집중하여 즉각적인 반응을 얻지 못 할 때가 많은데, 응용에 집중한 연구는 그 영향을 빠르게 확인할 수 있다는 점이 보람 있었습니다.

4. 이 분야로 진학하려는 후배들 또는 유학준비생들에게 도움이 되는 말씀을 해 주신다면?

시간을 소중히 여기고 그것을 좋아하는 것들로 채우세요.

5. 연구활동과 관련된 앞으로의 계획이 있으시다면?

얼마 전 졸업논문 심사를 성공적으로 마치고 이제 다른 분야의 일을 시작하려고 합니다. 또한 발표한 HIPPO 패키지의 완성도를 더 높이고 오랫동안 꾸준히 유지보수와 업데이트에 힘쓸 생각입니다.

6. 다른 하시고 싶은 이야기들....

먼저 부족한 저를 이끌어주신 지도 교수님들, 그리고 지원을 아끼지 않으시는 부모님께 감사드립니다. 오빠와 새언니, 두명의 조카에게도 고맙다고 전하고 싶습니다. 게으른 제 자신을 돌아보게 해주는 멋진 친구들 고맙습니다.
마지막으로 롤러코스터같은 5년을 변함없이 응원해준 박준영씨에게 고맙고 사랑한다고 전합니다.

Category: Genomics, Genetics
등록일 2020-08-18
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