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장기원
장기원(Kiwon Jang) 저자 이메일 보기
KAIST
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143 KB
  CV updated 2020-07-01 13:20
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Computational inference of cancer-specific vulnerabilities in clinical samples

1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드

필수 유전자(essential genes)의 기능이 망가지거나 억제되면 세포 또는 생명체가 사멸하게 되며 필수 유전자는 생존에 중추적인 역할을 합니다. 암 세포는 다양한 돌연변이들에 의해 발생하며, 정상세포와 달리 세포 환경이 바뀌면 필수 유전자 또한 바뀌게 됩니다. 본 연구는 이에 착안하여 암 세포 특이적인 필수 유전자를 발굴하고 치료 표적으로 활용하여 유전자 수준의 환자 맞춤 치료로 적용하는 연구를 수행하였습니다. DepMap(https://depmap.org) project의 다양한 세포주의 RNAi/CRISPR screening 데이터를 활용하여 인공지능을 통해 필수 유전자를 예측하는 모델을 만들었습니다. 그리고 서울아산병원의 암환자 코호트를 대상으로 우리가 예측한 결과를 실험으로 검증하였습니다.

2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁 드립니다.

이 연구는 KAIST 최정균 교수님 연구실과 서울아산병원의 장수환 교수님과의 공동연구로 진행되었습니다. KAIST에서 데이터 분석 및 암 특이적 필수유전자를 찾아내는 딥러닝 예측모델을 개발하였으며 서울아산병원에서는 암환자로부터 PDX/PDC모델을 구축하고 임상적 분석을 진행하였습니다.

제가 학위과정으로 있었던 KAIST 바이오및뇌공학과의 OMICS lab(https://omics.kaist.ac.kr) 은 자유로운 분위기 속에서 활발한 토론과 도움을 주고 받으며 다양한 분야의 연구들을 수행하고 있습니다. Bioinformatics를 배우고자 하는 학생이 있다면 추천 드립니다.

3. 연구활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람

과학을 연구하는 것은 단순히 데이터를 분석하고 결과를 도출해내는 것 뿐만 아니라 연구의 결과와 연구자의 생각을 글과 그래프를 통해 효과적으로 전달할 수 있어야합니다. 그렇기에 매번 연구를 진행할수록 많은 부분에서 부족함을 느끼며 빠른 속도로 발전하는 최신 기법들과 연구들을 보면서 더욱 노력해야겠다고 생각합니다. 특히 이번 연구는 논문으로 최종 출판되기까지 많은 노력이 필요했고 힘든 시기도 있었지만 희망을 갖고 꾸준하게 노력하여 좋은 결과로 마무리 할 수 있었습니다.

4. 이 분야로 진학하려는 후배들 또는 유학준비생들에게 도움이 되는 말씀을 해 주신다면?

Bioinformatics는 생물학, 전산학 및 통계학에 대한 전반적 이해가 필요하며 학부 시기에 이를 전부 다루기는 쉽지 않습니다. 그렇지만 각자의 전공을 토대로 다른 분야의 학문을 배우고 융합하는 것이 중요한 학문이므로 다양한 분야의 연구자들과 소통하며 새로운 지식을 받아들이는 자세가 필요하다고 생각합니다.

5. 연구활동과 관련된 앞으로의 계획이 있으시다면?

저의 첫 연구들이 주로 질병의 원인을 찾고 생물학적 의미를 도출하는데 중점을 두었다면 현재는 그 결과를 환자에게 적용하여 도움이 될 수 있는 연구를 하고 있습니다. 아직도 갈 길이 멀고 어렵지만 새로운 방법과 데이터를 활용한 연구들을 통해 정밀 진단 및 치료에 도움을 주고 싶습니다.

6. 다른 하시고 싶은 이야기들....

먼저 논문이 출판되기까지 많은 가르침을 주신 최정균 교수님께 감사드리고 싶습니다. 항상 가까이서 토론하고 도움을 아끼지 않은 OMICS 연구실 구성원들께도 감사드립니다. 또한 함께 활발한 공동연구를 진행해 주신 서울아산병원의 장수환 교수님과 박민지박사님께 감사의 말씀 드립니다. 마지막으로 항상 곁에서 응원해주며 지지해주는 가족에게 진심으로 감사드립니다.

Category: Biotechnology, Genetics, Microbiology
등록일 2020-07-15
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