[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 회원가입   로그인
BRIC홈 한국을 빛내는 사람들
실험복 제공
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2
전체보기 한빛사논문 추천논문 상위피인용논문 그이후 한빛사통계
이명진
이명진(Myungjin Lee) 저자 이메일 보기
University of Southern California
  논문초록보기
조회 2366  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
On the control of the proton current in the voltage-gated proton channel Hv1
1. 논문관련 분야의 소개, 동향, 전망을 설명, 연구과정에서 생긴 에피소드

Hv1 proton channel은 세포막에 존재하는 막단백질의 한 종류로 voltage에 의해 conformation 이 변하면서 proton을 세포 내에서 세포 밖으로 이동시키는 단백질 입니다. 그러나 proton 이 hv1 내에서 어떠한 매커니즘에 의해 이동하는지 그 원리가 밝혀지지 않았고 최근에 서로 상반된 설명을 하는 논문이 발표되면서 저희 그룹에서 사용하고 있는 PDLD를 사용해 매커니즘을 밝혀내기 위해 연구를 시작하였습니다. Hv1의 구조는 inactive state의 closed conformation의 일부만 밝혀졌고 activate state의 open conformation은 실험적으로 그 구조를 밝혀내지 못하였습니다. 그래서 open conformation 을 찾기 위해 모델링을 하는 데에 많은 시행착오가 있었습니다. 그 당시가 박사과정 중 힘들었던 시절이 아니었나 싶네요.

이번 논문에 제시한 매커니즘은 closed 구조에서는 helix 4에 존재하는 Arginine 3개가 proton과 ++전하에 의한 반발로 proton이 통과하는 데에 높은 에너지 장벽을 만드는데 open conformation에서는 helix 1에 존재하는 Aspartic acid가 Arginine 1와 ion pair를 이루면서 그 에너지 장벽을 낮춰 proton이 통과하는 것입니다. 저희가 제안한 매커니즘에 해당하는 데이터를 얻고 이에 더불어 최근에 나온 가설 논문들과 잘 맞아 떨어져서 좋은 논문을 낼 수 있었던 것 같습니다. 제가 하는 다른 연구 중에 voltage gated ion channel을 심플한 구조로 간주하여 voltage 와의 연관성을 계산하는 모델이 있는데 (CG model) 이를 사용해서 Hv1에 적용시킨 연구를 앞으로 해 나갈 생각입니다.

2. 연구를 진행했던 소속기관 또는 연구소에 대해 소개 부탁 드립니다.

제가 소속해 있는 곳은 University of Southern California (USC)에 있는 Arieh Warshel 연구실입니다. 저희 연구실에서는 단백질 구조, 매커니즘, 등에 관한 연구를 Molecular Dynamic, Monte Carlo 등을 이용한 방법으로 시뮬레이션 하는 계산화학 (Computational chemistry) 랩입니다. 캘리포니아에 위치해 있고 특히 엘에이에 있어서 즐기면서 공부하기에는 더할 나위없이 좋은 곳이라 생각합니다.

3. 연구활동 하시면서 평소 느끼신 점 또는 자부심, 보람

upload image

출처 : https://mymodernmet.com/phd-infographic-matt-might/

우연히 PhD에 대한 삶을 다룬 cartoon을 읽은 적이 있었는데 PhD의 정의를 한편의 함축적인 슬라이드로 정확하게 설명해 놓아서 마음에 와 닿은 적이 있습니다. 그림의 설명 그대로 PhD 라는 것은 human knowledge라는 원에 dent를 내서 그 지식의 한계를 조금씩 조금씩 넓혀나가는, 지식의 끝자락에서 하는 일 입니다. 서로 다른 분야의 PhD 분들이 각자의 분야에서 dent를 내면 점점 인간의 지식의 한계가 넓혀지는 것이지요. 이 슬라이드가 연구자로써의 사명감과 자부심을 잘 설명해 주고 있다고 생각합니다.

4. 이 분야로 진학하려는 후배들 또는 유학준비생들에게 도움이 되는 말씀을 해 주신다면?

Computational Chemistry라는 분야는 수행할 수 없는 연구들을 컴퓨터 시뮬레이션을 통해서 예측하고 계산해 나가는 분야입니다. 컴퓨터의 발전 이후에 발전할 수 있는 학문이기 때문에 다른 화학 분야(유기화학, 무기화학 등등)에 비해서는 역사가 깊지 않지만 그 중요성은 나날이 증가하고 있습니다. 최근에 Machine learning, Deep learning, Artificial Intelligence 등이 빠르게 발전하고 있는 만큼 Computer Science 와 접목시킨 연구를 한다면 계산속도 향상 뿐 아니라 좋은 연구 성과를 낼 수 있다고 생각합니다. 한국은 미국에 비해선 계산화학이라는 분야가 크지 않은데 저 포함해서 앞으로 한국에서도 많은 연구자들이 이 분야에 대해 관심을 갖고 연구를 많이 해 주셨으면 하는 바램이 있습니다.

5. 연구활동과 관련된 앞으로의 계획이 있으시다면?

현재 진행중인 연구는 현재 졸업을 앞두고 있어서 내년에 (2019년) 졸업을 한 후에 Postdoctoral researcher로 연구를 더 할 계획입니다. 현재 연구하고 있는 membrane ion channel에 대한 더 심도 있는 연구를 더 하고 싶고 특히 저희 교수님 이론으로 만들어진 프로그램 이외에도 다른 이론을 접목시킨 연구도 해보고 싶습니다.

6. 다른 하시고 싶은 이야기들....

한국에서 저를 항상 응원해주는 엄마, 아빠, 주경이, 종택이에게 사랑하고 고맙다는 말부터 전하고 싶습니다. 비록 몸은 떨어져 있지만 가족들이 있었기에 힘들었던 시기도 잘 버텼던 것 같습니다. 유학준비에 많은 도움을 주시고 진심으로 학생들을 위하셨던 이한길 교수님과 박사과정동안 많은 것을 배우게 도와 주신 현 지도교수님 Arieh Warshel 에게도 감사드립니다. 제가 박사 과정 하는 동안 가장 많은 도움을 주었던 Vesslin에게 마음 깊이 감사하다고 전하고 싶습니다. 그리고 항상 저를 지지해주고 발전하는 데에 많은 도움을 주는 Samuel Koo 에게도 감사하다고 전하고 싶습니다.

박사에 입학하면서 좋은 연구를 많이 하고 싶다는 생각을 많이 했습니다. 그러나 연구자로써 좋은 연구를 해서 좋은 성과를 낸다는 것이 얼마나 어려운 일인지 매 순간 깨달았던 것 같습니다. 연구는 노력해서 잘할 수 있는 분야가 아니기 때문입니다. 연구는 아주 많이 노력해야 아주 조금 성과가 보이는 일인 것 같습니다. 그럼에도 불구하고 결국 문제를 해결해 내서 논문을 냈을 때의 성취감이 연구에 빠져들게 하는 매력이라고 생각합니다. 앞으로도 더욱 더 좋은 연구를 할 수 있도록 끊임없이 노력하겠습니다. 이에 더불어 지식의 탐구에 몸담고 있는 분들이 연구를 더 잘할 수 있도록 기초과학에 대한 연구 환경, 재정 여건이 좀 더 나아지기를 바라면서 글을 마치겠습니다.
 등록일 2018-10-10
Category: Biophysics
  댓글 0
등록
목록
(주)루미나노
관련링크
이명진 님 전체논문보기 >
외부링크
Google (by Myungjin Lee)
Pubmed (by Myungjin Lee)
위로가기
한빛사 홈  |  한빛사FAQ  |  한빛사 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
머크