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CRISPR-Cas9 특허 전쟁의 전개와 분자생물학 연구에 주는 시사점
CRISPR-Cas9 특허 전쟁의 전개와 분자생물학 연구에 주는 시사점 저자 최은창 (MIT 테크놀로지리뷰 코리아)
등록일 2021.08.03
자료번호 BRIC VIEW 2021-T27
조회 6210  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
요약문
CRISPR-Cas9 특허 전쟁은 2015년 4월에 서막이 올랐다. 미국 연구기관들 사이에서 벌어진 법적 공방전은 바이오 헬스 업계와 분자생물학계의 이목을 집중시켰다. CRISPR-Cas9 특허 전쟁은 현재까지 미국 특허심판원(PTAB)의 저촉절차를 중심으로 전개되고 있으며 크게 3개의 라운드로 나뉜다, UC 버클리는 브로드연구소(MIT, 하버드대)를 상대로 미국 특허법에 따른 저촉 절차를 통해 진핵세포에서 작용하는 CRISPR-Cas9 시스템이 자신의 특허 청구항에 속한다고 법적 다툼을 벌였다. 그러나 브로드연구소는 원핵세포와 진핵세포의 차이를 이해할 수 있는 통상의 지식을 갖춘 기술자였다면, 진핵세포 환경에서 CRISPR-Cas9 유전자 편집 기능이 성공하리라고 타당한 기대를 할 수 없었다고 주장하여 미국 특허심판원에 ‘저촉 없음’ 결정을 받았다. 최근에는 국내 기업 툴젠이 CRISPR-Cas9 저촉 절차의 당사자가 되어 특허 전쟁의 소용돌이에 휘말리게 되었다. 그 초점은 인간 유전질환의 치료에 사용되는 CRISPR-Cas9 편집 시스템을 과연 누구의 특허 청구항에 속한 권리로 인정할 것인가에 맞추어져 있다. 그 결론은 글로벌 CRISPR 라이센스 시장을 재편할 정도로 파급력을 가질 것이다. 글로벌 CRISPR-Cas9 특허 전쟁은 자금력, 독창적 연구역량, 특허 제도와 절차가 상이한 외국에서 소송을 효과적으로 수행하는 능력 등이 종합된 물량전이라고 할 수 있다. 어떤 CRISPR-Cas9 특허 발명의 시장가치가 압도적으로 크다면, 특허 분쟁은 미국 또는 유럽 특허청에만 국한되지 않고 다른 국가들로도 확대될 수 있다. 한편, CRISPR-Cas9 특허권자들이 유전질환 치료제와 치료제의 연구개발에 사용할 수 있는 독점적 라이센스를 거액의 실시료를 받고 특정 회사들에게만 부여하므로 CRISPR-Cas9 기술을 ‘플랫폼 기술(platform technology)’로 활용할 수 없다는 우려가 커지고 있다.
키워드: CRISPR, Cas9, 저촉심사, 특허, 크리스퍼, 유전자 편집, 진보성
분야: Biotechnology, Genomics, Molecular_Biology

목 차

1. 들어가며
2. CRISPR의 활용도 증가와 특허 가치의 상승
  2.1. CRISPR의 발견에서 유전 질환 치료까지
  2.2. 증가하는 CRISPR-Cas9 특허의 가치
3. CRISPR-Cas9 연구활동과 특허 출원 경쟁
  3.1. CRISPR-Cas9 특허 패밀리의 증가
  3.2. 미국과 중국의 CRISPR-Cas9 연구논문 추이
  3.3. 글로벌 CRISPR-Cas9 특허 라이센싱 관계도
4. 선발명주의 특허제도와 저촉심사
  4.1. 선발명주의와 발명의 증명
  4.2. 개정 전 미국 특허법(pre-AIA)의 저촉 절차
  4.3. Senior Party의 권리추정
5. CRISPR-Cas9 특허 전쟁의 배경
  5.1. 원핵세포의 적응적 면역 시스템
  5.2. CRISPR-Cas9 특허권의 권리 범위를 둘러싼 갈등
6. 미국 특허심판원(PTAB)의 저촉심사: 세 개의 라운드
  6.1. CRISPR-Cas9 저촉심사 첫 번째 라운드
  6.2. CRISPR-Cas9 저촉심사 두 번째 라운드
  6.3. 저촉심사에 대한 평가
  6.4. CRISPR-Cas9 저촉심사 세 번째 라운드
7. 유럽 특허청(EPO)의 CRISPR-Cas9 특허 취소
  7.1. 특허 속지주의와 우선권 주장
  7.2. 취소된 UC 버클리대의 특허 등록
  7.3. 취소된 브로드연구소의 특허 등록
  7.4. 취소된 툴젠의 특허 등록
8. CRISPR-Cas9 특허의 진보성 논쟁: 원핵세포와 진핵세포의 차이
  8.1. 원핵세포에 적용된 CRISPR-Cas9 시스템은 진핵세포에 자명한가?
  8.2. 미국 특허청과 유럽 특허청의 진보성 기준 불일치
9. CRISPR-Cas9: 플랫폼 기술 vs. 비배타적 연구도구?
  9.1. CRISPR-Cas9 시스템은 인간의 발명인가 발견인가?
  9.2. 특허 청구범위 해석의 문제
  9.3. 공공연구를 위한 CRISPR-Cas9의 비배타적 활용
10. 맺으며: 특허 전쟁의 전망
11. 참고 문헌


1. 들어가며

이 글은 2015년에 시작되어 현재까지 전개되고 있는 CRISPR-Cas9 특허권 분쟁의 복잡합 양상과 법적 쟁점을 분석하여 바이오 헬스 업계와 분자생물학 연구자들에게 시사점을 제공하기 위해 집필되었다. CRISPR-Cas9 특허 발명을 둘러싼 공방전은 유럽 특허청(EPO), 미국 특허청(USPTO) 산하 특허심판원(PTAB), 연방순회항소법원(CAFC)에서 진행되고 있으나, 단편적 뉴스들만으로 그 전체적 상황과 맥락을 정확하게 파악하기에는 무리가 있다. 글로벌 CRISPR-Cas9 시장에서 자신의 가치를 높이고자 발명자들은 특허권 보호의 불확실성을 제거하고 신규성과 진보성을 인정받기 위해 법적 분쟁을 벌인다. 그러나 난해한 분자생물학 용어들, 추상적인 미국과 유럽의 특허법 규정들, 수백 페이지가 넘는 특허 출원서, 발명의 명칭이 동일하지만 청구항은 다른 여러 건의 특허 출원들, 빈번하게 이루어지는 임시출원과 다수의 분할출원 등은 CRISPR-Cas9 특허 분쟁의 이해를 곤란하게 만드는 요인들이다. 더구나, 미국 특허법과 연방절차규정이 2013년에 변경되었음에도 CRISPR-Cas9 특허 분쟁에서는 개정 전 구법률(pre-AIA)이 그대로 적용되고 있다.

CRISPR-Cas9 특허권 분쟁은 미국, 유럽뿐만 아니라 중국, 일본에서도 시작되고 있다. 이처럼 특허 전쟁이 장기화되는 이유는 유전자 돌연변이로 인해서 발생하는 난치병 치료에 사용되는 유전자 편집 발명이 자신의 특허 권리 범위에 속한다는 점을 공식적으로 확인받고, 경쟁자들의 유사 특허를 견제하기 위한 전략 때문이다. CRISPR-Cas9 특허 발명을 사용하여 인체 유전질환의 치료, 의료 진단, 동물과 농작물의 개량, 신약 개발에 필요한 임상시험이 진행 중이며 그 과정에는 바이오 벤처 캐피털에서 유입된 막대한 자금이 투자되고 있다. 상업적 수익을 추구하는 바이오 헬스 기업들이 라이센싱의 대가로 특허권자에게 지불하는 실시료(royalty) 규모는 수억 달러에 이른다. 글로벌 CRISPR 시장은 2021년 15억 달러 수준이지만 2028년에는 74억 달러로 더 성장할 것으로 예상된다 [1].

2. CRISPR의 활용도 증가와 특허 가치의 상승

2.1. CRISPR의 발견에서 유전 질환 치료까지

2021년 6월 사이언스(Science)에는 CRISPR를 이용하여 트랜스싸이레틴(TTR) 단백질 돌연변이 유전자를 비활성화시키는 임상시험의 결과가 실렸다. 트랜스티레틴 혈장 단백질의 유전적 돌연변이로 인하여 발생하는 신경퇴행성질환(transthyretin amyloidosis)을 앓는 환자의 혈액 속에 CRISPR 시스템이 탑재된 약물을 주입하자, 이상 단백질 생성이 거의 중단되었고 부작용도 없었다 [2]. 간에서 생성되는 단백질을 표적으로 하는 CRISPR-Cas9 시스템을 직접 주사하는 효과적인 치료법은 제니퍼 도우드나가 공동 설립한 인텔리아 테라퓨틱스(Intellia Therapeutics)가 개발한 것이다. 대부분의 인체 유전질환들은 체외로 꺼내는 방법을 사용할 수 없어 직접 체내에서 교정하는 방법을 사용하여 치료해야 한다.

한편, 기초과학연구원(IBS)은 미국 연구진과 MYBPC3 생성 유전자를 인간의 배아 단계에서 CRISPR로 교정하는데 성공하였다. 비후성 심근증을 일으키는 유전자 돌연변이를 배아 단계에서 유전자 편집으로 해결한 것이다. 그러나 우리나라 생명윤리법 제47조는 유전적 변이를 일으키는 유전자 치료는 일부 허용하지만, 배아, 난자, 정자 또는 태아에는 예외 없이 금지하고 있다. CRISPR-Cas9의 문제로 여겨져 왔던 표적 이탈 효과를 감소시키는 기술도 나오고 있다 [3]. 이런 괄목할만한 성과는 요시즈미 이시노(Yoshizumi Ishino)가 대장균(E. coli)에서 CRISPR의 존재를 1987년 무렵 우연히 발견한 이후 34년 동안 CRISPR 연구개발에서 비약적 진전이 이루어졌음을 보여준다.

2.2. 증가하는 CRISPR-Cas9 특허의 가치

DNA보다 더 작은 염기서열(Nucleic sequence)을 잘라내거나, 연결하는 CRISPR-Cas9의 기능을 이용하면, 단백질 접힘 이상 때문에 발생하는 다양한 유전 질환들을 치료할 수 있다. 환자 맞춤형 정밀의료(precision medicine)에 새로운 가능성이 열리고 있는 것이다. 예컨대 2020년에는 유전자의 선천적 결함으로 인하여 헤모글로빈의 베타글로빈(β-globin)이 불충분하게 생산되어 적혈구의 산소 결핍과 악성빈혈을 겪는 환자들을 치료하는 임상시험이 진행되었다. 낫 모양 적혈구 빈혈증(sickle-cell anemia) 환자의 혈액 줄기세포를 척수에서 뽑아내어, CRISPR 기술로 변형한 이후 인체에 투입하자 베타글로빈이 왕성하게 생성되기 시작했다 [4]. 또한, 코로나 19 바이러스(SARS-CoV-2 RNA 바이러스)를 예방하기 위한 mRNA 백신 연구개발에서도 CRISPR-Cas9는 결정적 역할을 했다 [5]. CRISPR-Cas9을 이용한 임상시험에서 확인된 유전자 이상의 성공적 교정 사례는 특허의 가치를 높이는 역할을 한다. 그에 따라, CRISPR-Cas9 원천 특허를 확보한 연구기관들은 발명의 선후 관계, 진보성의 유무, 권리 범위의 경계가 어디인가를 둘러싸고 법적 다툼을 벌일 것으로 전망된다.

CRISPR-Cas9을 둘러싼 법적 분쟁은 수년째 이어지고 있지만, 유전자 가위 1세대 징크핑거(ZFN)와 2세대 탈렌(TALEN)을 둘러싼 특허 분쟁은 심각하게 전개되지 않았었다. CRISPR-Cas9 기술은 다중 유전자 삽입, 유전자 녹아웃, 콤비네이션 라이브러리, 고급 미세 조정을 수행할 정도로 향상되었다. 유전자 교정에 학계와 바이오 헬스 업계의 관심이 쏠리면서 Cas9뿐만 아니라, Cpf1, Cas12a, Cas13, Cas14, 프라임 유전자 편집기(prime genome editor) 관련 특허가 출원되고 있다. 그러나 특허 출원부터 등록까지는 8년이나 걸리는 사례들이 속출하므로, 특허 라이센스를 기반으로 비즈니스를 추진하려는 바이오 기업과 제약업체 입장에서는 이미 등록된 CRISPR-Cas9의 효용성이 더 크다.

3. CRISPR-Cas9 연구활동과 특허 출원 경쟁

3.1. CRISPR-Cas9 특허 패밀리의 증가

CRISPR-Cas9의 유전자 편집기능이 처음으로 2012년 사이언스지에 발표된 이후 CRISPR 특허 출원은 전 세계에서 가파른 증가세를 보였다. 그림 1은 2021년 6월 말에 과학기술 연구 문헌 및 특허 통계 플랫폼 Lens에서 조회한 결과이다. 전 세계에서 누적된 CRISPR-Cas9 관련 특허 출원은 4,499건이다. 그 가운데 등록을 마친 특허는 1,829건으로 파악되었다. 한편, 키프리스(KISPRIS)를 조회한 결과 우리 특허청(KIPO)에는 382건의 CRISPR-Cas9 특허가 등록되었고, 출원 발명 61건은 진보성 결여 등을 이유로 특허 거절되었다. 그런데 CRISPR-Cas9 특허의 상당수는 PCT 국제출원을 이용한 해외 연구기관과 연구자들이 특허권자로 기재되어 있다. 한편, CRISPR-Cpf1을 이용한 유전자 교정 특허는 91건 등록되었고, 아연 핑거 뉴클레아제(ZFN) 특허는 204건, 탈렌(TALEN)을 이용한 유전자 조작 관련한 특허는 607건이 등록되었다 [6]. CRISPR-Cas9 관련 간략형 특허 패밀리(simple patent family)는 4,646건, 확장된 특허 패밀리(extended patent family)는 4,427건이었다. 특허 패밀리는 출원 공개 및 등록된 특허 가운데 발명의 내용이 일치하는 특허 문헌 그룹을 의미한다. 특허 패밀리의 규모는 그 분야의 특허 출원이 세계적으로 얼마나 이루어지는가를 보여준다. 외국 특허청에 특허를 출원하면 특허 패밀리에는 우선권 데이터(foreign application priority data)가 동일하게 부여되므로 이를 통해 출원 및 등록된 CRISPR 발명의 통계를 전체적으로 파악할 수 있다.

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그림 1. 글로벌 CRISPR-Cas9 특허 발명의 출원, 등록, 공개 통계.

 

그림 1에서 CRISPR-Cas9 발명의 출원이 급격히 증가했던 시기와 특허 결정을 받아 등록된 시기 사이에는 시간차가 나타난다. 출원 공개된 이후 특허 심사에 걸리는 기간은 평균 4-5년이나 소요된다. 각국 특허청에서 현재 심사 중인 CRISPR-Cas9 출원들을 감안하면, 2022년~2023년을 전후하여 CRISPR-Cas9 특허 등록이 크게 늘어날 것으로 전망된다. 한편, 2019년 이후 CRISPR-Cas9 발명에 대한 신규 출원은 뚜렷한 감소세를 보였다. 그 이유는 코로나 19로 인하여 연구활동이 위축되었기 때문이고, CRISPR-Cas9를 활용한 다양한 목적의 선행발명들이 이미 출원 공개되었기 때문으로 추측된다. 이미 많은 특허권들이 출원 및 등록되어 과밀화된 CRISPR-Cas9 연구분야에서는 유전자 편집 시스템의 오표적 개선 및 부정확성 개선 등 취약점을 보완하거나, 다른 대안적 방법을 연구하여 출원하는 비중이 늘어났다. Cas9에 비해 RNA 결합 부위가 짧은 Cpf1 단백질을 이용하여, 염기서열을 절단하는 CRISPR-Cpf1, Cas12, Cas13, 크리스퍼-연관 트랜스포사제(CAST)은 편집의 효율성을 높여준다.

그림 2가 보여주는 CRISPR-Cas9 특허권 보유 연구기관 상위 20위에는 미국에 소재한 대학, 연구소, 바이오 기업들이 대부분이며 유럽 지역에서는 비엔나대, 중국에서는 상가모 테라퓨틱스(Sangamo Therapeutics)만이 순위에 들었다. 미국 하버드대는 153건, MIT는 108건, UC버클리대는 96건, 브로드연구소는 87건, 인스크립타(Inscripta)는 72건의 특허를 등록하여 최상위권 그룹을 형성했다. 하워드휴즈 의학연구소는 65건, 상가모 테라퓨틱스는 64건, 카리부 바이오사이언스는 57건, 제너럴 하스피탈이 56건, 10X 지노믹스가 54건으로 그 뒤를 이엇다. 한국 기업 툴젠은 8건을 확보한 것으로 나타났다. 그림 2에서 등록된 특허 건수는 미국 특허청 등록된 기준이 아니라, 다수의 국가를 지정한 PCT 국제출원에 의한 등록이므로 실제로는 동일한 발명까지 특허 건수로 통계에 잡히게 된다는 점을 유의해야 한다.
 

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그림 2. CRISPR-Cas9 특허 최다 보유 연구기관(상위20위).
출처: 검색 플랫폼 Lens.org에서 "CRISPR Cas9: Field of study CRISPR+Cas9"를 검색어로 선택하고 Citing Patents 메뉴에서 Top Owner Name Exact by Document Count를 조회(2021.6.30 기준) www.lens.org/lens/search/scholar/list?collectionId=183993

 

어떤 CRISPR-Cas9 발명의 시장가치가 높게 재평가되어 부상한다면, 특허권자들은 그 발명 기술이 자신의 특허 청구항에 속한다고 주장하며 언제든지 새로운 특허 분쟁을 벌일 수 있다. 그러나 특허권자가 공동 연구자이거나, 협력적 관계라면 CRISPR 시장에서는 동맹 관계가 형성된다. 공동 연구자들이나 동맹 관계에서는 특허 발명을 두고 법적 분쟁이 일어날 가능성이 크게 감소한다. 동맹 관계에서는 특허권을 독점적으로 획득하기 위한 소모적 법적 분쟁보다는 특허 풀을 통해 특허권을 공유하는 방식이 더 효과적이다. 하버드, MIT, 브로드연구소는 서로 동맹 관계에 있으며, UC 버클리대는 카리부 바이오사이언스, 인텔리아 테라퓨틱스와 동맹 관계에 있다.

3.2. 미국과 중국의 CRISPR-Cas9 연구논문 추이

CRISPR-Cas9 분야의 연구논문 출간은 미국과 중국 연구기관이 압도적 비중을 차지하고 있으며, 유럽 국가들은 상대적으로 뒤처져 있다. CRISPR-Cas9 연구 성과는 특허 출원으로 연결되고 있다. 출간된 연구논문의 분량은 특허 출원 건수와 정비례한다. 그림 3은 CRISPR-Cas9 연구를 수행하는 미국과 중국의 연구기관들이 2012년 이후 발표한 CRISPR-Cas9 연구논문의 통계를 보여준다. 그림 3이 보여주는 연구논문 수 증가의 추이는 그림 1에서 글로벌 CRISPR-Cas9 특허 출원이 증가했던 시기와도 일치한다. UC버클리대, 스탠퍼드대, 브로드연구소(MIT, 하버드대)의 연구 격차는 점차 감소하는 추세를 보이고 있다 [7].

 

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그림 3. 미국과 중국 연구기관들이 발간한 CRISPR-Cas9 연구논문 수.
(출처: Jefferson, O.A. et al. “Mapping CRISPR-Cas9 public and commercial innovation using: The Lens institutional toolkit”. Transgenic Res (2021))

 

3.3. 글로벌 CRISPR-Cas9 특허 라이센싱 관계도

 

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그림 4. 글로벌 CRISPR-Cas9 특허 라이센싱 관계도.
(출처: Osmat Azzam Jefferson et al., "Mapping CRISPR-Cas9 public and commercial innovation using The Lens institutional toolkit" Transgenic Research (2021) ; Jorge. Contreras et al., "CRISPR, surrogate licensing, and scientific discovery” Science. Vol. 355, Issue 6326 (2017)를 참조하여 재구성)

 

그림 4를 보면, CRISPR-Cas9 원천 특허권을 확보한 대학들과 연구기관들은 특허권 관리를 전담하는 스핀아웃(spin-out) 또는 대리인 회사들을 설립하였다. 광범위한 독접적 라이센싱을 부여받은 스핀아웃 회사들은 대리인으로서 제3자와 라이센싱 계약을 맺거나, 투자를 받고 전문업체들과 비즈니스 파트너십을 맺는다. 바이오 헬스업체와 제약회사들에게 특허 실시권을 부여하지만, 직접 CRISPR 업체를 세우기도 한다. 제니퍼 도우드나는 카리부 바이오사이언스를 설립했고 인텔리아 테라퓨틱에는 공동 설립자로 참여했다. 크리스퍼 테라퓨틱스와 ERS 게노믹스는 엠마뉴엘 샤르팡티에가 설립했다. 글로벌 CRISPR 시장에서 빅5로 평가되는 행위자는 브로드연구소의 대리회사 에디타스(Editas), 카리부 바이오사이언스, 인텔리아 테라퓨틱스, 크리스퍼 테라퓨틱스, ERS 게노믹스이다 [8].

글로벌 CRISPR-Cas9 시장의 규모와 복잡하게 얽힌 특허 라이센싱 관계는 어째서 특허 분쟁이 계속해서 발생하는가를 이해할 수 있는 관점을 제공해 준다 (그림 4). CRISPR-Cas9 특허권 라이센싱 관계도에서 눈여겨 보아야 점은 첫째, CRISPR 시장은 라이센싱 계약과 이해관계에 따라 복잡하게 얽혀있다는 점이다. 이해관계가 대립되거나, 직접적 경쟁 관계에 있는 연구기관, 업체, 대학들은 동맹 네트워크에서 배제된다. 동맹 관계에 있는 특허권자들은 라이센싱 절차를 간소화하고자 CRISPR 특허 풀(patent pool) 구성을 논의하기 시작했다. 예컨대, 2017년 브로드연구소는 공동 특허권자 하버드대, MIT, 록펠러대학이 참여하는 CRISPR 특허 풀을 만들겠다고 발표했다. 특허 보유자들이 CRISPR-Cas9 공동 라이센싱 플랫폼이 만들어지면 복잡하게 얽힌 특허권 관계와 라이센스 환경을 탐색할 필요 없이 CRISPR 특허 실시권을 손쉽게 라이센스 할 수 있으므로 상업적 사용자를 위한 원스톱 상점처럼 기능하게 된다. 그러나 CRISPR 특허 풀이 효과적으로 운용되기 어렵다는 전망이 우세하다. 주요 CRISPR 특허권자들이 인체 유전질환 치료 분야의 스핀아웃 기업들과 독점적 라이센스 계약을 체결했기 때문에 실제로는 비독점 라이센스를 제공하는 특허 풀만이 가능한 상황이다 [9].

둘째, 인체 유전 질환 치료제를 개발하려고 경쟁하는 바이오 헬스 기업들은 많지만, CRISPR 특허 발명의 독점적 라이센스는 극소수 기업에게만 부여되고 있다. CRISPR 특허권을 보유한 연구기관들은 바이오 헬스 기업과 글로벌 제약사들에게 인체 유전질환 치료제(human therapeutics) 개발을 위한 라이센스를 허락하고 상당한 금액의 실시료(royalty)를 받는다. 예컨대 키메라 항원 수용체 T 세포(Chimeric Antigen Receptor T Cell) 등 면역세포 치료제 개발에 필요한 독점적 실시권은 특정 기업에게만 부여된다. 상업적 이해관계가 막대한 분야에서는 가장 많은 실시료를 지불하는 기업만이 특허의 전용 실시권을 획득하며, 비배타적 실시권 계약은 사실상 찾아보기 어렵다. 예를 들어, 브로드연구가 세운 에디타스(Editas)는 7억 달러가 넘는 실시료를 받고 CRISPR-Cas9 실시권을 주노 테라퓨틱스(Juno Therapeutics)에게만 허락하는 계약에 서명했다. 또한, 에디타스는 안구 질환 치료법 개발 분야에서만 CRISPR 특허를 사용하기로 독점적 라이센스 계약을 엘러간(Allergan)과 체결했다. 샤르팡티에의 특허는 의료용으로는 크리스퍼 테라퓨틱스에 배타적으로 부여되다. 크리스퍼 테라퓨틱스는 다시 버텍스 파마(Vertex Pharmaceuticals)에게 새로운 치료법 개발에 사용하도록 독점권을 부여했다. UC 버클리대와 비엔나대는 카리부 바이오사이언스의 모든 활동에 독점 라이센스를 주었고, 카리부 바이오사이언스는 다시 인텔리아 테라퓨틱스에게 인체 유전질환 치료제 개발에 사용하도록 전용 실시권을 허락했다 [10]. 브로드연구소-주노, 카리부 바이오사이언스-인텔리아 테라퓨틱스, 카리부 바이오사이언스-듀퐁, 인텔리아 테라퓨틱스-노바티스도 독점적 라이센스로 연결되어 있다.

4. 선발명주의 특허제도와 저촉심사

4.1. 선발명주의와 발명의 증명

미국을 무대로 전개된 CRISPR-Cas9 특허권 분쟁을 살펴보기에 앞서 선발명주의 특허 제도와 저촉 절차를 이해할 필요가 있다. 2013년 이전의 선발명주의 제도에서는 먼저 특허를 출원한 자가 아니라 선발명을 증명하는 자에게 특허권을 부여했다. 그 당시 미국 특허청의 관행은 특허출원서에 발명일을 기재하지 않았고 심사관은 ‘출원일’을 발명일로 ‘간주’했다. 만일 출원인이 발명일을 증명하는 진술서를 제출하면 실제 발명일은 그 날짜로 소급되어 인정될 수 있었다 [11]. 그러자 '선발명'의 시점을 증명하고자 일부 회사들은 발명가의 노트북을 보관했다. 연구진들은 새로운 발명의 아이디어가 떠오르면 노트북에 기재하여 기록을 남겼고, 미래에 불거질 수 있는 특허 분쟁에 대비하여 기록을 공증까지 받았다 [12].

2011년 개정 특허법(2011 America Invents Act)이 연방의회를 통과하자 선발명주의(first-to-invent rule)는 선출원주의(first-inventor-to-file rule)로 변경되었다. 저촉 절차는 파생 절차로 대체되었고, 미국 특허청은 2013년 개정 특허법의 시행에 따라 특허심사지침서(MPEP)도 수정하였다. 종전에는 누가 먼저 발명했느냐를 증명하는 일이 중요했지만, 법 개정 이후에는 누가 먼저 출원했느냐가 중요해지게 되었다 [13]. 먼저 출원한다고 선발명자로 언제나 인정되는 것은 아니고 진정한 발명가(true inventorship)인가를 판정하기 위하여 파생 절차(derivation proceeding)를 두고 있다 [14].

4.2. 개정 전 미국 특허법(pre-AIA)의 저촉 절차

저촉심사(interference)는 미국 개정 전 특허법(pre-AIA)에 따른 선발명주의 하에서 운영되었던 제도로서 누가 선발명자의 지위를 가지는가를 특허심판원이 판단하는 절차이다. 동일한 발명 기술을 먼저 발명했다고 주장하며 다툼이 발생하면, 미국 특허청은 저촉심사 절차의 진행 필요성을 검토한다. 두 특허 청구항이 특허적으로 구분할 수 없는 발명(patentably indistinct inventions)에 관한 것이라면 먼저 발명한 자가 누구인가를 결정한다. 저촉심사는 3인의 패널로 구성된 저촉심사부(BPAI)가 담당했었으나, 2013년 이후에는 개정 특허법에 따라 특허심판원(PTAB)이 담당한다. 만일 두 당사자가 보유한 특허의 청구항들이 저촉되지 않는다면 두 특허권은 그대로 존속하지만, 선행하는 발명 기술로부터 예견될 수 있었거나, 자명하다면 저촉이 인정될 수 있다. 특허 청구항의 저촉이 인정된다면 junior party의 특허 청구항은 저촉되는 범위만큼 상실된다 [15].

저촉심사의 요체는 두 당사자들이 어떤 발명의 선후를 다투는 경우에 먼저 발명한 자를 판단하는 절차이므로 심사과정에서 ‘시기’를 가장 중요한 요소이다. 당사들에게는 ‘발명일’을 증명하는 것이 최대 관건이다. 발명일은 먼저 발명을 구체적으로 실체화한 날짜 또는 먼저 착상한 날짜가 기준이다. 저촉심사에서는 발명이 착상된 날짜(conception), 발명이 형성(formation)되어 구체적 실현(reduction to practice)에 도달한 날짜 등이 중요하게 다루어진다 [16]. 저촉 절차의 당사자는 발명일을 증명할 수 있다. 발명의 착상이 언제 있었느냐는, 연구진들이 작성한 날짜가 명기된 '연구 노트 기록' 등으로 증명한다. 그런데, 미국 특허법 실무에서 발명의 ‘착상’은 단순한 초기적 아이디어 또는 스케치로는 불충분하며 “발명이 완전하게 작동할 정도로 구체적이고 영속적이어서(definite and permanent idea of the complete and operative invention) 그 발명 기술을 실시할 수 있는 단계”를 의미한다 [17].

4.3. Senior Party의 권리추정

CRISPR-Cas9 특허 출원이 집중되었던 시기는 2012년으로서 개정 특허법(AIA)이 시행된 2013년 이전이므로 어떤 발명을 두고 복수의 당사자가 자신의 특허권이라고 주장한다면, 여전히 저촉심사 절차를 거쳐 해결을 모색하게 된다. 그런데 절차가 시작되려면 미국 특허청이 저촉 절차 개시를 선언해야 한다. 해마다 30만여 건의 특허 출원을 심사하는 미국 특허청은 250건 가량의 저촉심사만을 허용할 정도로 ‘저촉 절차의 개시선언’은 드문 편이었다 [18].

개정 전 미국 특허법 35U.S.C.§135과 미국 연방절차규칙(CFR) §41.207(a)(1)에 따르면, 저촉 절차에서 Senior Party는 선발명자(prior inventor)로 ‘추정’되므로 저촉심사에서 상대적으로 유리한 법적 위치를 점하게 된다. 저촉 절차에서 Junior Party는 늦게 출원한 자로서 “선출원자가 곧 선발명자”라는 추정을 번복해야 하는 증명 부담을 안게 된다. 즉, Junior Party는 특허기술을 자신이 먼저 발명했다는 사실을 입증하여 추정을 번복할 수 있다. Senior Party는 Junior Party가 반증에 성공하지 못하면, 일응의 추정(prima facie presumption)에 따라 특허권을 인정받는다. 미국 특허청의 통계를 살펴보면 저촉심판에서 선출원자가 선발명자로 인정받은 비율이 압도적으로 높았다 [19].

5. CRISPR-Cas9 특허 전쟁의 배경

5.1. 원핵세포의 적응적 면역 시스템

UC 버클리대의 제니퍼 도우드나(Jennifer Doudna)와 독일 막스플랑크 연구소의 엠마뉴엘 샤르팡티에(Emmanuelle Charpentier) 등은 2012년에 사이언스지에 바이러스의 공격에 대응하는 화농성연쇄상구균(Streptococcus pyogenes)의 CRISPR-Cas9 메커니즘과 구성요소를 시험관 환경(in vitro)에서 규명했다. 공동 연구진은 CRISPR-Cas9을 통한 ‘원핵세포의 적응적 면역 시스템(Prokaryotic Adaptive Immune System)’을 사이언스지에 발표했다. 원핵세포의 적응적 면역 시스템을 간략히 살펴보면, 세균은 바이러스의 침입을 받으면 그 바이러스 DNA 조각을 잘라낸 스페이서(speace)를 자신의 유전자에 끼워 넣고, crRNA를 발현시킨다. crRNA는 Cas9 단백질과 CRISPR 복합체를 형성한다. 동일한 바이러스가 세균에 재침입하면, gRNA가 그 바이러스의 RNA를 찾아내어 결합하고, Cas9 핵산분해효소가 그 부위를 절단한다 [20]. 도우드나와 샤르팡티에는 미생물 유전자의 교정 가능성을 규명한 공로로 2020년 노벨 화학상을 수상하였다.

도우드나를 포함한 UC 버클리대의 공동 연구팀은 CRISPR-Cas9 연구성과를 ‘RNA-유도된 표적 DNA 변형 및 전사의 RNA-유도된 조절을 위한 방법 및 조성물‘이라는 특허 발명으로 2012년 10월 23일(출원번호: 13/842,859, 수정 출원일: 2013년 3월 15일) 미국 특허청에 출원하였고, 2018년에 특허 등록에 성공했다. 출원서에는 원핵세포 면역 시스템의 CRISPR-Cas9 작동이 시험관(in vitro)에서 증명되었다는 점이 기재되어 있었다. 그러나 2012년 사이언스지에 실린 UC 버클리대의 연구 결과에는 진핵세포를 사용하여 얻어진 실험한 결과는 없었고, '859 출원서에도 CRISPR-Cas9이 사용된 특수한 유형이나 환경에 대한 언급은 없었다 [21].

한편, 그 무렵, MIT의 펭장(Feng Zhang), 하버드대의 조지 처치(George Church)를 포함한 브로드연구소 연구팀은 포유류 세포를 표적으로 삼아 유전자를 편집하는 연구를 진행하고 있었다 [22]. 브로드연구소는 진핵세포(eukaryotic cell)에서 CRISPR-Cas9 시스템으로 표적 dsDNA를 잘라내는데 성공하였고, 그 연구 결과를 미국 특허청에 임시출원(2012년 12월 12일)하였다. 특허의 명칭은 ’유전자 산물의 발현을 변경하는 CRISPR-CAS 시스템 및 방법’이다. 출원서에는 “이 발명은 진핵세포의 발현에 최적화되어 있는 Cas9 단백질을 포함한다. 선호되는 구현에서 진핵세포는 포유류 세포 또는 인간 세포(mammalian cell or a human cell)이다”라는 문구가 포함되어 있다. 비록 임시출원일은 UC 버클리대에 비해 늦었지만, 신속심사 트랙을 이용한 결과 브로드연구소의 US8,697,359 특허가 2014년 4월 15일에 가장 먼저 특허 등록을 마쳤다 [23].

그러자, UC 버클리대가 브로드연구소(하버드대, MIT)의 특허 발명은 자신의 출원에서 예견될 수 있었다고 주장하며 저촉심사를 신청했다 [24]. 그러나 브로드연구소는 자신의 CRISPR-Cas9 특허 발명은 세균의 수준에 그치지 않고 실험용 생쥐 등 포유류에 유전자 편집기술을 적용한 것으로써 진보성 있는 별개의 발명이라고 맞섰다. 브로드연구소의 특허 출원서에는 CRISPR-Cas9 시스템이 인간을 포함한 포유류의 진핵세포(“CRISPR system elements in eukaryotic cells.” “CRISPR system for targeting of genomic loci in mammalian cells”)까지 적용된다는 점이 명시되어 있었다 [25].

5.2. CRISPR-Cas9 특허권의 권리 범위를 둘러싼 갈등

2017년 5월 유럽 특허청(EPO)이 UC 버클리대의 CRISPR-Cas9 특허 등록(EP2800811)을 결정하면서 그 권리 범위가 진핵세포에까지 미친다고 해석하였다. 그러나 CRISPR-Cas9 특허발명의 진정한 권리자를 밝히기 위한 미국 특허심판원(PTAB)의 저촉 절차의 결론은 정반대였다. 2017년 2월 특허심판원은 진핵세포에서 작동하는 브로드연구소의 CRISPR-Cas9 특허발명과 원핵세포에서 작동하는 UC 버클리대의 특허발명은 서로 저촉되지 않는다고 판단했다. '저촉심사'의 이유가 없다는 결정은 브로드연구소가 등록한 특허발명이 UC 버클리의 특허발명과 별개로 다루어져야 한다는 것을 의미했다. 즉, 원핵세포를 표적으로 삼아 유전자를 교정하는 UC 버클리대의 특허 청구항도 유효하고, 포유류의 진핵세포를 표적으로 삼아 유전자를 교정하는 브로드연구소의 특허 청구항도 유효하다.

진핵세포 시스템에서의 유전자 교정도 자신의 CRISPR 특허 청구항의 권리 범위에 속한다고 주장했던 UC 버클리대는 특허심판원의 결정에 불복하여 워싱턴 D.C.에 위치한 연방순회항소법원(CAFC)에 항소했지만, 특허심판원의 판단과 동일한 취지의 판결이 내려졌다 [26]. 2019년에 시작된 두 번째 저촉 절차(Interference No. 106,115)도 UC 버클리대에게 불리하게 전개되고 있다.

CRISPR-Cas9 특허를 둘러싼 법적 분쟁이 격화되자 라이벌 관계에 놓여있는 UC 버클리대와 브로드연구소의 감정 싸움도 불거졌다. MIT의 분자생물학자 에릭 랜더(Eric Lander)는 셀(Cell)에 기고한 "The Heroes of CRISPR”라는 글에서 UC 버클리대와 유럽 협력자들이 수행한 역할을 폄하하고, 브로드연구소 과학자들을 부각시켰다. UC 버클리대의 연구는 시험관(in vitro) 환경에 국한되었을 뿐이고 CRISPR-Cas9의 기능도 시원치 않았다고 평가하고, 살아있는 진핵세포의 편집을 정확하고 효율적으로 할 수 있도록 돌파구를 이루어낸 진정한 영웅들은 MIT와 하버드의 연구팀이라고 강조했다 [27]. 문제는 그가 브로드연구소의 소장이었기 때문에 학문적 성취에 대한 객관적 평가와는 거리가 멀었다는 점이다. 그 이후 랜더를 반박하는 의견들이 트위터를 달구었다. 도우드나는 UC 버클리대의 랩에서 수행한 연구 내용과 다른 연구자들과의 상호작용에 대한 랜더의 평가는 틀렸다고 지적했다. 랜더의 편파적 평가에도 불구하고 2020년도 노벨 화학상은 CRISPR를 통해 미생물 유전자의 인위적 교정 가능성을 최초로 밝힌 도우드나와 샤르팡티에에게 돌아갔다 [28].

6. 미국 특허심판원(PTAB)의 저촉심사: 세 개의 라운드

6.1. CRISPR-Cas9 저촉심사 첫 번째 라운드

CRISPR-Cas9 특허권자들은 자신이 확보한 특허권의 상업적 가치를 극대화하기 위해 여러 종류의 원천 특허 포트폴리오를 풍부하게 구축해두고 자신의 특허권을 위협하거나 법적 보호를 불확실하게 만드는 요인들을 제거하고자 한다. CRISPR-Cas9 특허 전쟁은 2015년 4월에 서막이 올랐다. 미국 연구기관들 사이에서 벌어진 법적 공방전은 바이오 헬스 업계와 분자생물학계의 이목을 집중시켰다. CRISPR-Cas9 특허 전쟁은 현재까지 미국 특허청 내에 설치된 특허심판원(PTAB)을 중심으로 전개되고 있다. 그 과정은 시기별로 3개의 라운드로 나뉜다. 저촉심사 1라운드는 UC 버클리대 등(비엔나 대학, 제니퍼 도우드나, 엠마뉴엘 샤르팡티에를 포함)이 브로드연구소(하버드대, MIT, 브로드연구소를 포함) 등이 보유한 특허 청구항과 자신의 특허가 저촉된다고 미국 특허청에 2015년 4월 저촉심사(Interference No. 106,048)를 신청하면서 시작되었다.

저촉심사의 개시가 선언되자 UC 버클리대는 Senior Party로서 자신의 선행특허 발명은 일반적으로 적용된다고 주장했다. 그러나 UC 버클리대는 화농성연쇄상구균에서 CRISPR-Cas9을 추출한 시험에 대한 증거만을 내놓았다. 반면, 브로드연구소의 논리는 원핵세포와 진핵세포의 차이를 이해하는 통상의 지식을 갖춘 기술자였다면, 진핵세포 환경에서 CRISPR-Cas9 유전자 편집 기능이 성공하리라고 타당한 기대를 할 수 없었다는 것이었다. 브로드연구소는 Junior Party의 입장에서 CRISPR-Cas9 기술을 적용할 때 원핵세포와 진핵세포는 그 환경 면에서 현저한 차이가 있음을 강조했다. 진핵세포에서 작용하는 CRISPR-Cas9 시스템의 기능은 절단 기능을 수행하는 Cas9 단백질이 원활하게 접히느냐에 달려 있다. CRISPR-Cas9에서는 단백질 접힘이 매우 중요한 핵심적 역할을 하는데 원핵세포와 진핵세포의 환경 차이는 단백질 접힘에도 차이를 가져오므로 진핵세포에서 Cas9 단백질 접힘은 예측하기 어려워진다. 그리고 단백질 구조에 둘러싸여 있는 염색질 복합체(chromatin complex)가 진핵세포의 DNA에 존재하므로 잠재적 문제들이 생겨날 수 있다 [29].

또한, 브로드연구소는 제니퍼 도우드나가 2012년에 사이언스지에 논문을 발표한 이후에 내놓았던 발언까지 증거로 제출했다. 그녀는 진핵생물에서 유전자 변형기술을 적용하는 데는 일반적 곤란성이 존재하기에 CRISPR가 과연 인간 세포에서도 작동할 수 있는가에 대해 의문을 드러냈다. 그녀는 CRISPR를 인간 세포를 표적으로 시험하는 동안 "많은 좌절들"을 경험했고, 만일 CRISPR가 인간 세포에서 작동한다면, 그것은 심오한 발견(profound discovery)으로 여겨질 것이라고 말했다 [30]. 특허심판원(PTAB)은 UC 버클리대의 발명자가 자신의 발명을 진핵세포에 적용하여도 성공할 수 있다는 확신이 없었으므로, 통상의 기술자라면 더 확신을 가지지 못했을 것으로 판단하였다. 결국 양 당사자의 특허 청구항은 구분되므로 저촉되지 않는다고 결론을 내렸다 [31].

 

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그림 5. CRISPR-Cas 9 특허 발명의 도면 비교.

 

2018년에는 연방순회항소법원(CAFC)도 전문가들의 증언과 사실적 증거를 종합한 결과 ‘저촉 없음’에 도달했다. 법원은 브로드연구소의 특허 청구항과 UC 버클리대의 특허 청구항은 특허적으로 구별되고, 브로드연구소의 발명은 UC 버클리대의 발명에 비추어 자명하지 않다(non-obvious)고 판단했다. 그 판결문의 취지를 요약하면 다음과 같다. “두 발명이 저촉되려면, 어떤 당사자의 특허가 다른 특허 발명으로부터 예견(anticipated)될 수 있거나, 그 발명이 자명(obvious)하게 여겨져야 한다. 그러나 브로드연구소가 발명한 시점에 그 발명이 속한 기술 분야에 종사하는 통상의 전문가에게는 UC 버클리대가 발명한 CRISPR-Cas9 시스템이 진핵세포에서도 성공하리라는 타당한 기대(reasonable expectation of success)가 없었다” [32].

그림 5의 도면을 비교해 보면 브로드연구소의 특허 발명은 UC 버클리대의 연구가 알려진 이후 분자 생물학 분야에 종사하는 평균적 전문가가 예견하거나 기존의 기술들을 조합하여 용이하게 발명하기에는 어렵다고 생각된다. (가)와 (나)의 일부 도면은 CRISPR-Cas9이 완전히 구분되는 세포 시스템에서 작동하는 모습을 보여준다. (가)와 (나) 도면은 표적 유전자부터 다르고, 유전자 편집의 방법, 조성물들이 현저하게 차이가 난다. UC 버클리대의 (가)발명은 표적 원핵세포에서 표적 핵산의 전사를 조절하는 방법과 부위 특이적 변형 폴리펩타이드를 제공한다. 또한, 표적 DNA 및 표적 DNA와 연관된 폴리펩타이드의 부위 특이적 변형 방법을 제공한다. 그 다음으로 브로드연구소가 제출한 (나) 도면의 상단은 진핵세포에서 표적 유전자 시퀀스와 유전자 산물의 발현을 변경하는 CRISPR 시스템, 방법, 조성물을 제공하는 발명임을 보여준다. (나) 도면의 하단은 인간 파브알부민(parvalbumin) 유전자 및 마우스 Th 유전자좌에서 프로토스페이서(protospacer)의 예시적인 선택을 보여준다.

6.2. CRISPR-Cas9 저촉심사 두 번째 라운드

UC 버클리대는 멈추지 않고 2019년에 다시 저촉심사를 신청했다 (Interference No. 106,115). 2019년 6월 시작된 두 번째 저촉심사는 2021년 7월 현재 여전히 진행 중이다. 당사자들의 입장은 뒤바뀌어 브로드연구소가 Senior Party가 되고, UC 버클리대는 Junior Party의 지위를 가지게 되었다. 우선 특허심판원(PTAB)은 당사자가 처음 제출한 임시출원을 가장 빠른 유효 출원일로 인정해야 하는지 여부를 판단해야 했다. 그 이유는 도우드나, UC 버클리대, 비엔나대, 샤르팡티에 등이 원핵세포에 적용된 CRISPR-Cas9 시스템 특허 발명의 청구범위가 진핵세포에도 미칠 뿐만 아니라, 특허 우선일도 브로드연구소가 발명한 특허의 우선일에 앞선다고 주장했기 때문이었다 [33].

2020년 9월 미국 특허심판원은 브로드연구소의 CRISPR-Cas9 특허의 우선일이 앞선다고 판단했다. 특허 청구항의 발명이 저촉된다는 주장이 있으면, 저촉심리를 통해 그 발명의 선후를 판단하는데 ‘발명의 우선일’은 진정한 선발명자를 가리는 과정에서 결정적 기준으로 작용한다. 우선일(priority data)은 저촉심사에 참여한 각 당사자가 발명을 "구체화하여 실제로 실현한(constructive reduction to practice)" 날짜를 의미한다. UC 버클리대는 특허 발명을 임시출원했던 날짜가 2012년 5월 12일이므로, 발명의 우선일(priority date)로 인정되어야 한다고 주장했다 [34]. 미국 특허절차에서 임시출원은 청구범위의 기재가 불필요하고 명세서, 도면, 수수료만 내면 가능하다. 그 후 1년 이내에 정규출원을 하면, 임시출원한 날이 출원일로 인정된다. 그러나 특허심판원은 그 주장을 배척하고 2013년 1월 18일을 우선일로 판단하였다. UC 버클리대가 임시출원을 제출했을 당시 초기 연구단계에서는 PAM 서열, 샘플 표적 DNA 서열 및 진핵세포 환경에 필수적인 특수한 지시 또는 조건이 결여되어 있었다. 한편, 브로드연구소 발명의 우선일은 출원일 2012년 12월 12일로 인정되어 UC 버클리대보다 앞서게 되었다.

6.3. 저촉심사에 대한 평가

저촉심사 절차는 특허권의 수익을 극대화와 관련이 있다. 경쟁자들의 유사한 특허 발명은 자신이 보유한 특허권의 법적 보호를 불확실하게 만드는 요인들이므로 저촉 사실이 있다는 점을 공식적으로 인정받아서 특허 등록을 취소시키려고 한다. 경쟁자들의 유사한 특허 발명을 무효심판 등을 통해서 무력화하거나 절차의 흠결을 지적하여 등록 취소를 이끌어 내는 작업들도 이런 맥락에서 이해할 수 있다. CRISPR 기술을 이용하여 인체에 난치성 질환을 일으키는 염기서열의 돌연변이를 성공적으로 치료했다는 소식이 관심을 받게 되면, 임상시험을 주도한 기업들의 주가는 크게 치솟게 된다.

CRISPR-Cas9처럼 높은 상업적 수익이 예상되는 혁신적 기술에 대하여 이해관계자들은 관심을 표출하기 마련이며, 저촉 절차 등 특허 분쟁이 벌어지면 그 법적 판단의 결과는 주식시장에도 즉시 반영된다. 위에서 살펴본 두 건의 저촉심판은 UC버클리대가 진핵세포에서 사용되는 CRISPR-Cas9 시스템에 대한 권리가 브로드연구소의 특허 청구항이 아닌 자신이 2013년 3월 15일자로 출원한 특허 청구항에 속한다는 판단을 공식적으로 얻기 위해 얼마나 많은 노력을 쏟아 붓고 있는가를 여실히 보여준다. 그런데 비록 저촉심사 절차에서 ‘저촉 없음’ 결론이 내려졌다고 해도 UC 버클리대가 그 근거로 삼았던 특허가 상실되지는 않는다는 점을 유의해야 한다. UC 버클리대와 브로드연구소는 모두 각자의 특허 발명에 기초하여 다양한 용도의 CRISPR-Cas9 시스템을 얼마든지 연구개발할 수 있다. 예컨대, 2018년 6월 UC 버클리대의 도우드나와 샤르팡티에 연구팀은 인체 유전질환 치료제 개발 및 식량안보를 위한 농산물 육종에 사용되는 CRISPR-Cas9 발명에 새로운 특허 US 10,000,772를 허여받았다. 그 이후 US 10,421,980 특허까지 등록함으로써, UC 버클리대가 보유한 CRISPR-Cas9 관련 특허 포트폴리오는 더 늘어나게 되었다 [35].

6.4. CRISPR-Cas9 저촉심사 세 번째 라운드

특허 전쟁 세 번째 라운드에는 한국기업 툴젠(ToolGen)이 당사자로 등장하게 되었다. UC 버클리대와 브로드연구소는 툴젠이 미국 특허청에 2013년 출원했던 CRISPR-Cas9 발명을 대상으로 저촉 절차를 신청했다. 2020년 12월 미국 특허청은 2건의 저촉 절차를 개시한다고 선언하였다 [36]. UC 버클리대와 브로드연구소는 아직 미국에 등록도 되지 않은 툴젠의 특허 출원(14/685,510)을 문제 삼아 공격을 시작했다. 이로써 툴젠은 CRISPR-Cas9 특허 전쟁의 소용돌이에 휘말리게 되었으며, UC 버클리대와 브로드연구소와 함께 CRISPR-Cas9 특허 경쟁에서 주요한 행위자로 자리매김하게 되었다. 현재 미국 특허심판원이 심리하고 있는 ‘툴젠 대 UC 버클리대’ (Interference No. 106,127), ‘툴젠 대 브로드연구소’ (Interference No. 106,126) 저촉심사도 인간을 포함한 포유류의 진핵세포에 적용되는 CRISPR-Cas9 시스템이 누구의 특허 청구항에 속하느냐가 주요 쟁점이다 [37].

그 이유는, 툴젠이 2013년에 출원한 CRISPR-Cas9 특허는 그 교정 대상을 진핵세포들과 유기체들(생명체들)을 표적 DNA로 명시했기 때문이다. 구체적으로는 표적 DNA에 특이적인 가이드 RNA 및 Cas 단백질을 암호화하는 핵산 또는 Cas 단백질을 포함하는 진핵세포 또는 유기체에서 표적 DNA를 절단하기 위한 조성물과 용도에 대한 것이다. 한편, 툴젠의 CRISPR-Cas9 특허 발명이 적용되는 진핵세포 또는 유기체에는 효모, 곰팡이, 원생동물(protozoa), 식물, 고등식물, 곤충, 양서류 세포, 포유동물 세포를 포함하고 배양된 세포(in vitro), 이식된 세포(graft cell) 및 생체 외(ex vivo) 및 생체 내(in vivo) 세포, 인간을 포함하는 포유동물의 세포(mammalian cell)를 포함한다 [38].

툴젠의 이 발명은 국내 특허청에는 이미 등록되었지만 미국 특허청에서는 심사 중이다. 이러한 분쟁의 전개는 진핵세포와 인간 세포에서 작동하는 CRISPR-Cas9 특허가 가진 막대한 시장가치를 짐작하게 해준다 [39]. 한편, 14/685,510 출원에서 떼어 2015.4.13에 별도로 분리출원하였던 14/685,568 출원은 저촉심사를 거치지 않고 2020.12.1에 미국 특허청에 등록되었다. ‘568 출원 발명은 가이드 RNA의 구조 변형을 통해 유전자 교정의 정확도를 높이는 기술이다 [40].

2020년 저촉심사 절차를 개시하면서 미국 특허심판원(PTAB)은 툴젠에게 Senior Party의 지위를 인정하였다. 저촉심리의 대상은 미국 특허청에 출원된 툴젠, 브로드연구소, UC 버클리대의 특허 청구항이 저촉되는지 여부이지만, 그 결론은 나중에 국내 권리 범위확인심판에도 영향력을 미칠 것으로 보인다. 세 당사자들이 국내 특허청에 출원한 특허의 명세서, 첨부된 도면, 청구항은 미국 특허청에 등록된 특허권과 사실상 완전히 동일하기 때문이다. 그러나, 각 특허권 청구항이 진보성 등 특허요건을 갖추지 못하여 특허무효심판의 대상인가에 대한 판단은 속지주의이기 때문에 국가마다 결론이 다르게 내려질 수도 있다.

국내 특허정보넷 키프리스(http://kpat.kipris.or.kr)를 2021년 7월에 검색한 결과, UC 버클리대는 우리 특허청(KIPO)에 CRISPR-Cas9 특허를 28건 출원했고, 그 가운데 6건의 등록에 성공했다. '조작된 CRISPR-CAS9 조성물 및 사용 방법', '변형 캐스케이드 리보핵 단백질 및 이의 용도', '식물 형질 개선을 위한 방법 및 조성물' 등은 특허 등록을 마친 상태이므로 배타적 권리가 보장된다. 브로드연구소도 우리 특허청에 CRISPR 관련 특허를 72건 출원하였고 3건은 특허 등록을 마쳤다. '아데노-관련 바이러스 변이체 캡시드 및 그 용도', '신규 CAS13B 오르소로그 CRISPR 효소 및 시스템', 'CRISPR/Cas9 기반 Bacillus subtilis 유전자 편집 메커니즘을 이용한 벌의 낭충봉아부패 백신' 특허가 그것이다. 한편, 툴젠은 CRISPR 관련 발명을 우리나라 특허청에 25건을 출원하였고 18건은 이미 등록을 마쳤다.

7. 유럽 특허청(EPO)의 CRISPR-Cas9 특허 취소

7.1. 특허 속지주의와 우선권 주장

특허의 속지주의 원칙상 동일한 발명이더라도, 그 특허 등록 결정과 청구범위 결정은 각 국가의 특허법에 따라서 특허청이 저마다의 기준으로 판단하므로 결과는 달라질 수 있다. 어떤 발명 기술에 대한 배타적 권리의 부여는 국가 산업정책의 일부이기 때문이다. 발명자는 자신이 특허권이 등록된 국가에서만 배타적 권리를 주장할 수 있다. 그런데, 파리조약에 의하면 발명자는 자국에 선출원하고 동일한 발명을 다른 국가에 출원하여 우선권(priority rights)을 주장할 수 있다. 예컨대 발명자는 동일한 발명 기술 “A”를 미국 특허청에 먼저 정규출원하고, 나중에 유럽 특허청에 “B”를 출원할 수 있다. 이때 발명자는 유럽 특허청에 미국에 먼저 출원한 “A”를 근거로 선출원에 의한 우선권을 주장(priority claim) 할 수 있다. 그런데 “A”와 “B”의 출원인은 반드시 동일성이 유지되어야 하고, 출원의 목적물도 동일해야 한다.

UC 버클리대는 미국 특허청에 선출원했던 CRISPR-Cas9 발명을 유럽 국가들에 등록하기 위해 유럽 특허청(EPO)에 우선권(priority claim)을 주장하였다. 2017년 유럽 특허청은 도우드나와 샤르팡티에 등 UC 버클리대 연구진이 출원했던 CRISPR-Cas9 발명에 EP2800811 특허권을 허여했다 [41]. 유럽 특허청은 UC 버클리대가 등록한 CRISPR-Cas9 특허발명이 암, HIV/AIDS, 유전병 등 인간 질병 치료 방법에도 미친다고 해석하고 그 권리 범위를 넓게 인정하였다.

7.2. 취소된 UC 버클리대의 특허 등록

그러나, 4년 후 유럽 특허청은 UC 버클리대가 2017년에 등록했었던 EP2800811 특허권에서 분할출원한 EP3241902 특허권이 우선권 주장을 위한 법적 요건을 충족하지 못했다는 이유로 등록을 취소하였다. 2021년 4월에 내려진 유럽 특허청의 결정은 UC 버클리대 연구팀에게 충격을 안겨주었다 [42]. EP3241902 특허의 등록의 취소로 인하여 UC 버클리대는 CRISPR-Cas9 발명을 유럽에서 배타적으로 주장할 수 있는 기반을 일부분 잃게 되었다 [43]. 그러나 EP2800811 특허 자체는 존속되었고 그 특허권에서 분할출원했던 특허만이 취소되었다.

7.3. 취소된 브로드연구소의 특허 등록

2020년에도 유럽 특허청 이의심사부(Opposition Division)는 2018년에 성공적으로 등록된 브로드연구소의 EP2771468 특허가 우선권 주장의 요건을 결여했다는 이유로 취소했다. 우선권 주장 출원에서는 선출원(미국 특허청에 먼저 제출한 임시출원)과 후출원(유럽 특허청에 제출한 출원)의 출원인이 동일해야 하는데, 브로드연구소는 요건을 충족하지 못했던 것으로 드러났다. 그에 따라서, 미국 특허청에 제출했던 출원의 우선일이 유럽 특허청에서는 인정되지 않았다.

유럽 특허청에 특허를 출원한 날짜보다 앞서서 발표된 관련 논문들이 이미 선행문헌으로써 존재했기 때문에 브로드연구소의 출원은 신규성 위반에 해당했다. 그 결과 특허 등록이 취소된 것이다. 유럽 특허청 항고부는 2020년 1월 T844/18 결정에 대한 브로드연구소의 항소를 기각하며 특허 취소를 확정 지었다 [44].

7.4. 취소된 툴젠의 특허 등록

툴젠도 이런 공세를 피해가지는 못했다. 툴젠은 미국 특허청에 출원한 동일한 발명을 유럽 특허청에도 출원하였고 CRISPR-Cas9 특허 EP2912175이 2020년 7월에 등록되었다. 그 이후 Grund IP Group, Sandea M Pohlman, Patent Boutique 등이 문제점을 찾아내었고 이의를 신청했다. 2021년 6월 유럽 특허청 이의심사부는 툴젠이 보유한 EP2912175 특허를 취소하기에 이르렀다 [45]. 툴젠은 특허 취소 결정에 항고했으며, 유럽 특허청 항고부의 판단을 앞두고 있다. 그렇지만, 툴젠은 여전히 유럽 특허청에 EP3346003, EP3372679, EP3733847 등 다른 특허권을 보유하고 있다. 한편, 유럽 특허청 이의심사부는 생명공학 회사 시그마 알드리치(Sigma-Aldrich)의 CRISPR 특허 발명을 진보성(inventive step)을 결여했다는 이유로 등록 취소를 결정했다 [46]. CRISPR-Cas9 특허권의 국제 등록 과정에서 발생하는 서지사항의 법적 결함들을 찾아내어 유럽 특허청 이의심사부에 이의를 제기함으로써 특허 등록의 취소를 이끌어 내는 활동은 경쟁 관계에 있는 연구기관들과 기업들이 집요하게 수행한다.

8. CRISPR-Cas9 특허의 진보성 논쟁: 원핵세포와 진핵세포의 차이

8.1. 원핵세포에 적용된 CRISPR-Cas9 시스템은 진핵세포에 자명한가?

2018년 미국 연방항소법원은 진핵세포에 적용된 브로드연구소의 CRISPR-Cas9 시스템은 UC 버클리대가 원핵세포에 적용한 CRISPR-Cas9 시스템에 비추어 볼 때 자명하지 않으므로, 특허 발명의 청구항이 서로 저촉되지 않는다고 판결했다. 미국 특허법 제103조에 규정된 자명성(obviousness)요건이란 어떤 발명과 선행기술 간의 차이가 그 발명 당시에 그 업계의 통상의 지식을 갖춘 기술자에게 자명하다면, 특허는 인정될 수 없다는 원칙이다. 비자명성(진보성)은 그 분야에서 통상의 지식을 가진 자(a person skilled in the art)를 가상으로 상정하고 평균적 창작능력을 판단 기준으로 삼는다. 비자명성은 우리나라 특허 심사에서는 ‘진보성(inventiveness)‘ 요건에 상응하는 개념이다. 예컨대 분자생물학 연구자들 사이에 잘 알려진 기술들을 단순히 결합한 출원에 불과하거나 어렵지 않게 유사한 용도를 추가했다면, 그 발명은 진보성이 인정되지 않으므로 특허를 받을 수 없다.

어떤 발명 기술에 진보성을 인정하는 기준은 특허를 허여하거나, 거절하는데 결정적 요소이다. 진보성 기준은 국가별 특허청 심사기준이 다르며, 판례도 차이가 난다. 진보성을 인정하기 위한 문턱을 어떤 수준으로 설정할 것인가는 특허 정책의 문제이다 [47]. 우리나라에서 진보성을 판단하는 일반적 기준은 청구항에 기재된 구성의 곤란성, 목적의 특이성, 효과의 현저성을 참작하여 종합적으로 판단한다. 선행기술과 비교하여 구성의 차이가 있고 작용 효과도 차이가 난다면, 창작의 난이도가 인정되므로 진보성이 인정된다 [48]. 그러나 만일 출원된 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 사람이 쉽게 발명할 수 있다고 판단되면 심사관은 특허거절 결정을 통보한다. 한편, 미국 연방순회항소법원(CAFC)의 자명성 판단 기준은 선행기술이 어떤 후발적 발명기술에 교시(teaching), 시사(suggestion) 또는 동기(motivation)를 제공하는지 여부이다 [49]. 이는 미국 특허심판원의 저촉심사 기준과 유사한데, Senior Party의 특허 청구항이 마치 선행기술처럼 Junior Party의 발명을 예견하게 했는가 또는 자명했는가를 살펴서 저촉 여부를 판단한다.

미국 특허심판원의 저촉 절차((Interference No. 106,048) 및 연방순회항소법원이 검토한 쟁점은 다음과 같이 요약될 수 있다. “제니퍼 도우드나 등 UC 버클리대 연구팀이 발명한 원핵세포에 적용된 CRIPSR-Cas9의 특허 청구항이 진핵세포를 대상으로도 기능했다는 구체적인 증거가 있는가?, 브로드연구소는 전혀 다른 세포 시스템에 CRIPSR-Cas9을 적용하려고 시험하는 과정에서 생겨나는 예측이 어려운 변수들, 시행착오, 과학적 곤란함을 넘어서 진핵세포를 대상으로 하는 유전자 편집 방법, 조성물과 용법을 찾았으므로, 별개의 진보성 있는 특허 발명으로 인정해야 하는가?”.

8.2. 미국 특허청과 유럽 특허청의 진보성 기준 불일치

원핵세포에 적용된 CRISPR-Cas9 시스템 발명은 진핵세포에도 당연히 적용 가능한 것인가, 아니면, 엄청난 시행착오와 특단의 곤란이 존재하므로 진보성 있는 특허발명으로 보아야 하는가에 대하여는 분자생물학 랩이나 바이오 헬스 업계의 연구자라면, 나름대로 의견을 가지고 있을 것이다. 도우드나와 샤르팡티에가 CRISPR-Cas9 시스템을 최초로 원핵세포에 적용하여 유전자의 편집 가능성을 규명한 과학적 진보는 선행기술로서 인간과 포유류 등 진핵세포 등에서 CRISPR-Cas9 시스템을 적용할 수 있는 방법을 교시(teaching)하는가? 그렇다면, 원핵세포 실험이 아난 포유류의 진핵세포를 대상으로 CRISPR-Cas9으로 유전자 편집에 성공한 브로드연구소의 성과는 단지 공개된 선행기술을 약간 바꾸거나 추가하는 결합물에 불과하고, 진보성이 인정되는 과학적 성취는 아닌 것일까?

이 문제는 ‘통상의 지식을 가진 자’의 기준을 어떻게 설정하느냐에 따라서, 그리고 분자생물학의 분야의 현실적 시험 여건에 그 대답이 달려있다. CRISPR-Cas9 특허에 걸려있는 가치는 매우 크지만 그 판단의 준거가 되는 ‘그 업계에서 통상의 지식을 가진 전문가’에 대한 객관적 기준은 모호하다. CRISPR과 관련한 통상의 지식 수준은 계속해서 변화하고, 그 지식의 수준은 그 국가의 과학기술 발전 양상과 교육수준에 따라서 달라지기 마련이다. 만일 특허청이 ‘통상의 지식을 가진 전문가’의 수준을 자의적으로 결정한다면, 특허 등록 또는 거절에 직접 영향을 미치기 때문에, 연방순회항소법원은 통상의 기술자를 특허 심사관이 임의로 정하지 못하도록 엄격한 요건을 설정했다 [50]. 그런데 UC 버클리대와 브로드연구소 간에 저촉심사 과정에서 특허심판원과 당사자들이 상정하는 ‘통상의 지식을 가진 자’의 지식 수준과 경험에는 현저한 격차가 드러났다.

하나의 세포 시스템에서 작동하는 생물학적 화합물을 다른 세포 시스템이나, 다른 구조체에서 그대로 사용하면, 시행착오가 빈발하므로 실패할 확률이 높다 [51]. 원핵생물에서 적용된 CRISPR-Cas9 시스템의 방법은 진핵세포 유전자 산물의 발현을 변경하는 CRISPR 시스템, 방법, 조성물과는 다른 차원의 시스템이므로 기존에 설계된 세팅에서 작동하기는 어려우며 새로운 방법과 조성물 등이 필요하다고 생각된다. 그렇지만, 유럽특허청(EPO)은 2017년에 우드나와 샤르팡티에가 출원서에 기재했던 광범위한 특허 권리 범위까지 그대로 인정하고 특허권을 부여하였다. 이는 미국 특허심판원이 2017년에 심결했던 저촉심사의 결론과는 상반되는 해석이다 [52]. 이처럼 미국 특허청과 유럽 특허청의 진보성(비자명성) 판단기준이 이처럼 불일치하므로, CRISPR-Cas9을 둘러싼 국제 특허 분쟁의 양상은 더 복잡하게 전개될 수밖에 없다.

9. CRISPR-Cas9: 플랫폼 기술 vs. 비배타적 연구도구?

9.1. CRISPR-Cas9 시스템은 인간의 발명인가 발견인가?

CRISPR-Cas9 시스템은 특정한 염기서열의 위치를 찾아가는 가이드 RNA(guideRNA)와 특정한 염기서열을 가위처럼 잘라내는 Cas9 효소(단백질)로 구성된다. CRISPR-Cas9은 자연적으로 세포 시스템 내부에 존재하는 RNA/단백질 중합체의 일종이다. Cas9 단백질의 기능은 세포가 바이러스로부터 공격을 받을 때 바이러스 DNA를 기억해 두었다가, 다시 탐지하여 파괴하는 자연의 면역 메커니즘을 발견하여 응용한 것이다. 그러므로, CRISPR-Cas9 시스템은 ‘인공적 기술’이라기 보다는 세포가 바이러스의 공격에 대항하는 면역 메커니즘을 ‘발견’한 것에 가깝다. 그런데, 특허법의 관점에서는 천연물에서 특정물질을 인위적으로 분리하는 방법이나, 자연적 메커니즘에서 유용한 용도를 찾아 응용하거나 조성물을 만드는 경우에는 방법 발명과 물건 발명에 해당한다. 인위적으로 조작한 효소를 이용한 유전자 편집(Genome editing with engineered nuclease)이 그 사례이다

9.2. 특허 청구범위 해석의 문제

미국 특허청과 판례는 특허 청구범위(claims)를 “명세서에 맞추어 가장 넓게 합리적으로 해석한다”(broadest reasonable interpretation)는 BRI 기준을 유지하고 있다. 미국 Phillips v. AWH Corp 사건의 판례에 따르면, 특허 청구범위는 출원서와 제출된 명세서의 언어만 기초로 하지 않고 그 분야에서 ‘통상의 지식을 가진 자’가 명세서를 살펴본다는 가정 하에 클레임을 가장 넓게 해석한다 [53]. 연방특허항소법원(CAFC)은 만일 특허 출원서에 하나의 실시 사례만을 기재했다면, 실제로 특허권의 청구범위도 그 실시 사례에 한정되어야 한다는 주장을 배척한 바 있다 [54]. 다시 말해, 기재된 문언에 얽매이지 아니하고 균등이론을 적용하여 특허청구범위를 넓게 해석한다.

그러므로 미국 특허청은 CRISPR –Cas9 관련한 특허 출원도 명세서의 언어를 뛰어넘어 청구범위를 가장 넓게 해석할 수 있다. 그렇지만, 수많은 CRISPR-Cas9 특허 발명이 경쟁적으로 출원되는 상황에서 특허청구범위를 가장 넓게 해석하는 실무는 특정 연구자에게 특허권을 몰아주고 상호저촉되는 권리 범위 부분을 밝히기 위한 분쟁을 야기하기 때문에 특허정책의 관점에서 바람직하지 않다. CRISPR-Cas9 기술과 관련한 특허 환경은 복잡하며 빠르게 변화하고 있다. 이런 특허 환경의 특성을 도외시하고 특정한 선출원 발명자에게 배타적 권리를 20년간이나 보장하여 시장 장악력을 키워준다면, 나머지 연구자들을 실시권자(licensee)로 전락시키는 불균형한 결과를 가져올 수 있다. 그림 2에 나타난 CRISPR-Cas9 원천 특허들은 소수의 엘리트 대학들과 연구기관에게 과도하게 편중되어 있다. 후발주자에 속하는 기업들이나 연구자들은 연구논문들을 생산하더라도, 많은 CRISPR-Cas9 특허권이 이미 선점되어 있어서 새로운 연구개발을 하려면 라이센스를 체결하거나, 허락을 얻어야만 한다.

9.3. 공공연구를 위한 CRISPR-Cas9의 비배타적 활용

막대한 개발비용과 변호사 비용을 지출하고 확보한 CRISPR 특허권들이 ‘특허 덤불(patent thicket)’을 형성하여 다른 연구자들의 혁신과 협업을 저해할 수 있다는 우려도 커지고 있다 [55]. CRISPR-Cas9 특허권자가 인간 유전질환 치료제 개발을 위해 실시권을 특정 업체에만 독점적으로 허여하면, 다른 연구자들은 CRISPR-Cas9 기술을 ‘플랫폼 기술(platform technology)’로 활용할 수 없게 된다. 그림 4로 돌아가 살펴보면, 붉은 직선은 CRISPR-Cas9 특허권자들이 유전질환 치료제와 치료제 개발에 특허를 독점적 사용할 수 있는 라이센스를 특정 회사들에만 실시료를 받고 부여했음을 보여준다.

대학과 연구소가 확보한 CRISPR-Cas9 특허 포트폴리오를 효과적으로 상용화하기 위해 대리회사를 세워서 아웃소싱하는 모델은 미국에서는 보편적인 방식이다. 그러나, 비록 대리회사들을 앞에 내세우고는 있지만, 특허권을 상용화하여 수익을 극대화하고자 대학과 연구기관들이 과도하게 골몰하는 모습은 ‘과학’의 가치를 손상시킬 위험이 있다. 예컨대, 치열한 경쟁이 펼쳐지는 연구 분야에 CRISPR-Cas9의 배타적 라이센싱을 설정하는 방식은 혁신을 가로막고 병목 현상을 야기할 수 있다. 특허권을 취득하기 위해 투자한 시간과 노력은 보상받아야 하지만, 다른 특허권자들이 UC 버클리대, 브로드연구소를 답습하여 상업화를 위해 저촉심사를 신청한다면 혼란은 커지게 된다. 가치 높은 CRISPR-Cas9 특허권이 극소수 엘리트 대학과 연구소에 집중된 나머지 기반기술의 산업적 발전이 그들의 손에 의해 통제되는 현실에 대하여는 비판의 목소리가 나오고 있다 [56]. 그 대안은 CRISPR 같은 플랫폼 기술은 연구도구(research tools)이므로 다른 연구자들도 비배타적으로 사용할 수 있도록 허용해야 바람직하다는 것이다. 유전자 편집 기술과 CRISPR 도구는 수년간의 기초 과학 연구와 수많은 연구자의 발전을 통해 현재 단계에 이르렀던 것이다 [58]. 그러나, 이런 제안이 수용되기에는 CRISPR-Cas9 특허권의 상업적 가치는 이미 글로벌 시장에서 폭발적 상승했고, 많은 바이오 벤쳐캐피탈(VC) 등 투자자들의 현실적 이해관계가 걸려 있다. 재조합 DNA 연구로 노벨 화학상을 수상했던 폴 버그(Paul Berg는 이런 현상을 정확히 짚었다. “수익이 되는 유전자는 과학연구를 지배하던 인센티브를 바꾸어 버렸다. 학계의 규칙은 출간하거나 사멸하거나(publish or perish)였다. 그런데 생화학자들에게는 특허와 이익(patent and profit)이라는 대안이 주어졌다” [59].

우리 특허법 제96조는 연구 또는 시험을 위한 실시에는 특허권의 효력이 미치지 않는다고 규정하고 있다. 미국 법원은 코몬로 판례법에 따라 시험목적 사용의 예외(experimental use exception)를 인정하므로, 특허 침해소송에서 벗어날 수 있다. 그러나, 미국에서는 이 예외가 특허법에 규정되어 있지는 않아서 법원이 사안별로 판단해야 한다 [57]. 연구용 시험 자체는 특허권자의 경제적 이익에 해를 끼칠 수 없으므로 라이센싱 계약을 맺거나, 특허권자에게 실시료를 지불할 필요도 없다. 그러나 그 연구 활동의 결과로 얻어진 새로운 물건 발명, 방법 발명을 출원하거나, 판매하려면, 실시상의 이용관계가 생겨나므로 특허권자의 허락을 얻어야만 한다. 만일 제3자가 동일한 물건을 만드는 방법 발명을 했다면, 그것은 이미 특허된 방법에 의하여 생산된 것으로 추정된다 [60]. 연구 또는 시험을 위한 실시는 특허권 침해에 해당되지 않지만 어느 정도의 CRISPR-Cas9 이용이 라이선스 체결이 없이도 실제로 허용될 수 있는가는 사안별로 판단해야 하므로 모호하다고 할 수 있다.

10. 맺으며: 특허 전쟁의 전망

유전자 편집에 사용되는 CRISPR-Cas9 시스템은 수익성이 높고 경쟁이 치열하다. 글로벌 CRISPR-Cas9 특허 전쟁에 뛰어든 대학교와 바이오 헬스기업들은 풍부한 자금을 확보하고 있으며 그 특허권의 활용가능성과 시장가치를 입증하기 위한 임상시험도 진행하고 있다. 연구팀과 업계와의 협력적 네트워크는 CRISPR의 상용화에 필수적이다. 요컨대, 글로벌 CRISPR-Cas9 특허 전쟁은 자금력, 독창적 연구역량, 특허 제도와 절차가 상이한 외국에서 소송을 효과적으로 수행하는 능력 등이 종합된 물량전이라고 할 수 있다. CRISPR-Cas9 저촉심사 두 번째, 세 번째 라운드의 법적 결론은 글로벌 CRISPR 라이센스 시장을 재편할 정도로 파급력을 가질 것이다. 저촉심사 세 번째 라운드의 초점은 인간 세포에서 기능되는 CRISPR-Cas9 유전자 편집 시스템을 과연 누구의 특허 청구항에 속한 권리로 인정할 것인가냐에 맞추어져 있다. 그림 4에서 설명했듯이 인체 유전 질환 치료제 개발에 사용되는 CRISPR 특허 발명은 가치가 높기 때문에 특허권자로서는 독점적 라이센스를 부여하고 실시료를 받을 수 있다.

UC 버클리대, 브로드연구소의 입장에서는 툴젠이 보유한 CRISPR-Cas9 특허가 저촉된다는 이유로 특허권을 상실시킬 수 있다면, CRISPR-Cas9 특허 라이센스 시장에서 자신들의 특허 가치를 크게 높일 수 있다. 툴젠을 상대로 저촉심사를 신청한 UC 버클리대, 브로드연구소는 많은 CRISPR-Cas9 특허 포트폴리오를 확보해두고 있고, 전문가 증인들, 연구논문의 축적 등에서 우월한 위치에 있다. 특허권자가 유럽, 중국, 미국 등 주요 거점에서 특허 포트폴리오를 구축하고 유지하는 비용은 상당하다. PCT 국제출원에는 많은 비용이 들지 않지만 만일 침해소송이 걸리면 변호사, 변리사, 기술전문가 등이 동원되어야 한다. 또한, 외국 특허청에 출원된 발명이 거절 결정을 받는다면, 소송 대리인을 통해 그 국가의 특허법에 따라 불복심판을 하거나 신규성과 진보성을 입증해야 한다.

지난 5년 동안은 글로벌 CRISPR-Cas9 특허 전쟁에는 UC 버클리대, 브로드연구소, 툴젠이 주요 행위자로 참여하는 법적 공방이 진행되었으나 2라운드, 3라운드 저촉심사가 마무리되면, 그림 2에 열거된 주요한 연구기관이나 기업들을 상대로 새로운 법적 분쟁이 시작될 수 있다. [61]. 어떤 CRISPR-Cas9 특허 발명의 시장가치가 압도적으로 크다면, 특허 분쟁은 미국 또는 유럽 특허청에만 국한되지 않고 다른 국가들로도 확대될 수 있다. 주요 국가들에서 자신의 CRISPR-Cas9 특허권이 등록되도록 거절 결정에 불복심판을 거치거나, 유사한 특허 발명을 상대로 무효심판을 청구할 가능성도 크다. 예컨대 브로드연구소는 미국 특허청에서는 등록된 CRISPR 발명이 일본 특허청(JPO)에서 신규성 위반으로 거절 결정을 받자 일본 지적재산권 법원에 소송을 제기하여 승소하였다. 특허 라이센싱 비즈니스에 악영향이 갈 것을 우려하여 신속하게 대응에 나섰던 것이다 [62]. 그렇지만, 발명자가 동일한 특허 발명을 출원해도 유럽 특허청이나 중국 지식재산권 법원의 판단은 반드시 미국 특허청이나 연방순회항소법원과 동일하지는 않을 수 있기 때문에 불확실성은 커지게 된다. 더 높은 효율성을 갖추고 표적 이탈 위험도를 낮춘 혁신적 유전자 교정 기술이 등장하여 CRISPR-Cas9을 대체한다면 특허 분쟁의 초점은 신기술로 옮겨가게 될 것이다.

11. 참고문헌

==>첨부파일(PDF) 참조

 

 

 
저자 최은창 (MIT 테크놀로지리뷰 코리아, eunchang.choi@aya.yale.edu)
MIT 테크놀로지 리뷰 코리아 편집위원이다. 서울대학교 법과대학에서 석사, 박사과정을 수료하였고 옥스포드 법대 사회적 법학 연구센터(Center for Socio-Legal Studies)에서 방문학자로 연구하였다. 예일대 로스쿨을 졸업하였으며 Yale Journal of Law and Technology 편집자. 예일대 정보사회 프로젝트(Yale ISP) 펠로우, 과학기술정책연구원(STEPI) 펠로우를 역임하였다. 연구분야는 지적재산권법, 미국 특허법, STS, 과학기술과 법, 인공지능 거버넌스 등이다.

 

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최은창(2021). CRISPR-Cas9 특허 전쟁의 전개와 분자생물학 연구에 주는 시사점. BRIC View 2021-T27. Available from https://www.ibric.org/myboard/read.php?Board=report&id=3843 (Aug 03, 2021)
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