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[초심자를 위한 생물학+정보학] 리눅스에서 사용할 수 있는 논문 작성 도구 2 (LaTeX과 Mendeley 등) - 51
생명과학 고주온 (2019-01-24)

_51_
- 리눅스에서 사용할 수 있는 논문 작성 도구 2 (LaTeX과 Mendeley 등) -

잘 아는 바와 같이 문서나 논문의 작성을 위해 사용하는 도구로 워드 프로세서 (word processor)로 불리는 문서 작성기를 사용한다. 최근에 많은 부분이 자동화되기는 했어도, 사용자가 필요할 때마다 원하는 위치에서 글꼴이나 서식을 바꾸어 가며 작성하는 방식이 주를 이룬다. 이와 달리, 지금부터 소개하는 LaTeX은 문서 작성기라기 보다는 일종의 조판 시스템에 더 가깝다고 볼 수 있다.

이해를 돕기 위해 간단한 예를 먼저 보고, 그 내용에 대해서 좀 더 알아 보자.
 

upload_image

위의 pdf를 생성하기 위한 18줄의 텍스트 본문 (microdoc.tex)은 다음과 같다.

======
\documentclass{article}
\usepackage{kotex}
\usepackage{natbib}
\begin{document}
\title{마이크로 \LaTeX}
\author{지은이}
\maketitle
\section{첫 장}
마이크로 ($\mu$) \LaTeX 의 첫 장\footnote{첫 장의 각주.}입니다.
\section{다음 장}
두번째이자 마지막 장입니다.

아미노산으로 이루어진 단백질의 대표적인 구조로는 $\alpha$-helix와 $\beta$-sheets가 있습니다 \citep{Pauling1951}.

본 문장에서 이것은 DNA 구조와 관련된 첫번째 참고 문헌의 예시이고 \citep{Watson1953}, 또 다른 이것은 두번째 참고 문헌의 예입니다 \citep{Watson1953a}.
\bibliography{microdoc}
\bibliographystyle{bioinformatics}
\end{document}
======

이 TeX 문서 내용에서 일반 텍스트 문서와 비교해서 특이한 점은 {} 등으로 이루어진 명령 구문과 $ 등의 기호들이다. 또한 문서의 구조를 보면, pdf로 보여지는  출력 내용 외에 microdoc, bioinformatics 등의 사항들도 있는데, 이들은 본문에서 참조한 파일들이다. 즉, 위의 문서에서 사용된 파일은 다음과 같이 위의 microdoc.tex을 포함한 3 개가 전부이다.

------
microdoc.tex
bioinformatics.bst
microdoc.bib
------

이들 세 문서는 모두 텍스트 파일이며, 그 내용은 다음과 같다.

- microdoc.tex: 편집에 사용되는 TeX 문서
- bioinformatics.bst: 참고문헌 형식 지정 파일 (bibliography style)
- microdoc.bib: TeX 문서에서 사용하는 참고문헌 자료 파일

즉, LaTeX에서는 텍스트 문서에 특정 표식 (\citep{}, \footnote{}, \bibliography{} 등)을 사용하여 제반 형식을 지정하거나 해당 문서 외부의 자료 파일을 참조하여 그 내용을 표시하는 방식으로 문서를 출력한다. 동일한 작동 방식은 아니지만, HTML (hypertext mark-up language)을 떠올려 보면 좀 더 이해하기 쉬울 것이다. 다만, HTML에서 브라우저가 하는 역할을 TeX에서는 LaTeX 컴파일러가 하는 것으로 미루어 생각하면 이해하기 쉬울 듯하다. 참고로, 참고 문헌 목록을 TeX 문서에 직접 입력하는 방식으로 작업한다면, .bst.bib의 두 파일도 필요 없다.

이렇게 텍스트 파일로부터 dvi1 및 pdf 파일을 생성하는 LaTeX의 작동 방식을 간단히 요약하여 그림으로 표현해 본다면 다음과 같다.

upload_image

즉, 편집을 마친 텍스트인 .tex 파일을 latex (필요시, bibtex)을 이용하여 .dvi를 생성하고, 이를 xdvi를 통하여 화면으로 확인하거나, dvips (.ps 파일) 또는 pdflatex (dvipdf, ps2pdf 등. .pdf 파일) 등을 사용하여 포스트스크립트 (postscript, .ps)나 PDF 파일을 생성하여 인쇄할 수 있다. 이는 기본적으로 리눅스에서 작동하는 방식이며, 윈도우에서도 세부적인 도구들만 조금씩 다를 뿐 동작은 거의 유사하다.

최근에는 온라인 상에서 LaTeX 문서를 작성할 수 있는 도구들도 개발되어 있다. 대표적인 것들로는 ShareLaTeX과 Overleaf 등이 있는데, 큰 차이는 없으며 협업 등의 공동 작업 환경과 유료 사용 시 비용의 차이 등이 다른 정도이다. 이들 온라인 LaTeX 편집 도구들은 개인 컴퓨터에 LaTeX 환경을 설치할 필요 없이 웹 브라우저를 사용하여 편집 및 문서 생성 작업을 수행할 수 있는 것과 동시에 여러 사용자가 협업할 수 있는 기능이 가장 큰 장점이라고 볼 수 있다. 또한, LaTeX의 기본적인 패키지와 각종 학술 잡지의 서식 및 제출 기능 등이 탑재되어 있어 편리한 여러 기능을 활용하기가 용이한 측면이 있다.

원래 TeX은 1978년에 저명한 컴퓨터 과학자이자 수학자인 도널드 커누스 (Donald Knuth)에 의해 개발된 문서 인쇄용 언어로서 메타글꼴 (metafont)를 이용한 일종의 조판 시스템 (typesetting system)이며, 원래 수학적 표현의 용이성과 문서의 논리적 구성에 좀더 집중할 수 있는 도구로 개발되었다. 이후, 레슬리 램포트 (Leslie Lamport)가 TeX에 여러 가지 편의 도구를 추가한 패키지 형태의 LaTeX (Lamport TeX)을 발표하면서 현재에 이르렀다. 따라서, LaTeX 자체의 기능만으로도 도표를 작성할 수 있다2. 또한, 다양한 형식의 그림 파일3은 물론, 필요하다면 GNUPlot 출력물을 직접 도입할 수도 있다.

이처럼 원래의 개발 취지가 우리가 잘 알고 있는 일반 문서 작성기 (word processor)와 다르기 때문에 이미 기존의 문서 작성기에 익숙해져 있는 사용자에게는 매우 낯설고 어렵게 느껴지는 것이 어쩌면 당연하다고 하겠다. 일반 문서 작성기의 대표적 특성인 WYSIWYG (what you see is what you get)와 동떨어져 있지만, 이는 문서의 논리적 구조를 중시하는 철학 때문으로 이해하면 되겠다.

LaTeX을 주분투 (우분투) 리눅스에서 사용하려면 셸 프롬프트에서 아래와 같이 명령어를 입력하면 된다.

------
($ sudo apt-get update)
$ sudo apt-get install texlive-full
------

위의 명령으로 LaTeX의 기본 도구들의 설치가 끝난다. 이후, 사용자의 필요에 따라 폰트와 패키지들을 추가로 설치하여 사용한다.

리눅스에서 LaTeX을 원활하게 사용하려면, vi나 Emacs와 같은 편집 도구를 사용해도 되지만, 아무래도 소프트웨어의 통합 개발 환경 (Integrated Development Environment, IDE)과 같은 도구가 있는 게 도움이 된다. 이를 위해서 리눅스뿐만 아니라 MS-Windows에서도 사용할 수 있는 TeXstudio4를 한 번 사용해 보는 것도 좋겠다. 물론, TeXstudio외에도 TeXworks, Texmaker 등의 유사한 도구들도 있다.

지난 연재에서 언급한 LibreOffice Writer와 Zotero의 조합처럼, 리눅스에서 LaTeX과 함께 사용할 수 있는 참고 문헌 관리 도구로는 Mendeley를 추천한다. Zotero도 LaTeX에 사용할 수 있지만, LaTeX 문서에서 이용할 인용 인덱스 활용에 있어서 Mendeley가 다루기 편한 측면이 있다. 그러나, 이는 사용자에 따라 다를 수 있으므로 직접 사용해 보고 판단하는 것이 좋겠다. 참고로, 이 두 가지 서지 관리 도구들은 MS-Windows에서도 상당히 유용하다.

 

Mendeley를 이용하기 위해 설치의 한 예를 들어 보면 다음과 같다.

------
1) apt-get 명령을 사용하여 'Mendeley Desktop'을 설치한다5.
2) 'Whisker menu'에서 'Mendeley Desktop'을 실행한다6.
3) 'Mendeley Desktop' 메뉴의 'Tools' 항목에서 'Install Web Importer'를 선택한다.
4) 해당 Mendeley 페이지에서 웹 브라우저의 Mendeley extension 설치 항목을 선택한다.
5) 이후 사용하는 웹 브라우저에서 확장 프로그램을 설치하여 사용한다.
------

주분투 리눅스에서 'Mendeley Desktop' 설치 명령은 다음과 같다.

------
$ sudo apt-get install mendeleydesktop
------

이후, 'Whisker menu'의 '교육' 항목에서 'Mendeley Desktop'을 실행하면 해당 도구를 사용할 수 있다.

이번 연재에서는 더 상세한 사용법은 생략하기로 한다. 혹시 기회가 된다면 다른 기회에 더 알아 볼 수도 있겠다. 그래도 혹시 더욱 자세한 내용을 알고 싶다면, '한글 TEX사용자 그룹7'과 '한국텍학회8'를 참조하기 바란다.



----------------------------------------------------
1 DeVice Independent file format
2 https://en.wikibooks.org/wiki/LaTeX/Picture 를 참고하면 도움이 될 것이다.
3 .png, .jpg, .eps, .pdf 등
4 https://texstudio.org/
5 $ sudo apt-get install mendeleydesktop
6 'Whisker menu'의 '교육' 항목에서 'Mendeley Desktop'을 선택한다.
7 http://www.ktug.org/
8 http://www.ktug.org/xe/KTS


- 고주온박사(필명)의 "초심자를 위한 생물학+정보학"은 아래 PDF 다운 받으셔서 읽는 것도 가능합니다. -

파일첨부 1: 51_Linauth2.pdf (665 KB)
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고주온(필명)
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