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[초심자를 위한 생물학+정보학] 리눅스에서 사용할 수 있는 논문 작성 도구 (LibreOffice Writer와 Zotero 등) - 50
생명과학 고주온 (2018-06-26)

_50_
- 리눅스에서 사용할 수 있는 논문 작성 도구 (LibreOffice Writer와 Zotero 등) -

연구하는 사람에게 연구 활동의 성과라고 할 수 있는 결과물은 결국 논문이라고 볼 수 있다. 그런데, 자료의 수집·분석과 그 결과에 대한 논문 작성을 각각 다른 컴퓨터에서 한다면 그만큼 비효율적인 것도 없을 것이다. 이번 연재에서는 리눅스에서 논문 작성에 활용할 수 있는 도구들을 몇 가지만 소개할까 한다. 이미 잘 알고 사용하고 있는 독자들도 많이 있겠지만, 본 연재는 초심자를 위한 것이니만큼 이해를 구한다.

논문 출판을 위해서는 일반적으로 해당 학술 잡지를 출판하는 출판사의 투고 시스템에 원고를 제출한다. 이때, 대부분의 경우 일정한 형식에 맞추어 전자 문서 형태로 투고하게 되는데, 예컨대 국제 학회 'International Society for Computational Biology (ISCB)'의 공식 학술지인 PLOS (Public Library of Science)의 'PLOS Computational Biology'1와 역시 동 학회의 공식 학술지로서 영국 옥스포드 대학 출판부에서 발행하는 'Bioinformatics'2를 보자. 이들 학술 잡지는 모두 크게 2 가지 형식으로 제출받는데, 그것은 미국 마이크로소프트의 MS-Word 포맷인 .docx (MS-Word document XML)와 LaTeX (레이텍)3 문서이다. 이 가운데 LaTeX은 많은 독자들에게 생소할 텐데, 이에 대해서는 다음 번 연재에서 알아 보기로 하자. 많은 학술 잡지가 이처럼 문서 작성기 및 형식에 관련된 사항을 권고하고는 있으나, 이들은 대부분 초기에 PDF (Portable Document Format)로 변환되어 이후 작업에 사용된다. 아예 처음 투고할 때부터 제출본을 PDF로 요구하는 학술 잡지도 있다4.

일반적으로 논문을 작성하고 편집할 경우, 주어지는 형식5에 맞추어 전자 문서를 작성하고 제출하기 위해서 문서 작성기를 사용한다. 이때, 잘 아는 바와 같이 논문에는 반드시 참고 문헌 (reference)이 들어 가게 되는데, 논문 작성 시에 이들을 관리하는 것이 상당히 어려운 일이다. 그래서 사용하게 되는 도구가 서지 관리 프로그램인데, MS-Word를 사용하는 경우에는 대체로 EndNote나 웹 기반의 RefWorks를 이용한다. 그러나, 이들 도구들은 상용으로서, 사용자가 소속된 학교나 기관에서 제공해 주지 않으면 개인적으로 이용하는 데에는 사용료 납부 등의 제약이 따른다. 최근에 사용자가 많이 늘고 있는 서지 관리 도구에는 Mendeley6와 Zotero7가 있는데, 이들은 개인이 사용하는데 별다른 제약이 없을 뿐만 아니라, 다양한 기능을 제공하면서도 MS-Windows뿐만 아니라 리눅스에서 사용할 수 있다는 점이 매력적이라고 할 수 있다.

서지 관리 도구는 대개 다음과 같은 기능이 필요한데, 전술한 두 프로그램들 (Mendeley와 Zotero)은 컴퓨터에 설치하여 사용하는 독립형 프로그램 (stand-alone)에 이들 대부분의 기능을 갖추고 있다 (표 1).


이렇게 다양한 기능을 잘 활용하면, 논문이나 보고서 작성에 필요한 참고 문헌의 인터넷 검색은 물론 편집 과정 중의 삽입과 삭제 등의 작업에 대하여 자동으로 정렬되고 관리할 수 있어, 사용자는 논문의 내용과 작성에만 집중할 수 있게 된다. 다만, 리눅스의 경우에는 MS-Word 대신에 리브레오피스 라이터 (LibreOffice Writer, LO-Writer)를 사용하여야 하므로 이에 대한 고려가 필요하다.

LO-Writer는 기본적인 문서 형식으로 open document format (ODF)의 하나인 .odt (open document text)를 사용하지만, MS-Word의 .docx와 .doc (MS-Word document)는 물론, .rtf (Rich Text Format)와 .uot (Uniform Office format Text)까지도 지원한다. 따라서, .docx 문서를 다루는 데에 있어서 별다른 문제가 없다.

LO-Writer는 대부분의 데스크탑용 리눅스에 기본적으로 설치되며, Zotero는 LO-Writer에서 사용할 수 있는 플러그인을 제공한다. Mendeley도 LO-Writer 플러그인을 제공하는 것으로 알려져 있는데, 실제 사용해 보면, 판 (version) 별 호환성 등의 문제로 아직은 그리 안정적이지는 않다. 따라서, LO-Writer를 사용할 경우에는 서지 관리 도구로 Zotero를 이용하는 것이 나아 보인다. 또한, 원고의 문서화 작업을 모두 마친 후에는, 투고하기 전에 문서 작성기 본문의 서지 정보 관리를 위해 유지했던 서지 관리 도구와의 전자적 연결 정보 (link)를 해제한 다음에 원고를 제출하므로 이 과정에서 혹시라도 있을 수 있는 호환성 문제도 줄어들게 된다. 이 과정을 간단히 요약하면 다음과 같다8.



물론, 원고 제출본을 PDF 형식으로 요구하는 출판사도 적지 않다. 이때에는 LO-Writer에 내장되어 있는 '파일(F)'의 '내보내기(T)' 기능에서 PDF 형식으로 출력하면 된다. 참고로 Zotero (stand-alone)의 설치는 해당 웹 사이트에서 확인할 수 있으며, 간단하게 소개하면 다음과 같다9.




이제, LO-Writer에서 Zotero를 사용하면 된다. 혹시라도 실행에 문제가 있는 경우에는 Zotero 관련 파일과 디렉터리의 소유권을 확인한다. 참고로, Zotero는 인용 형식 언어 (Citation Style Language, CSL)를 사용하며, Zotero의 형식 저장소12에 가면 9,000 가지가 넘는 참고 문헌 인용 양식을 이용할 수 있다. 필요에 따라서는 사용자 본인이 CSL에 맞게 인용 방식을 새로 만들어 사용할 수도 있다. 따라서, 거의 대부분의 학술 잡지에서 요구하는 참고 문헌의 형식을 제공하므로 저자는 논문의 작성에만 집중할 수 있다.

덧붙이자면, LO-Writer의 메뉴 막대에 나타나는 Zotero 도구막대에서 왼쪽 아이콘부터 그 기능은 다음과 같다.




다음 회차에는 LaTeX에 대해서 간단하게 알아 보기로 하자.


----------------------------------------------------
1 http://journals.plos.org/ploscompbiol/
2 https://academic.oup.com/bioinformatics/
3 LaTeX의 TeX는 원래 영문자가 아니라 기술이라는 뜻의 그리스어의 약어이다. 따라서 마지막 문자인 X는 그리스 문자 '키 (또는 카이, χ)'에 해당하므로 TeX은 '텍'으로 읽는 것이 옳다.
4 LibreOffice Writer와 LaTeX은 PDF 형식의 문서를 최종 결과물로 출력할 수 있다.
최근에는 특정한 형식을 요구하지 않는 추세 (format-free)이다.
5 https://academic.oup.com/bioinformatics/pages/instructions_for_authors
6 https://www.mendeley.com/
7 https://www.zotero.org/
8 본 연재도 이런 방식으로 작성하고 있다.
9 이외에도 리눅스의 프로그램 운용 방식에 익숙한 사용자는 검증된 개인 꾸러미 저장소 (Personal Package Archive, PPA)를 이용하면 더 용이하게 설치하여 사용할 수 있다.
10 https://www.zotero.org/download
11 64-bit 또는 32-bit의 선택이 필요하다.
12 https://www.zotero.org/styles


- 고주온박사(필명)의 "초심자를 위한 생물학+정보학"은 아래 PDF 다운 받으셔서 읽는 것도 가능합니다. -

파일첨부 1: 50_Linauth1.pdf (507 KB)
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고주온(필명)
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