소리마당 학술
변이와 다형성
SeeBlue (과기인)
저는 아래 링크의 다른 글에서 Givethanks님이 잘못 이해하고 계신 변이와 다형성에 대해 정정해드리고자 댓글을 단 적이 있습니다.
https://www.ibric.org/myboard/read.php?Board=isori&id=97271&Page=1
제 댓글이 달린 후 Givethanks님과 Black bear님 혹은 께서 또 댓글을 다셨는데 이에 대해 반박해보고자 합니다. (맨 밑에 제가 언급한 이 분들의 댓글을 남깁니다.)
참고로 저는 geneticist라고 말은 못 하겠습니다만 (물론 유전학 수업은 들었지요.) 학위때는 translational research를 했고 현재는 미국에서 basic cell biology field에서 일하고 있습니다. 그러므로 제 견해에 이의가 있으시거나 유전학적으로 더 깊게 설명해주시고 싶으시면 그 의견 감사히 받겠습니다.
Polymorphism이라는 용어를 그대로 인용하는 것은 어렵지 않다고 하셨는데, 이것은 인용한 것이 아니라 당연히 써야하는 용어입니다. Glu298Asp는 point mutation의 산물이라고 하셨는데 이 무슨 말씀입니까? 해당 SNP는인 rs1799983입니다. Allele frequency를 NCBI dbSNP에서 보면 5008개의 global sample에서는 T가 17.6%, G가 82.4%이군요. 1008개의 동아시아 population에서는 T가 13%, G가 87%로 나타나네요 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs1799983#frequency_tab). 단국대 논문에서 54명의 normal sample에서 T가 10.2%, G가 89.8%입니다. 어떤 분들은 고2가 한 실험을 믿을 수 있겠느냐고 하지만 previous report와 유사한 수치가 나옴을 확인할 수 있습니다. 그럼에도 못 믿겠다고 하신다면 할 수 없지요. 결과적으로 minor allele인 T도 상당히 높은 frequency로 나타납니다. 이를 어떻게 변이라고 할 수 있습니까? SNP의 definition을 유전학 책에서 찾아보았더니 population의 1% 이상에서 상이한 nucleotide가 관찰된 경우 SNP로 정의한다는데 이것이 어떻게 mutation입니까?
그리고 Black bear님의 경우 minor allele이 17.6%의 frequency를 유지하고 있다는 것 자체가 natural selection과 전혀 무방하다는 것을 의미한다고 볼 수 있겠지요? 그리고 단국대 논문에서의 밝혀낸 상관관계정도로 HIE 혹은 PPHN의 pathogenesis를 설명할 수 있다고 보십니까? 그랬다면 이 논문 Nature나 Nature Genetics 가야지요. 넘쳐나는 genetics data들 중에서 이 정도 p-value로 다 disease mutation으로 인정받습니까? 알츠하이머 병에서 요즘 주목받고 있고 high impact 저널이 쏟아져 나오는 TREM2 Arg47His는 이것보다 frequency가 훨씬 낮아도 아직도 variant라고 합니다. 제가 보니 Givethanks님은 PI는 아니신 것 같지만 Black bear님은 항상 소개하기로는 미국 의대 교수인 PhD로 이야기하시는 그런 기초의학 혹은 중개연구하시는 분이신 것 같은데 제 설명은 충분히 이해하시지요?
제가 굳이 많고 많으신 브릭의 번데기 분들 앞에서 주름을 잡자면 SNP로 대변되는 variant와 mutation은 큰 차이가 있습니다. 다형성은 viability 그리고 fertility에는 tolerable합니다. 하지만 특정 상황 (예를 들어 환경적 요인)에서는 major allele과 minor allele이 보이는 반응이 다를 수 있으며 이것이 disease susceptibility에 영향을 줄 수 있습니다. 많은 aging-related disease에서 질병관련 SNP 연구가 활발하게 이루어지는 것은 이 때문입니다. 노화 과정 중 누적된 major allele과 minor allele의 차이가 질병 발달에 영향을 줄 수 있죠. 하지만 항상 그런 것은 아닙니다. eNOS rs1799983은 10% 이상의 우리 국민들이 가지고 있을 겁니다. 하지만 그들 모두가 HIE를 겪습니까? 아니죠. 이것이 mutation과의 차이점입니다. 제 설명에서 terminology같은 부분에서 설명이 부족할 수 있습니다. 위에서 말씀드렸다시피 이 분야에서 저는 주름잡기에는 부족합니다. 하지만 Givethanks님 표현을 따라 "과기인이라는데 이걸 모르는 분도 계시나봅니다?" 이런 식으로 비난하지는 않습니다. Givethanks님은 이보다 더 harsh한 review도 받으셨다는데 저 표현 이상으로 비난을 합니까? review에서 인간적으로 비난을 한다면 그것은 저자가 editor에게 보고하고 해당 reviewer에게 징계를 줄 수도 있는 사항입니다. 그렇게 대응하실 정도의 review를 받으셨습니까?
Givethanks(과기인) (2019-08-29 10:05)
polymorphism이란 용어를 본 논문에서 사용해서 그대로 인용하는건 어렵지 않습니다. 하지만, 제가 알고 제 분야로 보기엔 Glu298Asp와 같은 경우 point mutation의 산물로 봅니다. 뭐 의학적으로 polymorphism이 더 정확한 용어일 수 있겠지요.
그리고 저는 peer review를 더 harsh하게 받는 경우도 많이 봐왔습니다. 물론 결론은 reject이겠죠.
브릭에서는 고수분들이 많다는건 당연히 인정합니다. 하지만, 본문에 말씀드린대로 상대적 박탈감을 느끼는 분들도 많다는점, 그리고 연구 윤리 문제가 고쳐져야 한다는 점에서 동의하지 않으신다면, 솔직히 저도 할 말이 없네요.
p.s. 참... 환자 수를 잘못 적었습니다. 님 말씀이 정확합니다. 어쩌면 저도 가짜뉴스 전파를 한건지도...
Givethanks | 2019.08.26
과기인이라는데, 이걸 모르는 분들도 계시나봅니다. 솔직히 전 굉장히 심각한 문제라고 봅니다.
Black bear(과기인) (2019-08-29 07:22)
Polymorphism의 경우 mutation이 natural selection에서도 advantage나 disadvantage가 없어 population에 유지 되어야 하는데, genotyping에서 나온 결과에 의하면 Glu298Asp이 HIE병을, T786C이 PPHN병을 이르킬 상관관계를 주장하는데 과연 eNOS ploymorphism이라할 수 있을지 소아과의사님들의 고견을 구합니다.
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