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[학술] RNA-seq FPKM값으로 DEG분석
회원작성글 다리미쿠쿠
  (2019-07-20 19:38)
R을 통한 Rna seq 데이터분석을 연습하고 있는 학부생입니다.

Ncbi geo 라는 db에서 연구자분들이 올려주신 raw data로 DEG분석을 하고 있는데요.

R에서 deg분석을 하는 패키지는 여러개가있지만 그중에서 DEseq2라는 패키지를 통해 분석을 하고있습니다.

그런대 몇몇 geo에 올라오는 data를 보니 DESeq2의 input으로 들어갈수없는 FPKM값으로 올라오는 게이터들이 간혹있었습니다.

혹시이 경우에는 다른 패키지를 통해 분석이 가능한지 찾아보았는대 edgR-limma 모두 raw count를 input으로 요구하는 패키지들밖에 없었습니다

제가 제대로 이해한것이 맞는지는모르겟으나 구글에서 찾아본결과 가장좋은방법은 bam?파일에서 부터 raw count값을 계산하는것이 가장 정확하다 적혀있었습니다.

Geo에 올라오는 데이터경우에는 fastq, bam파일을 제공하지않고 fpkm값만 제공하고있는데 이경우에는 혹시 deg분석이 불가능한지궁금합니다ㅜㅜ






태그  #Rna seq데이터분석
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  댓글 2  
회원작성글 노인과바다  (2019-07-21 14:54)
1
FPKM 값이면 Limma package를 쓰시면 됩니다. Limma는 microarray 때부터 쓰이던 패키지라 굳이 input이 정수형태일 필요는 없습니다.
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회원작성글 RSNO  (2019-07-31 13:00)
2
최근에는 (여러 그룹 비교시) multiple comaprison t-test 후 BH로 보정해주는 방법도 사용하기도 합니다. read-count, FPKM, TPM 어떤 input 데이터로 분석을 하는 것이 가장 좋냐로 많이 분석이 되고 발표가 되었습니다만 결론은 일정 이상 발현을 했다면 어떤 input을 썼던 거의 비슷하게 detection 합니다. 다만 발현량이 굉장히 작은 것들은 오차가 많이 날수 있습니다. 그리고 최근엔 RNA-seq과 같은 NGS가 대중화 되어 있다보니 분석도 중요하지만 detection 된 것이 얼마나 정확히 validation 됐는지 보는 추세입니다.
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