최근에는 (여러 그룹 비교시) multiple comaprison t-test 후 BH로 보정해주는 방법도 사용하기도 합니다. read-count, FPKM, TPM 어떤 input 데이터로 분석을 하는 것이 가장 좋냐로 많이 분석이 되고 발표가 되었습니다만 결론은 일정 이상 발현을 했다면 어떤 input을 썼던 거의 비슷하게 detection 합니다. 다만 발현량이 굉장히 작은 것들은 오차가 많이 날수 있습니다. 그리고 최근엔 RNA-seq과 같은 NGS가 대중화 되어 있다보니 분석도 중요하지만 detection 된 것이 얼마나 정확히 validation 됐는지 보는 추세입니다.
