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[별별소리] Galaxy-web으로 데이터 분석해도 되나요?
Bio초보
  (2019-05-22 00:24)
 

안녕하세요, wet lab에서 연구 중인 석사과정생 입니다.

제가 쓰고있는 컴퓨터가 사양이 좋지가 않고 바이오 데이터를 다뤄본 적이 없어서

지도교수님께서 NGS데이터를 주시면서 분석을 해보라고 하셔서 Galaxy web tool을 사용하고자 합니다.

논문 데이터라는 것이 publish 나 SRA같은 곳에 업로드 하기 전에는 아무래도 기밀성이 보장되어야 할 것 같은데 Galaxy web tool에 제가 가진 NGS 데이터들을 업로드해도 문제가 없나요?

추가로, Galaxy에 보니 매우 다양한 tool들이 존재해서 유용할 것 같던데 Galaxy를 이용해서 나온 데이터를 해석해서 논문에 투고해도 문제가 없을까요?

보통 리눅스나 개인용 서버 컴퓨터에 standalone 프로그램을 깔아서 하시는 건지..

아니면 Galaxy web에서 분석한 것을 '무슨 프로그램을 썼다' 라고 Material method에 적어도 문제될 것이 없나요?

알려주시면 감사하겠습니다.



태그  #생물정보학   #NGS   #Galaxy
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  댓글 1  
회원작성글 pest  (2019-05-22 22:29)
1
Galaxy web으로 분석을 해도 되긴 하지만 저는 비추하는 편입니다.

일단 large scale NGS 데이터 분석하기도 어렵고요.. 실제 써 보면 한계가 좀 있습니다. 안 되는 것들이 좀 있을 겁니다..

해당하는 프로그램을 하나씩 stand-alone으로 다운 받아서 쓰는 게 처음에는 번거로운 것 같아도 나중에 돌아보면 오히려 더 효율적일 수 있습니다.
현재 쓰는 데스크탑 사양이 안 좋으면 클러스터나 클라우드를 쓰시면 됩니다.
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