[학술] (도와주세요!!ㅠㅠ) 세균 분리동정 후 일반PCR VS 프랩 DNA 추출 후 RT-PCR
미생물분리동정(과기인)
(2023-03-20 09:21)
기업연구소 다니는 회사원입니다.
병성감정 일 하고 있고요.
Pcr하다 궁금한 게 있어 글 남겨봅니다.
폐사한 동물의 폐 3점이 가검물로 들어왔습니다.
저는 세균분리동정이 업무이고 의심된 병원균 콜로니가 관찰되어 pure culture후 일반 pcr 해보니 양성이 나왔습니다. (2번째 폐에서)
근데 타 팀에서는 프랩 후 dna 추출하여 RT PCR로 진행 시 음성이 나오더라고요.
(여기서 중요한 점, 세균배양은 폐 3점을 각각 진행했지만 RT-PCR한 경우는 3점의 폐 모두 섞어서 진행했음)
기본적으로 RT PCR이 일반PCR보다 감수성이 높은걸로 알고있습니다. 재검도 해봤습니다. DNA를 이용하여 일반PCR 해보니 희미하지만 양성밴드가 뜬 걸 확인했습니다.
RT-PCR 재검도 해보니 결과는 똑같았습니다. 제 샘플은 양성, DNA는 음성.... 어렵네요. 이 결과를 어떻게 해석해야하고 이런 경우가 발생할 수 있는건지 말입니다.
real-time PCR에서 몇 싸이클 이하는 음성으로 한다 라는 기준이 있는지요?
real-time PCR에서 45싸이클 이상 보통 최대로 가나, 예를들어 어떠한 기준에 의해
35사이클 이하는 음성으로 한다 라는 기준이 있다면
결과 자체는 음성으로 할수 있지 않을까 합니다.
일반 band 로보는 PCR은 몇싸이클까지 돌리신것인지요?
그리고 같은 회사인데 프라이머 셋이 비공개인것은 의아한것같습니다.
또 다른 생각은 real time PCR 팀에 RNA qulity 결과가 궁금해지기도 합니다.
글쓴이 께서는 콜로니 확인도 하고 밴드도 확인하신거라 2개 결과로 검증이 되었으나
real time 팀에서 RNA qulity 와 primer set의 정보가 있어야 할것같습니다.
제가 실험실에서 그러한 결과를 얻었다면
real time 팀에서 사용한 primer를 사용하여 일반 PCR을 해봤을 것같습니다.
아니면 제가 가지고 있는 물만 또는 시약들만 가지고 PCR을 하여 오염이 되었는지 보았을것같습니다.
