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[학술] KO mouse 없이 inhibitor 만으로 gene function에 대한 연구를 하는 게 타당한가요?
회원작성글 크리스12(대학원생)
  (2023-01-10 15:12)

안녕하세요.. 석사 4기를 모두 마치고도 데이터가 없어 졸업을 못한 석사생입니다.

석사 3기동안 하던 프로젝트가 실패했고

석사 마지막 학기 (4기)를 시작하던 작년 9월에 새로운 프로젝트를 받아서 5개월째 연구 수행 중입니다.

 

특정 transcription factor가 dendritic cell의 분화에 필수적인 기능을 한다는 가설을 가지고 연구하고 있는데요..

KO mouse가 없어서 해당 transcription factor의 inhibitor를 in vitro culture에 처리하고 있습니다.

inhibitor의 dose kinetics를 수 없이 진행했지만

제가 원하는 결과 (dendritic cell 감소)가 나올 정도의 dose를 쓰면 cell viability가 너무 낮고,

cell viability가 ctrl만큼 될 정도의 낮은 dose를 쓰면 제가 원하는 effect가 아주 미미합니다.

mouse마다 variation도 크고요..

 

5개월 넘게 마음만 급한 상태로 흔들리는 in vitro culture 결과만 쌓고 있는데

문득, 이런 방식의 연구가 애초에 타당한지가 걱정되기 시작했습니다.

inhibitor만으로 해당 transcription factor의 기능에 대한 study를 하는 논문을 본 적이 없거든요..

 

타당한 연구인지도 확신이 없을 뿐더러

현실적으로도 inhibitor 자체의 toxicity 때문에 desired effect와 viability를 동시에 충족할 수 없어서

연구가 너무 제한됩니다.. 

 

학술 질문으로 시작해서 별별소리가 되어가는군요 ..

 

논문제출자격시험도 통과하고, 논자시 채점하신 교수님께

시험 답안이 너무 맘에 들었다고,, 박사까지 해야 되는 사람이 왜 석사만 하려고 하냐는 칭찬도 들었는데..

대학원에 진학하기 전부터 제가 평균보다 살짝 못미치는 학생이라는 걸 알고는 있었지만

석사 졸업도 못할 정도로 형편없는 실력까지는 아닌 것 같은데,, 많이 지쳤습니다.

 

실험은 제가 잘할 수 있는 분야가 아니라는 걸 깨달았고 그냥 졸업만 하고 다른 살 길 찾으려 하거든요. 취업을 하든 공무원시험을 보든..졸업을 원하는 건 지금 교수님과 연구실 사람들과 관계라도 잘 마무리하고 싶어서입니다.

 

정말 졸업만 하면 되는데,, 지금 하는 연구가 졸업이 가능할지조차 가늠이 안되네요..

선배님들의 고견을 구합니다. 



태그  #inhibitor   #졸업
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  댓글 6  
회원작성글 456(과기인)  (2023-01-10 15:40)
1
4학기차인 9월에 졸업논문심사까지 다보셨고 심사도 잘보셨다고 글에 적으셨는데
본인 스스로 그냥 5학기를 선택한건가요? 지도교수님이 더 해라고 해서 하는건가요?
전공마다 다르지만 대게 석사로 애초에 좋은 연구결과를 얻는건 거의 힘들기 때문에, 적당히(?)만 하면 다들 다 졸업은 시켜주는데 말이죠....
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회원작성글 크리스12(대학원생)  (2023-01-10 15:47)
2
졸업논문심사(디펜스) 안봤어요. 신청도 못했습니다.. 졸업논문제출하는 자격을 얻는 '논문제출자격시험 (일명 퀄시험..)'만 통과했어요.
학위논문으로 쓸 수 있을 정도의 데이터가 없었습니다. SARS-CoV2 항원을 발현하는 recombinant poliovirus를 만들고, 그걸 백신으로 활용하는 주제였는데, recombinant virus를 결국 못만들어서 아무것도 남은 게 없었습니다.
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회원작성글 456(과기인)  (2023-01-10 16:20)
3
그렇군요.
연구실 동료들과 교수님과 꾸준히 discussion을 통해서,
어느정도 수준으로 할지 그리고 백업플랜은 어떻게 할지 계획을 세우면 석사 졸업은 다 하곤 합니다.
더군다나, 논문을 개재하는게 아니라 석사졸업논문 수준이기 때문에 논리적으로 비약한 부분이 있어도 왠만해선 다 넘어가고요.
반면에, 위 부분을 충실히 이행하지 않으면 석사졸업이 어렵겠죠.
설령 하던 프로젝트를 접었어도, 석사 졸업을 위한 데이터는 스토리만 다듬으면 1~2개월만 실험해도 충분하기 합니다.
연구실마다 다 서로다른 상황에 있으니 결국 주위사람들과 이야기 하는게 가장 적절할 것 입니다.
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회원작성글 아미노펜(과기인)  (2023-01-10 16:49)
4
글쓴이의 제목에 대한 저의 생각을 적어볼게요, 다른분께서 학위에 대한 내용을 주고 받는 것 같으니까요.

inhibitor만 가지고 특정 단백질의 기능을 분석하는 논문도 굉장히 많이 있어요.
transcription factor를 억제하는 inhibitor들로 기능을 살펴본 논문도 많이 있습니다. (이건 더 찾아보심 나올 거에요)
inhibitor도 뚜렷한 phenotype change를 보일 수 있을 만큼 강력한 기능분석용 수단으로 사용될 수 있습니다.
--> 여기까지만 보더라도, inhibitor 연구가 KO mouse 연구에 비해 타당성이 떨어지는 것 아니냐는 의문은 접어두셔도 될 것 같습니다. 이미 수 많은 inhibitor 논문들이 게재 되어있기 때문이죠.
* 다만, inhibitor보다 KO mouse를 쓰면 더욱 더 연구자의 가설을 강력하게 증명해 보일 수 있죠. 그것으로 연구(논문)의 퀄리티 역시 달라지니까요.

그럼, 글쓴이의 실험에 대한 내용을 한 번 같이 생각해보죠.
특정 transcription factor가 dendritic cell의 분화에 중요한 인자라고 생각하고 가설을 세우셨네요.
dose kinetics에서 cell viability에 영향을 주지 않는 최대의 농도로, 원하는 결과(reduced dendritic cell differentiation)가 나오지 않는다면, 우선 가설을 증명하는데 실패했네요.
cell viability가 낮아지는 dose로 원하는 결과를 얻은 것은 크게 의미를 두지 않는 것이 좋습니다. apoptosis가 유도되는 순간 cell morphology 자체가 변화되니까요.
그렇다면? 연구자의 가설을 또 다시 확인해보고자 한다면?
그 다음 쓸 수 있는, 비교적 접근하기 쉬운 siRNA로 transcription factor를 knockdown 해서, 다시 한번 가설을 검증해볼 순 있겠습니다.
그 결과마저 가설을 증명하지 못한다면, KO mouse는 할 필요가 아예 없게 될 거에요.
연구실 재정상 혹은 연구실 분위기상 siRNA를 제작해서 사용할 수 있다면, 그 것이 가장 가성비 좋은 접근방법이 될 수도 있겠습니다.
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회원작성글 동맥경화(과기인)  (2023-01-11 06:07)
5
논문을 어디에 제출하는지에 따라 다릅니다.
높은 IF의 논문을 원하면 cre-flox 와 같은 시스템을 이용한 specific KO가 요구되지만 낮은 논문은 철저한 검증을 요구하지 않을 수 도 있습니다.
일단 inhibitor를 쥐에 처리하면 혈관을 따라 몸 전체에 영향을 줍니다.
즉, 여러 장기에 복합적으로 영향을 미쳐서 inhibition에 의한 영향인지 아닌지 확신할 수 없습니다.
두번째, inhibitor가 저분자물질이면 side-effects나 농도에 따라서 non-specific하게 작용할 수 있습니다.
농도가 높을 수록 타겟만 아니라 다른 분자도 건드려서 세포에 독성이 나타나게 됩니다.
inhibitor가 효율이 떨어지면 virus를 이용한 CRISPR cas9 infection도 고려해보세요.
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회원작성글 Now4(대학원생)  (2023-01-11 17:39)
6
inhibitor는 쉽고 싸게 가려고 하거나, 질병모델에서 특정 timepoint, 예를들어 만성질환이라 28일 모델일때 14일차부터 친다거나 뭐 그럴때 주로 쓰이고요. in vitro에서 제대로 확인하려면 si or shRNA를 통해서 유전자 없앴어야죠.. 또 pcDNA로 overexpression 시키면 좋고요.
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