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[학술] NCBI에서 검색한 mRNA가 암호화하는 단백질이 'None'이라고 나오는 경우?!
회원작성글 크리스12(대학원생)
  (2023-01-09 17:57)

C57BL/6 mouse에서 C/EBPα라는 단백질을 암호화하는 mRNA를 NCBI를 활용해 찾고 있습니다.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/12606

 

그런데 CEBPA 유전자에 해당하는 mRNA는 존재하는데, protein이 없네요..

upload_image

 

이런 경우에는 C57BL/6 mouse에서는 CEBPA 유전자로부터 transcript는 만들어지는데 C/EBPα protein으로 만들어지지는 않는 건가요??

고수님들의 답변을 구합니다.



태그  #NCBI   #mRNA   #transcriptome
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  댓글 3  
회원작성글 자유주의(대학원생)  (2023-01-09 23:14)
1
Protein none이라고 나오는 mRNA sequence를 원래 유전자의 CDS와 비교해보세요. 아마 CDS를 포함하고 있지 않아서 그렇게 나오는 걸 겁니다.
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회원작성글 크옷(과기인)  (2023-01-11 02:48)
2
안녕하세요.

링크해주신 페이지에서 "NCBI Reference Sequences (RefSeq)" 부분을 보시면 해당 유전자 (Gene ID: 12606; Official symbol: Cebpa) 의 mRNA 들이 mouse reference genome 에서 NP_001274443.1 을 포함한 여러 종류의 "CCAAT/enhancer-binding protein alpha" isoform protein 들을 만들어내는 것을 알 수 있습니다.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/12606

Mouse reference genome (GRCm39) 을 개발할 때 쓰인 mouse strain 이 바로 (올려 주신 스크린샷에서 highlight 하신 것과 같은) C57BL/6J 입니다:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_000001635.27/

올려주신 화면 스크린샷은 "Related sequences" 섹션인데, 여기에는 reference genome 이전에 (또는 reference genome 과 별개로) 여러 연구자들이 클로닝해서 올려주신 mRNA / CDS / protein 서열들 중 이 유전자 (Gene ID: 12606; Official symbol: Cebpa) 와 같은 것들을 정리해둔 부분입니다. "None" 부분은 윗 분께서 말씀하신 것처럼 mRNA / CDS 서열이 partial 이거나 해서, protein 서열이 없는 경우일 수 있습니다.

지금 다루고 계신 C57BL/6 mouse 가 C57BL/6J 와 아주 다른 strain 이 아닌 이상, reference genome 에 포함된 mRNA 서열을 그대로 쓰시면 되리라고 생각합니다.

(찾아보니 C57BL/6J 는 C57BL/6 substrain 중 Jackson lab. 에서 나온 것이라고 하네요:
https://www.jax.org/news-and-insights/jax-blog/2016/june/there-is-no-such-thing-as-a-b6-mouse)
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회원작성글 크리스12(대학원생)  (2023-01-12 09:35)
3
명쾌하게 이해되었습니다 정말 감사합니다!! ㅎㅎ
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