프라이머를 목적에 맞게 디자인한다는 말이에요.
이게 이해가 안된다면 실험실 선배에게 물어보거나 분자생물학을 먼저 공부 하셔야 합니다.

네.. 컴퓨터로는 디자인을 하고요. 그렇게 짠 후에 프라이머를 합성하는 회사에 주문을 넣어서 실제 프라이머를 합성해야 합니다. 그걸 받아서 실험을 하는거죠.

아... 주문 제작을 맡기는 것이었군요 ㅋㅋ 감사합니다..!!!

수많은 연결된 서열 중에서 어디서 부터 어디까지 증폭시킬것인지 결정 해야죠.

그럼 그 부분에 시발(..) 되게 양 방향에서 시작할 수 있는 프라이머가 있어야죠.

그럼 그 프라이머의 nucleotide 1개씩, 양방향이니 두개 nucleotide 를 primer 로 주면 할 수 있나요? 못하죠.

그럼 양방향 nucleotide 2개씩, 주면 할 수 있나요? 못하죠.

그럼 몇개씩 줘야 하나요?

그걸 결정하는 작업이라고 보시면 됩니다.

복제하고자하는 DNA를 NCBI에서 데이터를 받아오고
해당 DNA에서 원하는 부위를 실험하려면 한두가닥 가지고는 안되기 때문에 증폭을 많이 시켜야 해요

그래서 그 부분을 증폭시키기 위해서 시발체가되는 primer를 원하는 부위보다 조금 더 앞에서 잡아서 모든 시퀀스가 누락되지 않게끔 짜는 것이 중요합니다. 이 과정에서 증폭할때(PCR) 조건과 맞게 온도도 설정 해주어야 하고요, 원하는 부분(product size)의 길이도 설정해주시면 primer 디자인이 되는 겁니다.

온도는 프라이머의 GC함량과 관련이 있는데 이는 GC가 삼중결합을 하기 때문에 PCR 할때의 온도가 이 결합을 끊을 수 있어야 합니다. 이 부분은 프라이머 제작 프로그램이 알아서 해줍니다.

그리고 디자인 된 프라이머 부위가 변이가 없어야 합니다. 특히 프라이머가 붙은 뒤에 복제가 시작되는 부위에는 특히 변이가 없어야 합니다. 이러한 변이를 찾기 위햇는 NCBI에 많이 올라온 해당품종 DNA를 FASTA파일로 다운받으시고 비교를 해보셔야 합니다.

자세한 설명 감사드립니다!