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[별별소리] '프라이머를 짠다' 라는 행위가 구체적으로 어떤 행위인지 알고 싶습니다
회원작성글 ellagabalus(대학생)
  (2022-12-06 23:05)

안녕하십니까 생물학과 재학중인 학부생입니다.

 

분자생물학 실험실 소속되어있는데, 선배들이 하는 말 중에 

 

'프라이머를 짠다'

'프라이머 디자인좀 하자'

 

를 들었는데

 

프라이머를 짠다 라는 말이 구체적으로 어떤 것인지 궁금합니다.

 

저도 당연히 검색을 해봤는데.... 

NCBI, Primer3 이런 사이트 들어가서

숫자를 입력하고 여러가지 설정을 하는 것 까진 알겠습니다.

 

근데 이게 끝인건가요?

 

마우스 클릭하고 숫자 값 입력하고나서, 그 이후 어떻게 한다는거죠?

컴퓨터에만 입력하는 거잖아요...

 

제가 알기로, 프라이머는 뉴클레오타이드가 증폭할때 그 시발점 역할을 해주는 무언가라고 알고있는데...

그럼 얘(프라이머)를 실험실에서 써야하는건데, 컴퓨터 모니터에 손을 넣어서 끄집어낼 수도 없고....

 

프라이머를 짠다는 행위가 실제로 어떤 행위인지 알고싶습니다....

 

질문이 이상해서 죄송합니다...

 

궁금해서 회원가입까지 하였습니다.



태그  ##프라이머 #primer
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  댓글 6  
회원작성글 동맥경화(과기인)  (2022-12-07 00:29)
1
프라이머를 목적에 맞게 디자인한다는 말이에요.
이게 이해가 안된다면 실험실 선배에게 물어보거나 분자생물학을 먼저 공부 하셔야 합니다.
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회원작성글 -_-;(과기인)  (2022-12-07 01:42)
2
네.. 컴퓨터로는 디자인을 하고요. 그렇게 짠 후에 프라이머를 합성하는 회사에 주문을 넣어서 실제 프라이머를 합성해야 합니다. 그걸 받아서 실험을 하는거죠.
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회원작성글 ellagabalu..(대학생)  (2022-12-07 17:46)
3
아... 주문 제작을 맡기는 것이었군요 ㅋㅋ 감사합니다..!!!
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회원작성글 킴소장(과기인)  (2022-12-07 10:00)
4
수많은 연결된 서열 중에서 어디서 부터 어디까지 증폭시킬것인지 결정 해야죠.

그럼 그 부분에 시발(..) 되게 양 방향에서 시작할 수 있는 프라이머가 있어야죠.

그럼 그 프라이머의 nucleotide 1개씩, 양방향이니 두개 nucleotide 를 primer 로 주면 할 수 있나요? 못하죠.

그럼 양방향 nucleotide 2개씩, 주면 할 수 있나요? 못하죠.

그럼 몇개씩 줘야 하나요?

그걸 결정하는 작업이라고 보시면 됩니다.
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회원작성글 무웅먕(과기인)  (2022-12-07 10:28)
5
복제하고자하는 DNA를 NCBI에서 데이터를 받아오고
해당 DNA에서 원하는 부위를 실험하려면 한두가닥 가지고는 안되기 때문에 증폭을 많이 시켜야 해요

그래서 그 부분을 증폭시키기 위해서 시발체가되는 primer를 원하는 부위보다 조금 더 앞에서 잡아서 모든 시퀀스가 누락되지 않게끔 짜는 것이 중요합니다. 이 과정에서 증폭할때(PCR) 조건과 맞게 온도도 설정 해주어야 하고요, 원하는 부분(product size)의 길이도 설정해주시면 primer 디자인이 되는 겁니다.

온도는 프라이머의 GC함량과 관련이 있는데 이는 GC가 삼중결합을 하기 때문에 PCR 할때의 온도가 이 결합을 끊을 수 있어야 합니다. 이 부분은 프라이머 제작 프로그램이 알아서 해줍니다.

그리고 디자인 된 프라이머 부위가 변이가 없어야 합니다. 특히 프라이머가 붙은 뒤에 복제가 시작되는 부위에는 특히 변이가 없어야 합니다. 이러한 변이를 찾기 위햇는 NCBI에 많이 올라온 해당품종 DNA를 FASTA파일로 다운받으시고 비교를 해보셔야 합니다.
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회원작성글 ellagabalu..(대학생)  (2022-12-07 21:32)
6
자세한 설명 감사드립니다!
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