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[학술] 특정 gene의 promoter sequence를 열람하는 방법이 궁금합니다
회원작성글 크리스12(대학원생)
  (2022-08-12 11:49)

안녕하세요 늘 감사하게도 많은 도움 얻어가는 대학원생입니다.

mouse IRF8에 대한 Luciferase assay를 수행하려고 하는데요,

일단 IRF8 promoter의 sequence를 알아낸 후,

IRF8 promoter region 의 upstream, downstream를 target하는  primer를 짜고,

mouse genomic DNA를 template으로 해서 PCR amplification을 하는 것으로 알고 있습니다.

일단 IRF8의 promoter sequence를 어떻게 찾을 수 있는지.. 궁금합니다.

 

아래 그림처럼 UCSC 사이트에서 IRF8 sequence를 열람하는 것을 시도해보았는데요,

이 중에서 어느 부분이 promoter인지,, 가늠이 잘 안되네요..

내공이 많이 부족합니다. 도움 주시면 큰 힘이 될 것 같습니다! 미리 감사드립니다.

upload_image

 



태그  #luciferase assay   #분자생물학   #IRF8
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  댓글 1  
회원작성글 luiziana(대학원생)  (2022-08-12 15:52)
2
해당 gene 검색 후 밑으로 내려보면 database들을 선택해서 확인할 수있는 공간이 있어요
그중 Expression and Regulation에서 EPDnew Promoter를 hide에서 full로 바꾼 뒤 refresh하면
EPD(Eukaryote Promoter Database)에 있는 gene이라면 promoter 부위를 확인할 수 있을겁니다.

mouse의 경우 m38/mm10에서만 EPD database를 활용할 수 있을거에요

아니면 https://epd.epfl.ch/mouse/mouse_database.php?db=mouse 여기서 검색해보면 ucsc와 연동된 결과 확인해보세요
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