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[별별소리] 바이오인포매틱 관련 프로그램 사용하시는 분께 질문 있습니다.
회원작성글 한발만쏴(과기인)
  (2022-07-28 14:31)

몇가지 질문이 있습니다 도와주세요 ㅠㅠ

 

NGS나 유전자 발현량 등 유전체 데이터 분석을 하고 계신 분들은 어떤 소프트 웨어를 사용하시는 지

 

알고 싶습니다. 

 

또한 거래를 하고 있는 유전체 분석 회사가 있다면 어느 회사랑 일을 하고 계실까요?

 

마지막으로 현재 사용하시는 소프트웨어나 회사에서 느끼시는 아쉬운 점이나 개선되어야 할

 

사항이 있다면 알려주시면 감사하겠습니다.

 

 



태그  #bioinformatics   #도와주세요   #형님누님들
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  댓글 4  
회원작성글 AggPos(과기인)  (2022-07-28 15:31)
1
거의 리뷰논문 한편 정도는 쓰거나 읽어야 하는 수준의 질문입니다. 질문이 너무 막연해요. 소프트웨어 구매와 시퀀싱 서비스 의뢰 정도는 구분해서 질문을 해주시는게 더 나을 것입니다. 구글에서 시퀀싱 분석 검색해서 나오는 회사들에 연락하셔서 기본적인 정보부터 파악해보세요.
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회원작성글 한발만쏴(과기인)  (2022-07-28 16:09)
2
잘 모르다 보니 이런 난해한 질문을 했네요 ㅠ ㅎㅎ 죄송합니다 그리고 답변 감사합니다!
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회원작성글 곤충학자(과기인)  (2022-08-01 22:26)
3
워낙 프로그램들이 다양하게 나와 있어서 아마 다들 입맛대로 다양한 조합의 프로그램들을 쓸것 같습니다만, 제가 주로 쓰는 프로그램들 알려드릴게요. fastq 파일 정리는 fastp 씁니다. Model species가 아닌 경우에는 전사체 어셈블리를 해야 하는데, 이때는 Trinity 또는 SPAdes를 씁니다. 매핑은 Kallisto 또는 bowtie2+eXpress 조합을 이용하고, DEG 분석은 Trinity package를 이용해서 edgeR 또는 DEseq2를 돌립니다. 이후에는g:Profiler로 enrichment 분석을 하지요. 결과가 정리되면 이후 실험 디자인 하구요. 저는 실험부터 분석까지 직접 하고 시퀀싱만 회사에 맡깁니다. 아무래도 직접 분석하다 보니 이것저것 여러가지 시도를 해볼 수 있는게 장점입니다. 저는 나이 마흔 넘어서 NGS 분석 독학으로 배웠습니다. 레퍼런스 시퀀스 잘 되어 있는 생물종으로 실험 하신다면 아주 좋은 컴퓨터 아니더라도 리눅스 깔아서 직접 분석 할 수 있어요. 한번 도전해 보시구요, NGS로 유전자 발현 분석 관련 리뷰 논문도 찾아 보세요. 네이처 프로토콜에 괜찮은 논문 나온걸로 기억합니다.
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회원작성글 한발만쏴(과기인)  (2022-08-02 13:55)
4
정말 자세한 답변 감사드립니다 ^^
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