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[진로] 데이터 엔지니어에서 생물정보학으로 진로 변경
회원작성글 eyeballs(대학생)
  (2022-06-27 00:38)

 

안녕하세요

컴퓨터공학 석사 전공했고, 현재 데이터 엔지니어로 2년째 일하고 있습니다.

bioinformatics 생물정보학 필드에서 일하고 싶어 이번년에 이직 할 예정입니다.

생물학 쪽 지식은 전혀 몰라서, 컴퓨터 공학 전공자도 받아주는 곳으로 이직하려고 합니다.

 

이직 준비를 위해 생물정보학 툴들을 직접 사용해보았고(fastq, bwa, gatk 등)

fastq 에서 변이를 찾는 일련의 pipeline 을 airflow 로 체계화하는 toy project 를 진행해 볼 예정입니다..

하지만 이것만으로는 충분하지 않을 것 같아서 선배님들께 자문드립니다.

현재 제 위치에서 어떤 것들을 더 준비해야 하는지 조언 부탁드립니다.

생물정보학 필드에서 일하면서 인간 건강 수준을 높이고 인류 수명을 늘리는 의미있는 일을 하고 싶습니다.

도와주세요. 감사합니다.



태그  #bioinformatics   #CS to Bioinformatics   #이직 준비
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  댓글 6  
회원작성글 Pred(과기인)  (2022-06-27 10:02)
1
답: 공부 많이 하셔야 합니다. 절대적으로 공부를 많이 하셔야 합니다. 생물 베이스 생물정보학 연구실을 다시 들어가서 석사 박사 하실 생각 있으시면 해당 길로 가시는 걸 추천합니다. 컴 베이스 인데 할 수 있을 것 같아 생물정보를 하시는분들 주변에 많습니다. 아웃풋은 정말 빠릅니다만, 결국은 return값을 분석해 보면 잘못 접근하는 경우가 너무도 많습니다. 자신의 연구를 해당 권위자들께 검증을 받아가면서 (논문을 내면서) 해당 일에 뛰어 드십시오. 만약 그냥 해당 필드에 현재 수준으로도 가고 싶다 하시면 그냥 취직하시면 될텐데 헤더는 되시기 힘드실껍니다. 또한 헤더의 지시를 받지 않으시면 해당 프로젝트를 진행시키기 어려우실수도 있습니다. 무리하게 프로젝트를 어? return값이 나왔네? 라고 해서 밀어붙이신다면 회사의 명예를 실추 시키실수도 있습니다. 공부 많이 하셔야 합니다.
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회원작성글 phdkim(과기인)  (2022-06-27 13:17)
2
윗분 말씀도 중요하고, 미리 연봉 수준을 잘 고려해 보셔야 합니다.
미국에서도 data scientist 앞에 bio가 붙으면서 연봉이 $20-30k 정도는 금세 내려갑니다. big pharma와 FAANG(이제 MANGA인가요?)의 연봉 차이가 비교 불가능한 수준입니다. 원래 바이오 전공하고, 바이오가 너무 좋아서 이직하신다면 가능할지 모르겠지만, 생물학 지식이 전혀 없이 그정도 연봉 감소를 감내하기는 쉽지 않을겁니다. 한국에서도 생물정보학이 그나마 바이오에서 연봉이 높다고 해도, 생물정보학 박사 연봉이 토스, 직방 학사 초봉에도 못 미치는 일도 허다합니다. 뜻깊게 사는 것에 관심 많으시면 우선 생물학 공부를 좀 해야 지금 생긴 사명감이 오래 가겠죠. 뭐가 왜 중요한지 잘 모르는 문제를 풀면서 계속 열정을 가지기는 쉽지 않습니다.
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회원작성글 pest(과기인)  (2022-06-27 16:47)
3
데이터 엔지니어로서 variant calling 정도를 한다는 건 정말 아쉬운 일입니다. 글쓴이께서 말씀하신 toy project.. 글쎄요.. 요즘 galaxy 등으로 체계회되었으며 customized 될 work flow를 누구나 쉽게 만들 수 있습니다. 데이터 엔지니어로서 할 수 있는 훨씬 더 좋은 프로젝트가 많을 겁니다.

생물학 지식이 적은 컴퓨터 전공자들의 공통적인 문제가 좋은 프로젝트를 만들기 어렵다든지, 지도교수로부터 받은 프로젝트의 의미를 잘 모른다는 겁니다.

생물 정보를 다루는 일을 정말로 하고 싶다고 하더라도, 컴퓨터 전공 쪽에 있으시는 게 나을 것 같습니다. 아니면, 정말 찐 생물정보학을 전공하는 교수 밑에서 박사를 하던가요.. 아니면, 생물학 공부를 정말로 열심히 해야 합니다.

데이터 엔지니어 출신으로서 피하면 좋은 프로젝트는,
1. 데이터 베이스 구축
2. bioinformatics software 비교 분석
정도이며, 님께서 말씀하신 airflow 등도 안 하시는 게 좋습니다.

알고리즘이나 소프트웨어 개발 쪽이 낫지 않을까 싶습니다. 이쪽 분야의 교수를 컨택해서 박사 과정 들어가는 쪽이 어떨까 합니다.

Gblocks 라는 소프트웨어가 있는데 사람들이 정말 많이 씁니다.

http://molevol.cmima.csic.es/castresana/Gblocks.html

제가 그거 보고, 저런 건 딱 하루면 나도 만들 수 있는데 싶었습니다. toy project로 저런 거 한 번 만들어 보시는 거 어떨까요.
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회원작성글 쪠리(대학생)  (2022-07-05 01:29)
4
데이터 베이스 구축 프로젝트나 비교분석은 왜 안좋다고 하시는건가요?!
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회원작성글 eyeballs(일반인)  (2022-06-29 08:30)
5
답변주신 모든 분들께 감사드립니다.
결과적으로는 CS 를 고수하기로 했습니다.
이유는 다음과 같습니다.

생물정보학자는 생물학을 중심으로 연구를 진행하는 직업이고, 컴퓨터는 단지 지원만 하는 듯 합니다.
저는 (생물정보학 필드에서) 컴퓨터를 전문적으로 사용하는 세부 분야가 있을 줄 알았는데
계속 검색해보고 답변 받아 읽어보니 그게 아니네요...
생물정보학에서 컴퓨터는 단지 도구에 지나지 않고 그 이상도 이하도 아니었습니다.

생물정보학 필드에서 핵심 인력이 되기 위해서는 생물학을 알아야 하는데,
생물학을 공부하려면 시간이 굉장히 소모되고 저는 이미 나이가 있어서 늦은 듯 합니다.
연구가 주 작업일 것 같은데, 연구를 한다는 것은 (저에겐) 항상 스트레스를 동반한다는 의미가 됩니다.
평생 스트레스와 압박감을 받으며 이 일을 하기에 두려움도 있습니다.

이 글을 보시는 CS 에서 생물정보학으로 넘어가려는 다른 분께 말씀드리고 싶은 것은 다음과 같습니다.
생물(정보)학 석박사를 진행하거나, (애초에) 부전공 등으로 생물학을 전문적으로 공부해야
해당 필드에서 살아남을 수 있을 것 같다는 생각입니다.
링크 하나 남겨드립니다.

https://www.ibric.org/myboard/read.php?Board=job_response&id=6129

답변주신 분들께 다시 한 번, 진심어린 답변과 조언을 해주셔서 감사하다는 말씀 드립니다.
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회원작성글 pest(과기인)  (2022-06-29 22:14)
6
'컴퓨터를 전문적으로 사용하는 세부 분야가 있을 줄 알았는데'
=> 있죠. 님이 못 찾은 것일 뿐..

Heng Li 가 생물학을 알까요? 님이 썼던 bwa, samtools 만든 사람이에요.
https://en.wikipedia.org/wiki/Heng_Li

Ziheng Yang이 생물학을 알까요?
https://en.wikipedia.org/wiki/Ziheng_Yang

Yun Song이 생물학을 알까요?
https://people.eecs.berkeley.edu/~yss/

님이 못 찾은 것일 뿐, 생물 정보학에서 컴퓨터가 주된 일을 하는 경우는 정말로 많습니다.

님이 썼던 GATK는 누가 개발했겠습니까..

bioinformatics는 생물학자가 하는 분야가 아닙니다. 컴퓨터 혹은 전산 전공하는 사람들이 하는 분야가 bioinformatics입니다. 검색하실 때 영어로 검색을 하시면 도움이 많이 될 겁니다.

저는 코딩을 잘 합니다고 자부하지만, bioinformatics 쪽으로 가면 그냥 쪼그라져서 명함도 못 내밉니다. 프로와 아마추어의 차이랄까요..

연구하기 싫으시면 CLC bio 같은 데 취직하셔도 됩니다.
https://en.wikipedia.org/wiki/CLC_bio

제가 드리고 싶은 말은, 님이 찾는 그 컴퓨터가 주가 되는 분야가 바로 bioinformatics라는 겁니다.

님의 그 링크는 2008년에 작성된 거네요. 당시에는 한국에서는 컴퓨터만 잘 쓰면 bioinformatics 얘기를 듣던 호랑이 담배피던 시절입니다. 참고하지 않기를 권합니다.
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