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[별별소리] 연구실에서 rna-seq 데이타 분석 어떻게 진행되나요?
회원작성글 대학원지망생(대학생)
  (2022-04-17 11:22)

RNA 추출후 회사에 맞겨서 SEQ-RAW DATA를 받은 후 연구실에서 직접 데이타 분석 하나요?


아니면 회사에서 데이타 분석까지 진행해 주나요?

 

물론 케이스 BY 케이스 이겠지만, 일반적인 경우를 알고싶습니다.

 

감사합니다. 

 



태그  #RNA-SEQ
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  댓글 7  
구글회원 작성글 BG*********(비회원)  (2022-04-17 14:19)
1
일반적인 경우는 모르겠고요.
bulk RNA seq경우 raw data를 받아서 excel로 원하는거 찾아서 정리하기도 했고, GOI 별로 정리하는건 공동연구하시는 분 도움 받아서 진행했습니다.
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회원작성글 kiki(과기인)  (2022-04-19 01:29)
2
QC, mapping, quantification의 preprocessing 단계와 이후에 differential expression analysis를 거치고 나야 액셀에서 분석할 수 있습니다
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구글회원 작성글 김기*(비회원)  (2022-04-18 10:41)
3
excel 로 정리가 됐다면... raw 데이터가 아니랍니다...
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회원작성글 뉴로(대학원생)  (2022-04-18 20:27)
4
Alignment부터 연구실 파이프라인으로 했습니다.
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회원작성글 kiki(과기인)  (2022-04-19 01:28)
5
분석 가능한 컴퓨터 환경이나 인력(전문 인력 혹은 맡아서 공부 하면서 진행할수 있는 인력)이 있으면 직접 하는게 좋고 그게 힘들거나 시간이 없으면 회사에 맡기는거죠.
샘플 숫자나 데이터 용량(시퀀싱뎁스)에 따라 다르지만 요즘은 랩탑에서도 가능해요
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회원작성글 WideSky(과기인)  (2022-04-21 02:41)
6
아니면 이 참에 usegalaxy.org라도 써보시는 건 어떨까요? 프로그램의 프자도 모르는 저였지만 그냥 step by step으로 클릭클릭하면 되는거라 어렵진 않더라구요.
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회원작성글 kiki(과기인)  (2022-04-21 06:25)
7
갤럭시보단 진패턴이 더 좋더라고요.
https://www.genepattern.org/
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