유도만능줄기세포, 성체줄기세포, 그리고 제대혈 등에서 얻는 그런 녀석들로 나눈다면...

유도만능줄기세포는 제작에 사용되는 여러가지 것들이 실제 임상 적용 시에는 문제가 있을 소지가 있어서 제한적으로 사용되고 (일본은 종주국이라서 그런가 임상 시험에 들어갔다는 말도 있습니다)

성체줄기세포가 주로 사용되는데 중간엽-, 상피 줄기세포로 나누게 됩니다.
중간엽 줄기세포를 손상된 조직에 넣어줘도 그 조직에 필요한 세포로 분화되는 가능성은 1% 이하라고 합니다. 애초에 중간엽이기 때문에 실질세포인 eptihelial lineage로 가려면, MET가 일어나야 하고, 이후에 알맞는 분화과정이 일어나야 하는데, 그게 잘 안되는거죠.. 전처리를 해주어서 그 효과를 높일 수 있겠지만 그럴 바에야 상피 줄기세포를 넣어주는게 좋으나..

상피 줄기세포는 오가노이드나 conditional reprogramming culture 등으로 수를 불린다고 해도 중간엽 줄기세포에 비해 자라는 속도가 느린 편이기도 하고 등등 어쨌든 자기 조직 뜯어서 만들어야 하는 한계점도 있고.. 궁극적으로는 이 방향으로 가야겠지만요.. 간경화가 심각한 상태라면, 미래에는 남의 간 대신에 멀쩡한 간세포를 일부 생검한 이후 대량으로 키워서 넣어주는 방식이 될 수 있겠죠.. mini liver? ㅋㅋ

그래서 중간엽 줄기세포에서 생성되는 secretome (구체적으로는 exosome)을 포집해서 넣어주면, 아마도 상처 회복에 도움이 되지 않겠냐 라는 방식으로 많이들 접근합니다.. 세포 자체를 넣지 않는 건, 우리가 실험용 생쥐도 아니고 다른 사람의 세포를 몸에 넣어주면 염증이 생기겠죠.. 아무리 줄기세포가 제한적으로나마 면역반응을 피하거나 억제한다고 해도 결국은 면역계가 인식해서 잡아낼테니깐요.

그리고 중간엽줄기세포는 상처 입은 조직으로 유도되는 특성이 있습니다. Homing 이라고 부르는데, 생쥐 어딘가를 좀 아프게 하고, 꼬리정맥에 줄기세포 넣어주면, 그 줄기세포들이 상처 입은 조직에 몰려가서 여러가지 growth factor 등을 분비하거나 앞서 말한 엑소좀 등으로 그 성분들을 내뿜거나 등등..

이런저런 말은 많지만 다 그럴 것이다~ 수준인 경우가 많습니다.
정형외과 영역에서 사용중인 umbilical cord blood derived mesenchymal stem cell의 제품화된 형태인 카티스템의 경우를 예시를 들어 설명드리겠습니다. 동물실험에서는 stem cell이 계속 남아 있지 않고 일정 시점 이후로는 stem cell origin cell이 소실되는 것을 확인했으나 구체적으로 어떤 mechanism이 있는지는 아직까진 확정적으로 발표된게 없습니다. 다만 동물실험, 임상실험을 해보니 실제 연골결손부위에 적용을 했더니 연골 재생 효과가 확인되어 임상에서 널리 쓰이고 있는 것이구요.
동물실험이나 각종 논문에서는 어떤 기전이라고 얘기들은 많이 하지만 실제로 그러한지는 아직도 밝혀져야 할 것들이 많습니다.

MSC는 체내에서 콘드로사이트로 분화되는거 증명이 안되나요? 같은 중간엽이라 될 거 같은데..

현재까지 제일 유명한 줄기세포 치료라고 하면 골수이식이 있겠죠.
HSC는 bone marrow로 homing되어서 이식 후 그 역할을 합니다 (3번 질문).
HSC처럼 일부 분화가 이루어진 세포를 이식하는 이유는 PSC의 경우는 이식후 teratoma와 같은 종양을 형성할 수 있기 때문에 완전한 pluripotent stem cell을 환자의 몸에 직접 이식하기는 어렵습니다.
따라서 많은 치료법의 경우 현재는 progenitor 단계의 세포를 이용하려고 하고 있습니다.
파킨슨 환자의 경우 dopaminergic neuron을 in vitro 상에서 분화후 이식을 하면 생존률이 좋지 않아서 NPC 를 transplant 하는 방법으로 고안되고 있구요. 이 경우 손상된 세포에서 생성되지 못하는 도파민을 이식을 통해서 가능하게 해주려는 것이니 2번 질문에 대한 답이 될거 같습니다.