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[학술] [컴싸가 아닌 실험연구자에게 유용한 DB_Depmap ]이 유전자 KO해도 될까? 왜 KO이 안될까?
회원작성글 병리초보(과기인)
  (2020-05-13 07:01)

안녕하세요. 원래는 실험관련 카테고리에 적어야할 것 같았는데, 그곳은 질문만 적게되어 있어서 여기에 남깁니다. 적당한 다른 카테고리가 있다면 알려주세요, 아님 관리자님이 옮겨주셔도 ㅎㅎㅎ

경험많은(오래된?) 포닥 연구자로서, 제가 유용하게 사용하고 있는 정보들을 다른분들께 조금씩 공유해보고자 합니다. 

분자생물학 연구를 하다보면, siRNA를 처리해서 유전자 발현을 억제하거나 crispr로 Knockout해서 wildtype과 비교하는 연구를 많이들 하잖아요. 그때, 종종 왜 내 유전자는 아무리해도 KO이 안되지? 발현이 줄지 않지? 라는 경험을 하게됩니다. 내가 디자인한 siRNA/sgRNA가 효율이 나쁜가? 내손이 똥손인가? 수많은 궁금증을 가지고 고민의 나날을 보내는데요. 이런 노가다와 수고를 덜어줄 수 있는 좋은 DB가 하나 있습니다.

DepMap (https://depmap.org/portal/) 이라고 브로드연구소에서 운영하는 사이트입니다. 이곳의 핵심 정보중 하나는 어떤 유전자가 cell viability에 중요한가 라는 정보를 보여준다는 점입니다.  Gene symbol (NCBI 유전자 공식이름)으로 MYC 을 검색하면, 아래와 같이 결과를 보여줍니다. RNAi에서는 cell viability에 큰 영향이 없지만, crispr로 KO시 거의 대부분의 암세포주에서 생존율이 저하되는 것을 볼 수 있습니다. 

upload_image

여기서 얻을 수 있는 결론은, MYC KO cell line은 안만들어지거나, 유지가 안된다. 그래서 KO를 못 만드는 것은 실험자의 잘못이 아니다라는 것이죠. KO 실험을 시작하시기 전에 이와 같은 정보를 확인하시면 시간낭비와 스트레스를 줄일 수 있습니다. 다른 대안적인 방법을 고민해야죠. 이 DB에서는 위 정보말고도 재미있는 다른 정보들을 많이 보여줍니다. 들어가서 이것저것 관심있는 유전자 넣어서 정보를 보시면 재미있을거에요. 즐거운 실험하시길~

 

 

 



태그  #essential gene   #crispr gene KO
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  댓글 1  
회원작성글 bio(과기인)  (2020-05-14 03:15)
1
우와 이런 툴이 있었네요...
많은 분들께 큰 도움 될거 같습니다.
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