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[학술] SDS-PAGE실험 관련하여 질문이 있습니다.
seo021024@gm(비회원)
  (2020-05-09 11:52)
 

SDS-PAGE 를 할 때 SDS와 beta-mercaptoethanol이 들어있는 용액에 protein을 dissolve하는 것으로 알고 있는데, 

SDS 분자 하나에 대략적으로 2개의 amino acid를 붙게 함으로써 protein의 mass-to-charge ratio가 일정하게 맞춰지는 효과를 낸다고 알고 있습니다.

이렇게 mass-to-charge를 일정하게 맞추고 electrophoresis를 돌리는 이유는 오로지 protein의 크기에 의해서만 분리가 되도록 하기 위함인가요?

만약 이걸 맞추지 않는다면 mass가 좀 작더라도 positive charge를 띄는 protein과 mass가 좀 크더라도 negative charge를 띄는 protein의 결과가 비슷하게 나올 것이기 때문에 이런 처리를 해 준다고 이해하였는데 맞게 이해한 것인지 확인 부탁드립니다.



태그  #SDS PAGE
이슈추천  2
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  댓글 5  
회원작성글 강시(과기인)  (2020-05-09 12:23)
1
대략 2개의 amino acid에 하나의 SDS 분자 하나가 붙어서 protein의 mass-to-charge ratio가 일정하게 맞춰지는 효과를 냅니다.
이렇게 mass-to-charge를 일정하게 맞추고 electrophoresis를 돌리는 이유는 오로지 protein의 크기에 의해서만 분리가 되도록 하기 위함입니다.
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구글회원 작성글 서명*(비회원)  (2020-05-09 12:49)
2
그럼 혹시 the net charge of an SDS-polypeptide is proportional to its length라는 문장에서 length와 net charge가 비례한다는 것이 어떻게 mass-to-charge ratio가 일정하다는 것까지 이어질 수 있는지 궁금합니다. polypeptide의 length와 mass를 비례관계로 보는 것인가요? residue에 따라 mass가 유의미하게 차이날 수 있을 것 같은데 알려주실 수 있나요?
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회원작성글 SCIENTIST0..(과기인)  (2020-05-09 14:01)
3
Amino acid의 종류에 따라 다르게 보일만큼 SDS-PAGE는 정밀한 분석법은 아닙니다. 대부분 commercial protein ladder가 100-50kDa부근에서는 20-30Da간격으로 구성되어있고, 아래쪽 20-10kDa근처로가야 5kDa정도 간격으로 되있는거보면아시겠죠? 단백질의 사이즈에 따라 다르겠지만 1000 g/mol(1kDa)이내의 차이는 일반적인 젤에서 보기힘듭니다. Tricine-glycine system을 쓰면 작은 peotide도 가능하지만 amino acid의 종류의 차이를 볼정도는 아닙니다.
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회원작성글 강시(과기인)  (2020-05-09 18:15)
4
the net charge of an SDS-polypeptide is proportional to its length
이 문자의 의미는 예를 들어, 30 amino acids는 10 amino acids의 세 배의 SDS 분자가 붙으므로 polypeptide의 길이와 거기에 붙은 SDS 분자의 수가 polypeptide의 길이에 비례한다는 의미죠.
세 배나 많은 SDS가 붙었다는 것은 charge가 세 배가 됬다는 것과 같습니다.
이것이 다른 표현으로 "mass-to-charge ratio가 일정하다" 입니다.

polypeptide의 length와 mass는 비례관계입니다.
residue에 따라 mass가 유의미하게 차이나지만 평균 amino acid의 mass로 대충 계산하면 polypeptide의 length = mass 로 볼 수 있습니다.
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회원작성글 Black bear(과기인)  (2020-05-10 00:00)
5
polypeptide의 length와 mass는 비례관계지만 polypeptide에 translational modification such as glycosylation이 일어난 경우 이관계는 달라지게 됩니다. 그래서 우리는 polypeptide의 length는 대충
mass 로 볼 수 있습니다.
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