소리마당 학술
샷건 시퀀싱에 대해서
lhy (대학생)
샷건 시퀀싱에 대해서 공부하다가 모르는게 있어서 질문드립니다!
샷건 시퀀싱의 원리가
1)우선 내가 분석하고 싶은 bacterial chromosome을 랜덤하게 자르고 그것들 중에서 하나를 골라서 plasmid와 합친다.
2) cloning을 해서 여러개의 clone을 얻고 ,
3) 여러개의 clone을 sanger sequencing을 통해서 분석한뒤, 겹치는 sequence을 찾아내여 이들의 순서를 맞추어서 한개의 contig map을 형성한다.
4) 여러번의 샷건 시퀀싱을 통해서 여러개의 contig map을 얻어내고 , 마찬가지로 겹치는 sequence을 찾아내서 제가 원하고자 하는 시퀀스를 얻는다.
이게 맞나요....? 그리고 여기에서 또 궁금한점은
1) plasmid의 sequence을 알고 있는 걸 사용하는 이유
2) 여러개의 clone을 얻었을때 이들의 sequence가 다 같지 않나요..?근데 왜 겹치는 sequence을 찾아내는건가요..?
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