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[학술] 생물정보학, Bioinformatics alignment 시 엠비규어스 처리 궁금합니다.
회원작성글 Nothanks(대학원생)
  (2020-02-27 13:59)

안녕하세요.

생물정보학 전공자이신 분들에게 질문이 있습니다.

multiple sequence alignment하는 과정에서 ambiguous가 존재하지 않습니까??

이럴 경우 X로 처리되거나 갭으로 처리되기도 하는데 sequence quality를 위해서 이 부분을

제거하고 진행하려고 했습니다.

 

근데 gap으로 처리하여 진행할 경우 생각보다 많은 sequence들이 날아가버려서 고민중에 있습니다.

여러분들은 ambiguous 어떻게 처리하시나요??



태그  #생물정보학   #bioinformatics   #ambiguous
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  댓글 2  
회원작성글 BRIC(과기인)  (2020-02-28 09:10)
1
BRIC 실험 Q&A 서비스를 이용해 보시면 좋을 듯 합니다.
https://www.ibric.org/labinfo/
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회원작성글 pest(과기인)  (2020-02-28 17:33)
2
DNA로 align하려 하셨다면 protein sequence로 translation한 후 align해 보시구요, 만약 갭이 문제라면 supertree approach를 쓰는 것도 방법입니다.

많은 씨퀀스가 날라갔다면, 그 이유에 대해서 한 번 생각해 보시는 것도 좋습니다. 진화적 이유 때문인지, homology 자체가 없는 건지..
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