[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보  |  e브릭몰e브릭몰 sale 회원가입   로그인
BRIC홈 커뮤니티
검색광고안내
산으로 가는 전공 이야기
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
과학으로 본 코로나19 (COVID-19)
전체보기 소리마당PLUS 학회룸쉐어 Sci카페 SciON(설문조사) BioHelp
조회 1512  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
[학술] CRISPR/Cas9 screening 할 때 NGS로 analysis 를 해야 한다는데, 이 data를 어떻게 해석해야 하나요?
회원작성글 카리스마정(대학생)
  (2020-02-05 16:19)

논문에서 아래와 같은 데이터를 보여주었습니다.

데이터는 sgRNA library 를 lentivirus 로 delivery 한 후, 약물 처리 하지 않거나 (Veh) or 처리하여 (PLX) 7일, 14일 후에 데이터를 비교한 것입니다.

우선 y 축이 무슨말인지 잘 모르겠더라구요.

sgRNA representation 이라는 건 아마도 sgRNA library 에 있는 무수히 많은 종류의 sgRNA 에 대한 걸 의미하는 것 같은데 (이 역시 제대로 이해했는지...), 괄호 안에 것은 무슨 말인지 모르겠고, y축의 숫자또한 무슨 말인지 전혀 모르겠습니다 ㅠㅠ 혹시 잘 아시는 분 있다면 알려주시면 정말 감사하겠습니다. 이번에 실험실을 옮기면서 그 쪽 교수님께서 오시기 전에 알고 오라고 준 논문인데 참 어렵네요..

upload_image



태그  #CRISPR/Cas 9 screening   #NGS   #sgRNA represenation
신고하기
목록 글쓰기
  댓글 4  
회원작성글 -_-;(과기인)  (2020-02-06 00:47)
1
Feng Zhang 랩에서 오래 전에 나온 논문이로군요.. 위에 Knockout 이라고 적어놓은 것이 의미가 맞지 않아 원 논문을 찾아보았습니다. 라이브러리를 통째로 세포에다가 때려넣으면 셀마다 한두개씩 바이러스가 들어가서 genome에 integration 되겠지요. PLX를 때리면 셀이 잘 안자라니까 셀에 들어가 있는 sgRNA는 그대로 겠지요. 셀이 자라면 sgRNA의 갯수도 늘어나겠고요. 그런데 어떤 유전자가 knockout 되어서 PLX를 때려도 세포가 잘 자란다면 어떻게 되겠습니까? 그 knockout을 일으킨 sgRNA를 가지고 있는 세포가 잘 자라는거니까 그 sgRNA 갯수도 늘어나겠지요? 그 결과를 보여주는 겁니다. NGS로 sgRNA의 갯수를 센겁니다. 로그를 쓴 것은 격차가 너무 크니까 그래프 그릴때 좋으라고 한 것이고 log2를 쓴 것은 1 차이가나면 2배 차이가 난다는 얘깁니다. 2 차이면 4 배고요.
댓글리플
  
  신고하기
댓글리플
회원작성글 카리스마정(대학생)  (2020-02-07 14:39)
2
맞습니다 Feng Zhang 랩 논문입니다. 제가 NGS에 대해 지식이 좀 짧아서 선생님 말씀이 잘 이해가 안되네요 ㅠㅠ.. sgRNA 발현 plasmid 에 NGS로 읽을 수 있는 서열이 있을 것이고, 그걸로 NGS 하는 건 이해가 갑니다만.. 갯수를 샌다는 게 무슨 말씀이신지 잘 모르겠습니다.. 그리고 y 축에 dot 하나 하나가 무엇을 의미하는 지 모르겠네요.. 혹시 아시면 답변부탁드리겠습니다..
  신고하기
댓글리플
회원작성글 p....(과기인)  (2020-02-07 23:09)
3
여기서 갯수를 샌다 = Count sgRNA sequence reads
Cell이 잘 자란다 => sgRNA Copy Number가 늘어난다 => NGS에서 더 자주 읽힌다 => sgRNA sequence reads가 많다

Dot plot에서 dot은 sgRNA library에서 각각의 sgRNA. Target Gene이 되겠군요. 확 튄 놈들을 찾아서 알아내면 Drug 처리했을 때의 Hit 가 나오겠죠.
  신고하기
댓글리플
회원작성글 카리스마정(대학생)  (2020-02-10 14:45)
4
p.... 님 답변 감사드립니다. 이제 이해가 됐습니다 ^^
  신고하기
 
관련글
이슈 글타래 보기
 
코로나19 학술토론
 
여성과기인 지원정책 찬반
 
공정한 연구과제 심사·평가
소리마당(전체)  |  오피니언  |  진로  |  학술  |  별별소리
6
[진로] 대학원 진학과 관련해서 문의드립니다.... 제발 도와주세요... [1]
회원작성글 꼬마돌
03.25
1426
0
5
[진로] 취업과 석사 고민중입니다. 이야기를 듣고 싶어요 [1]
비회원원
03.24
1759
0
4
[학술] 미생물학 문제입니다. [1]
회원작성글 조롱박벌
03.24
1193
1
3
[오피니언] 이번 코로나바이러스에 대한 2가지 질문 [4]
회원작성글 R34GTR
03.24
1840
1
2
[진로] 게놈연구에 관심이 생긴 컴퓨터공학과 학생입니다. [3]
회원작성글 ekdid
03.24
1303
0
1
[진로] 일본 대학원 박사과정을 희망하는데 [2]
일본인추성...
03.24
1196
0
처음 이전  51 52 53  다음 끝
KAIST 의과학대학원
소리세움
[설문] 과학기술용어에 대한 과기인 인식조사
조사기관: 동아사이언스, BRIC
조사대상: 과학기술 종사자
조사기간: ~9/28까지
참여자 400분께 모바일 커피쿠폰 제공
설문참여하기
소리마당 PLUS
포닥나라
혹시 유럽에서 포닥하신 분들에게 물어보고자 하는 내용이 있습니다. [2]
말 못할 고민이 있습니다. [21]
피펫잡는 언니들
[극한직업 엄마 과학자] 마지막 임신과 출산
[닥터리의 육아일기] 직장맘이 된 첫날 [1]
이 책 봤니?
[서평] 과학이 어려운 딸에게
[서평] 꽃은 알고 있다 - 꽃가루로 진실을 밝히는 여성 식물학자의 사건...
이 논문 봤니?
[요청] 면역학과 바이러스학 [2]
[추천] A SARS-like cluster of circulating bat coronavirus...
Nature Medicine
연구비 부정신고
대학원생119
위로가기
커뮤니티 홈  |  커뮤니티FAQ  |  커뮤니티 문의 및 제안
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의 member@ibric.org
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
에펜도르프코리아 광고