소리마당 별별소리
현상환, 정의배 교수의 논문에 대한 소감
endo (비회원)
별로 이야기 할 만한 가치가 없는 논문이라 생각되지만 이야기가 계속 나오므로 논문을 읽어 본 개인적인 소감을 10가지만 이야기 합니다.
정말 기술적인 부분까지 깊이 생각하면서 읽어 볼 마음은 없었으므로 실험과정에서의 착오나 속임수 없이 잘 진행되었다는 전제하에서 무슨 이야기를 하고자 하는지에 중점을 두어 읽어 내려 가면서 느낀 소감입니다. 부분적으로 제가 잘못 알고 있어서 오해를 한 것들도 있을 수 있겠지만 전체적으로는 복제라고 주장하기에는 턱없이 부족한 논문으로 봅니다.
1. 서울대가 처음 조사 결과 발표시 제1극체 유입을 추정했다가 더 많은 str marker를 가지고 조사한 결과로 제2극체가 억제된 현상으로 정정했는데도 불구하고 서울대 조사의 제1극체 이야기 하는 것은 의미도 없는 부분을 가지고 서울대 조사결과 자체의 신뢰성을 문제 삼을려는 straw man fallacy에 불과하죠. 사실 여기까지 읽으면 재미로 읽지 않은 한 더 이상 논문을 읽어 볼 마음이 생기지 않습니다. 이후 내용에 skew와 bias가 짐작 되므로….
2. 실험에서 control이 반드시 있어야만 되는것이 있고, 없어도 결과에 크게 영향을 주지 않으므로 결과는 여전히 유효한 것들도 있습니다. control 가지고 특별히 결론이 달라져야 할 만큼 중요하게 알아 낸것도 없는데 다음과 같은 이야기 하는것은 서울대는 control 구하지 못했는데 자신들은 control 구했다는 것을 과시하는 것 이외에 특별한 의미를 둘만하지 않습니다.
“They also insisted that the SCNT-hES-1 line originated from parthenogenesis based on an analysis of DNA methylation patterns, despite the absence of comparison with the donor's somatic cells or of the IVF-ES line as acontrol.”
서울대 분석에서 donor의 세포를 가지고 control이 있으면 금상첨화이겠지만 그러한 control이 없었다고 해서 결론이 바뀌어야 할 정도의 비판을 할 만한 근거를 논문에서 발견하지 못했습니다. Donor와 비교해서 H19은 발현 문제가 아니라 본인들의 그림에도 분명히 보이듯이 왜 메틸화 되어 있어야 할 DMR 부위가 탈메틸화 되어 있는가 하는 문제이므로 이것을 설명할 수 있어야 합니다.
3. Introduction 부분에 다음과 같이 메틸레이션 패턴만으로 복제인지 아닌지 결정하기 힘들다는 이야기를 했습니다.
“Indeed, it is difficult to determine the origin of SCNT products (cloned embryos or ES cells) by methylation patterns alone, because there are aberrant methylation patterns in various genomic regions after SCNT.”
그런데 본인들의 논문에서도 각인 유전자를 가지고 mRNA 발현 상태를 본것과 DMR 메틸레이션 수준 몇개 본것 밖에 없습니다. 이것들을 가지고 자신들은 메틸레이션 패턴만 본 것이 아니고 다양하게 본 것이라고 주장할 생각을 했다면 과학적으로 대꾸할만한 상대조차 않된다는 이야기가 됩니다.
따라서 위 언급은 서울대 조사결과에 대해서 문제의식을 제시해야 하기는 해야겠는데 구체적으로 무엇을 어떻게 해야 하는지 잘 모르고 그냥 많은 논문들에서 그런 이야기가 있다는 것을 인용만 한 수준입니다. 문제의식을 가지고 문제를 제시했다면 자신들의 새로운 실험 결과로 왜 그런지를 보여 주어야 하는 것이 문맥상 필요했지만 그렇지 않았던거죠. SCNT로 만든 줄기세포의 비정상적 메틸레이션 패턴이 mRNA expression에는 영향을 주지 않는다는 소리를 하고 싶었거나 그런 전제를 하고 있다면 더욱 문제가 심각합니다.
4. 논문에서 아래와 같이 서울대는 왜 하필이면 염색체 쌍(XX) 중의 하나를 완전히 상실한 (45, XO) 오래 된 줄기세포를 가지고 실험을 했는지 이해가 되지 않는다고 했습니다.
“It has also been questioned why they used the SCNT-hES-1 line with an abnormal karyotype (45, XO) for their experiments , despite the existence of the line with normal karyotype (46, XX)”
“The karyotype of SCNT-hES-1 70P was consistent with a 46, XX karyotype; however, an abnormal karyotype (45,XO; X chromosome deletion) was observed in SCNT-hES-1 140P . These results indicate that the SCNT-hES-1 line may have developed genomic instability over long-term culture.”
그리고 다음과 같이 자신들은 이러한 서울대의 무모한 노력과는 다르게 70계대와 140 계대의 세포를 가지고 뭔가를 보여 주겠다고 했습니다. 논문을 여기까지 읽으면 비교적 초기 계대인 70계대짜리와 140계대를 동시에 비교해서 대단한 결과가 나온것으로 기대를 하게 만듭니다.
“To disclose the nature of SCNT-hES-1, we used genomic imprinting and methylation patterns to compare the SCNThES-1 passage-70 (70P, normal karyotype), SCNT-hES-1 passage-140 (140P, abnormal karyotype) lines and the donor's somatic cells.”
그런데 아무리 뚫어지게 RT-PCR로 mRNA 발현 검사한 결과나 DMR 메틸레이션 수준을 보아도 이 두 계대 사이에 서울대 분석을 비판할 만한 별다른 차이가 발견되지 않습니다. 염색체쌍 중 하나가 소실된 것을 가지고 서울대 분석을 비판한 정확한 이유를 잘 모르겠습니다.
5. 70계대와 140계대를 분석해 보니 자신들이 검사한 유전자들은 140계대까지 장기 배양에도 불구하고 상당히 안정적이었으므로 처녀생식이 아니라 복제세포라고 주장합니다. 그럼 서울대가 분석한 유전자들은 불안정하다는 이야기인가요? 거기에 대한 이야기는 논문에 없습니다.
어차피 어떤 유전자던 계대와 상관이 없다면 서울대의 분석이 70계대를 사용했건 140계대를 사용했건 문제 삼을 것은 없습니다. 다른 조건이 같다면 결과는 똑 같으니까요. 그리고 다른 근거로 뒷바침 하지않고 이 논리만 보면 70계대도 없이 오히려 늙고 병든 세포를 가지고 조사해서 70계대와 별차이 없는 분석 내용으로 발생 기원을 밝힌 서울대의 능력을 칭찬해야 할것입니다.
서울대는 조사한 줄기세포가 오래되어서 처녀생식으로 보인다고 한 것이 아니라 처음부터 오래 계대 배양된 세포만을 분석하고도 처녀생식으로 만들어진것 같다고 했습니다. 적어도 서울대가 분석한 유전자가 장기 배양으로 변해서 그렇다는 반박이 없는 상태에서는 그렇습니다.
문맥상으로 서울대의 결과에 대한 비판이 될려면 논리적으로 초기 계대인 70계대를 조사해 보니 이보다 오래 배양된 세포에서 유전자 변형이 발견되므로 그와 비슷한 세포를 가지고 조사한 서울대 조사 결과에 실수가 있었다는걸 입증 해야 합니다. 장기 배양에 의해서 유전자 변형이 생길 수 있다는 사실은 편리하게 어느 쪽의 근거로도 사용될 수 있으므로 어떤 현상에 대한 문제의식을 가질 수 있는 근거일 뿐이며, 그 문제의식을 기반으로 직접 본인들의 실험에 의해 무엇을 입증하는지가 중요합니다.
6. 과거에 서울대가 사용했던 시료보다 초기 계대의 세포로 조사를 하면 서울대의 결과와는 다른 결론을 내릴 수 있을만큼 차이를 보이는 SNP 마커나 메틸레이션 수준을 찾을 수 있을것이라면서 또 그래서 복제세포임을 입증할 수 있다고 주장을 해 왔던 것이 황우석측이었는데 이제 와서 실제로 훨씬 초기 계대로 검사를 해 보니까 (그것도 각인 유전자들만) 차이가 없으므로 그것이 오히려 처녀생식이 아님을 증명하는 것으로 이야기가 바뀌었습니다.
중요한 사실은 70계대와 140계대 사이가 의미있는 계대차이라면 줄기세포를 수립했을 당시에서 70계대 사이의 차이 역시 의미가 있으므로 70계대와 그 이전의 줄기세포 역시 비교가 되어야 합니다. 70계대가 수립 직후의 줄기세포와 동일하다는 증거는 없습니다. 따라서 70계대 140계대를 조사했다고 해서이 결과가 줄기세포 수립 직후에 검사해서 발생기원을 밝힐 수 있었던 상태와 동일하게 볼 만한 근거도 없습니다.
70계대를 빠르게는 배반포 상태, 혹은 조금 느리지만 확실하다고 할 수 있는 줄기세포 수립직후에 검사한 결과와 동일한 것으로 아예 간주를 하고 있습니다.
7. 자신들에게 유리하게 설명할 수 있는 유전자들은 모두 안정적인데 왜 하필이면 불리한 유전자는 안정적이지 못하고 대립유전자가 상실 되어 버리는 기막힌 상황이 벌어졌는지에 대해서 다음과 같이 설명해 놓았습니다.
“Unexpectedly, paternally expressed SNRPN was fully methylated in the SCNT-hES-1 lines, as compared to its normal methylation in the donor. It is presumed that the silencing of SNRPN in the SCNT-hES-1 line was possibly caused by the loss of one unmethylated allele of the SNRPN gene, located on the region of chromosome 15q11.2.”
“This evidence suggests that, unlike the parthenote, which has two maternal alleles, SCNT-hES-1 has both maternal and paternal alleles. Therefore, the aberrant methylation patterns in various genes of the SCNT-hES1 line are actually a side effect of the SCNT process.”
편하게 SNRPN 유전자에서 탈메틸화된 부분을 상실했을지 모른다고 추측하면 그게 evidence가 되는 것일까요? 추측이 포함된 근거를 가지고 evidence라고 하는 과학자들은 처음 봅니다. 이건 discussion 부분에서 논문이 이야기 하고자 하는 결론과 크게 상관없이 나머지 해결되지 않은 의문 사항에 대해서 추측을 해 보는것과는 다른 차원의 문제입니다.
서울대 조사 결과에서 MEST에 과연 어떤 일이 일이 일어났길래 그런 상태를 보였을까 하고 추측한 것이 있었는데 그 유전자 자체가 가지고 있는 특성에 기반한 추측이었습니다. 이렇게 추측 조차도 직접적으로 근거있는 추측이어야 합니다.
8. RT-PCR로 유전자들의 발현 상태를 가지고 복제라는 결론을 내리는데, mRNA가 DMR 메틸레이션 수준과는 다르게 발현이 될 수 있다는 많은 자료들이 있을텐데 이런 것들은 언급하지 않고 자신들의 실험에서 mRNA가 발현되면 무조건 맞다고 전제하고 결론을 내리는 것이 바로 의도적인 bias 입니다. 서울대가 그랬으면 반대로 그런 점들을 지적했을 것으로 생각됩니다.
그러므로 RT-PCR로 발현된 부계 유전자들을 가지고 다시 DMR methylation status도 한 번 보여 주셔야 합니다. DMR 뒤져 보아서 발현되어서는 않되는 상태인데도 mRNA로 발현이 되었다면 이것이 오히려 이상하지 않겠습니까? (이번에도 대조군 없이 PCR 40 cycle 돌렸다는 이야기는 아닙니다) 이 두가지 검사가 일관성 있게 일치하는지 아니면 일치하지 않는 것들도 있는지 보는거 자체도 의미가 있는 실험입니다.
그리고 기본적으로 논문에서 발현되었다고 좋아한 IGF2, PEG3, PEG10, MEST, MAGEL2, ARH1 모두 biallelic expression이 가능하거나, 실제 암세포에서 발견되고 있는 것들이기도 합니다. 논문 저자들이 karyotyping으로 염색체의 손실까지 보여 줄 정도라면 암세포에서와 마찬가지로 그 세포들에서도 각인 유전자들이 비정상적으로 발현될만큼 변화가 있었을 수 있다는 것 역시 동등하게 고려 되어야 하겠죠.
처녀생식이 만들어지는 과정에서 발생했던, 70계대까지 배양하는 과정에서 발생했던, 그것은 현재의 논문으로 논의하기 어려운 점은 역시 마찬가지입니다. 이러한 이유로 복제 세포를 주장하기 위해서는 각인 유전자보다는 아래에서 이야기처럼 전혀 다른 측면의 분석이 우선 되고 일관성 있게 뒷받침 하는 자료로 제시 되어야 합니다.
9. 복제 세포임을 가장 강력하게 입증할 수 있는 SNP marker를 조사해서 반박하지 않은 이유가 없습니다. 김기태 박사의 논문을 언급했다면 그 논문이 핵심적으로 하고자 하는 말에 대한 반론이 우선적으로 있어야 하는 것은 당연합니다. 이게 복제세포임을 입증하는 더 쉬운 방법입니다. 쉬운 방법이 있는데 그것을 두고 어려운 방법을 택하고 어렵게 이야기하면 항상 무슨 의도가 있는지 의심을 해야 합니다.
복제 세포라고 자신있게 주장할 수 있을려면 우선 SNP marker들 좀 많이 검사해서 70계대와 140계대 사이에 그렇게 변했다는 것을 보여 주시던지, 아니면 제2극체 억제로 만들어진 처녀 생식 이외에 모든 염색체들의 중심절에서 그렇게 동형접합이 발생할 수 있는 mechanism이나 실제 그런 일이 발생한 암세포 cell line이라도 있으면 제시해서 보여 주어야 합니다.
10. 마지막 결론 부분은 저자들이 무슨 일을 하는지 회의감을 느끼게 하는 언급입니다.
“However, it would be desirable to establish the heterologous SCNT-hES line for the conclusive evidence.”
실수를 반복하지 않고 제대로 다시 보여 준다고 해서 이전의 실수가 없던 것이 되지는 않습니다. 이게 도대체 무슨 결정적인 증거가 될 수 있다는 것이고 무슨 논리인지 모르겠습니다.
만일 SCNT로 만든 heterologous 줄기세포도 무조건 중심절에 동형접합이 생긴다는걸 보여 주겠다는 이야기를 이런 식으로 표현했다면 일리가 전혀 없는 것은 아니지만 그러면 SCNT방법에 중대한 문제가 있는 것이 되고, 과연 SCNT 방법이 얼마나 가치가 있는지부터 평가를 다시 하는 것으로 시작해야 할 것입니다.
Bio일정 프리미엄