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이형주
이형주 (Hyung Joo Lee) 저자 이메일 보기
Washington University in St. Louis, 현 (주)핀테라퓨틱스
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  CV updated 2022-08-27 01:30
 
조회 284  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
Epigenomic analysis reveals prevalent contribution of transposable elements to cis-regulatory elements, tissue-specific expression, and alternative promoters in zebrafish
열기 Authors and Affiliations

Abstract

Transposable elements (TEs) encode regulatory elements that impact gene expression in multiple species, yet a comprehensive analysis of zebrafish TEs in the context of gene regulation is lacking. Here, we systematically investigate the epigenomic and transcriptomic landscape of TEs across 11 adult zebrafish tissues using multidimensional sequencing data. We find that TEs contribute substantially to a diverse array of regulatory elements in the zebrafish genome and that 37% of TEs are positioned in active regulatory states in adult zebrafish tissues. We identify TE subfamilies enriched in highly specific regulatory elements among different tissues. We use transcript assembly to discover TE-derived transcriptional units expressed across tissues. Finally, we show that novel TE-derived promoters can initiate tissue-specific transcription of alternate gene isoforms. This work provides a comprehensive profile of TE activity across normal zebrafish tissues, shedding light on mechanisms underlying the regulation of gene expression in this widely used model organism.

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2022년 08월 (BRIC 등록일 2022-08-26)
- 연구진: 국외연구진
- 분야: Genomics, Genetics
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